За период местоблюстительства (от 1700 г.), период настороженности Петра против церковной власти, царь при всех случаях своего административного творчества, особенно в новой столице и ее области, поручал по возможности все церковные дела Сенату и вновь открываемым коллегиям. Таковы, напр., дела о раскольниках, о ересях, о церквах для иностранцев, иноверцев, о школах и типографиях. Создав новое возглавление над церковными делами (1721 г.), Петр естественно счел нужным исключить из ведения и Сената и Иностранной Коллегии прежние полномочия, касавшиеся дел религиозных, и передал все это в ведение Синода. Само существо дела неизбежно раздвигало компетенцию Синода далеко за рамки Духовного Регламента, прикованного к категории коллегий. Синод свою борьбу за равенство с Сенатом, законченную победой, провел не без напряжения. Даже близкая к Синоду епископская братия нуждалась в разъяснении положения Синода, высшего чем уровень коллегий. В марте 1721 г. митрополит Сарский и Подонский Игнатий спрашивал: на каком основании ему теперь заведовать бывшей патриаршей епархией — по сенатскому ли указу от 1718 г.? Синод разъяснил, что Игнатий не понимает высоты нового Правительствующего Синода: "А в присылаемых в Правительствующий Духовный Синод доношениях данную от Царского Величества оному Синоду честь изъяснять ему без всякого умаления и повиноваться оному во всем беспрекословно, понеже оный Синод имеет честь, силу и власть патриаршескую, или едва и не большую, понеже есть собор". Снявши голову, Синод плакал по волосам. Указав в этих же строках, что всю свою власть он получил от главы государства, он уже всуе прикрывается только красивым словом "собор" без реального содержания. Неудивительно, что и Сенат, не в интересах которого было возвышать Синод, гнул линию возвращения Синода в ранг коллегий, если даже близкий к центру митрополит не понимал чести и ранга новоявленного заместителя патриарха.
В ряде конфликтов по поводу конкретных текущих дел Синод читал уроки Сенату о своей правовой государственной, если и не церковной, компетенции, которую по временам он обозначал грубым словечком петровской эпохи: "команда". Синод в своей полемике повторно развивал несколько тезисов:
1. что он Сенату "не подчинен";
2. что он есть "важное и сильное правительство", что признал и Сенат, расписавшись под Духовным Регламентом;
3. что источник высоты и важности Синода это — породившее его волеизъявление монарха, что именно монарх есть "высочайшая" для Синода "власть", его "крайний судия", а никто другой, в том числе и Сенат.
Ведя полемику с Сенатом по маленькому вопросу о праве назначения чиновников (а в коллегии их назначал Сенат), Синод отбивался и от низшего ранга коллегий и вел апологию своих полномочий, как равных Сенату. В этом своеобразном построении теории синодской власти пред нами прозрачно выступает мысль творца Синода, Феофана. Возвышая Синод над коллегиями и уравнивая его по меньшей мере с Сенатом, данное "ведение" Синода не без софистического ухищрения, свойственного Феофану, попутно возвышает Синод и над прежним патриаршеством. Признает, что патриаршеская власть была "аки бы собственная". Это выражение намекает, конечно, на то, что патриаршеская власть почитала себя вытекающей из своего собственного, т.е. церковного источника, а не царского, с которым она была параллельна, "симфонична". Потому и форма делопроизводства творилась от одного имени патриарха. А теперь будто бы власть Синода (и в этом софизм) стала выше патриаршеской, ибо не претендует быть "аки бы собственной", но зависит от единственной подлинно верховной власти монарха. Для нас это умозаключение неубедительно, фальшиво. Но тогда с точки зрения философии "естественного права", и под фейерверк громких, засоряющих внимание слов и эпитетов — это заграждало уста всем возражателям. Синод писал Сенату: "а ныне Духовное Правительство изящным Его Царского Величества благоусмотрением учреждено, не в подобной (т.е. "равной) оному патриаршему правлению силе, но в отменной (т.е. "превосходной") и состоит не в одной персоне и должность свою исправляет не своим именем, но высокомочными указы Его Царского Величества, который, яко Благочестивейший Монарх, образом древних христианских царей, Самого Себе оному Священному Синоду за Верховного Председателя и Судию представил и честь, силу и власть тому Св. Пр. Синоду собственным Царския своея руки подписанием утвердил равную с Пр. Сенатом". Посему "Синод, после Генерального Регламента учиненный, паче же равной Сенату чести удостоенный... требует о всех важностях определения от Крайнего Судии, Его Царского Величества".
В конце концов Синод добился-таки от Сената форменной расписки в признании его формального равенства с Сенатом. Но какой ценой? Ценой отказа от своего церковного достоинства и церковной природы своей власти. Он свел ее к источнику государственному, к воле Монарха. И это было логично для данной ближайшей защитной цели. Но забывалась при этом иноприродность, несравнимость церковной власти с государственной. Получилась новая схема административного государственного дуализма. Два высших органа под единой главой государя, "крайнего Судии", как для Сената, так и для Синода, как для дел государственных, так и церковных. Через это церковь становилась только "Ведомством" в государстве.
Этот дуализм равенства нарушал первоначальное единоверховенство Сената. И нужно было придумать, какой-либо формальный выход из вновь выяснившегося положения. Придуман был особый согласительный орган на случай разногласий двух высших, принципиально равных государственных установлений. А именно: 6/IX, 1721 г. появился Высочайший Указ о так наз. "Конференциях Сената и Синода". Такие Конференции происходили, смотря по делу и инициативе, то в Сенате, то в Синоде, и на них являлись представителями другой стороны два командируемых члена, смотря по месту заседания. Но как ни добивался Синод равенства, его нельзя было вполне достичь. Первоначальные замыслы двух учреждений были различны, и эта разная природа их все время напоминала о себе. Нельзя было ничем затушевать ту существенную черту Сената, что он учрежден был десятью годами раньше Синода для специальной цели: замены лица Монарха в особых крайних случаях, когда распоряжения Сената приобретали силу "именных царских указов". Уже это одно делало Сенат с Синодом несравнимым. Кроме того, специфическая сущность Сената сводилась к тому, что он есть хранитель и толкователь всех законов государства. Указ об этих исключительных полномочиях Сената позднее в 1722 г. во всех судебных и многочисленных высших и средних административных учреждениях стоял в виде треугольного золоченого поставца до конца дней империи "яко зеркало пред очами судящих". Стоял он на зеленом сукне и в Синоде, напоминая о некотором исключительном превосходстве Сената. Находясь по случаю персидского похода в Астрахани в 1722 г., Петр предусмотрел, чтобы за его отсутствием Синод не был безглавен и беспризорен, и распорядился, чтобы важнейшие дела Синод решал "обще с Сенатом", но ему и в голову не приходило предписать — какие-либо сенатские дела решать "обще с Синодом", ибо Синод никоим образом не мог заменять персону государя. Защищая свое достоинство и от Сената и от низших инстанций (коллегий), Синод мог иметь единственное прибежище в лице государя. И все делопроизводство его, за все 200 лет, протекало под штемпелем: "По указу Его Императорского Величества". Петр еще и сам лично заседал в Синоде. Монументальным символом монаршего присутствия в Синоде осталось с тех пор парадное золоченое царское кресло под балдахином в палате заседаний. Петр осуществлял свое председание в Синоде, передавая ему свои именные указы походя и повсюду: то в церкви, то в саду, то в "летнем дворце", то в селе Преображенском, то в Шлиссельбурге, то в Кронштадте, то на вновь спущенном корабле. Вместо Кормчей Книги, иерархия привыкала видеть своего законодателя в живом лице монарха.
Петр и Феофан, сговорившиеся произвести церковную реформу, в сущности каноническую революцию сверху, не были слепыми детьми и, конечно, решаясь поставить пред совершившимся фактом высший авторитет Восточной Церкви, т.е. собор всех автокефальных иерархов, знали, что придется уже post factum хлопотать об их благословении своему смелому предприятию. У Петра не было никаких мотивов пересматривать старшинство церковных авторитетов вне русских границ. При случае он воздавал должное традиции, т.е. считался с КП патриархом, как главенствующим во всем православии. В 1715 г., сносясь со вселенским патриархом, он пишет: "Прибегаю к духовному врачу, еже есть к Святой нашей Матери восточной Церкви и к Вашему Святейшеству, яко главнейшему оной во вселенной управителю". Во все патриаршее и местоблюстительское время, при парадных литургийных возглашениях, неизменно всенародно поминались и имена восточных патриархов. Естественно, что уже в самый день открытия Синода 14 февраля 1721 г., как гласит протокол, "был между некими разговор: надлежит ли по долженству в Российской Церкви при всенародном собрании возносить имя восточных греческих патриархов? Иные приговаривали (т.е. утверждали положительно), иные же отрицали". Практически временно вступала в силу выжидательная практика замалчивания. Получалось неизбежное смущение в народе от этого замалчивания. Синоду приходилось реагировать. Феофан написал отвечающий задаче агитационный трактат против бывшей практики частого возношения имен восточных патриархов при богослужениях. Если и не столь часто (а только при патриарших и местоблюстительских богослужениях) гласно поминались имена восточных патриархов, то тайное на проскомидиях поминовение было общим. Феофан считает это неверным, ибо, что касается возношения имен явного и всегдашнего, то оно имеет смысл "исповедания лицам тако воспоминаемым нашего подчинения". Софист Феофан знает, что на патриарших литургиях у греков после Достойно архидиакон поминает всех четырех патриархов. Тем более делалось это у нас. Это не символ подчинения, а символ православного братства и единства православия. Чтобы спутать мысль читателя, Феофан подсовывает неадекватную аналогию политическую. В актах любого государя фигурирует только его имя, а не упоминаются имена глав других союзных с ним государств. Но союз и дружба государей совсем не то, что союз церковный и единство веры. Какая бы ни была форма управления в отдельной поместной церкви, она все равно обязана символизировать свое единоверие с другими церквами-сестрами, а не замалчивать его. Цель Феофана — приучить православный народ к забвению самого имени и своего патриарха, и даже других, единоверных. Вот его лукавая силлогистика: "Явное, собственное и всегдашнее именевозношение показует власть возносимого над возносящим. Российская же церковь отлучена стала от власти патриаршей, и первее убо своя патриархи имевшая, ныне же повелением Царского Величества Правительствующий Синод имущая". А на возможное возражение, что следует возносить имена глав единоверных церквей просто в силу любви христианской, Феофан отвечает абстрактным тезисом, что любовь евангельская не должна разрушать порядка и закона, как равно и существующий порядок и закон не посягают на силу любви. Но в конце концов Феофан обнажает и главные свои практические мотивы. Надо приучить народ к отсутствию какой-либо высшей апелляционной инстанции, кроме своего монарха и созданного им Синода: "Рассудим, что нам самим может случиться. Мнози суть гордии и непокоривии и о себе нечто безмерное мечтающии. Тии, слышаще возносимо имя патриаршее, помыслят, что Синод Правительствующий подчинен есть париархом или патриарху. И когда кто от таковых за важную вину подпадет суду синодальному, той абие может отторгатися и к верховнейшему (по мнению своему) суду патриаршему дело относить. И хотя то ему невозможно, однако же трудность сделать и остановку и другим образ бесстрашия подаст". Отсюда вывод, "что возносити у нас имени патриаршего не подобает". Но чтобы защитить свой умысел, Феофан делает маленькую уступку, в его глазах наиболее безопасную: — только при служении литургии самим Президентом Синода и только после поминания титула Синода можно возносить и патриаршие имена. "Понеже у патриархов, служащу самому патриарху, в едино время возносит архидиакон имена патриархов прочих, то подобает и у нас, служашу самому Синода Президенту, в едино токмо время по Достойне, через протодиакона, после имени Синода, яко своей правильной власти и яко верховного судию самого Монарха нашего во имени своем заключающей, возносить и имена патриархов. Но сего нигде инде и не от кого иного в Российских церквах не делать, вин ради описанных". В конце концов именно этот проект Феофана и был введен в практику. На 200 лет имена патриарха и патриархов исчезли из богослужений русской церкви. И только в редких и в общем никому из широкого общества неизвестных случаях, когда Первоприсутствующий член Синода служил литургию в домовой Синодальной церкви, единственный раз после Достойно такое возношение титула православных патриархов допускалось. В дни обсуждения этого вопроса, в начале лета 1721 г. президент Синода Стефан не присутствовал по болезни, но 9-го июня послал письменно свое отдельное мнение: "Преосвященнейшие иерархи и прочии отцы святии и братия! Понеже вольный голос должны имети все чины Коллегии по уставу, то дайте и мне вольный голос, который таков есть: мне видится, что в ектениях и возношениях церковных явственно можно обоя вместити. Напр., так: о Святейших Православных Патриархах и о Святейшем Правительствующем Синоде миром Господу помолимся, или: Святейшие Православные Патриархи и Святейший Правительствующий Синод да помянет Господь Бог во Царствии Своем. Какой в том грех? Какой убыток славы и чести Святейшему Российскому Синоду? Кое безместие и непристойность? Паче же Богу приятно и народу весьма угодна было бы".