Стефан искренно, но не без партийного вдохновения, повел гласно громкое расследование. Петр понимал, что это борьба с ним, с его делом; что это — террор против иностранцев, которых Петр привлекал и соблазнял всякими выгодами и удобствами; что это — вода на мельницу русских невежд, грозящих погромами иностранцам. В качестве тактического контрудара Петр потребовал все начатое дело перевести из Москвы в Петербург, под контроль новообразованного там Сената. Привезли в Петербург для нового допроса и самих ересиархов. Сенаторы потребовали от виновных простого отречения на словах, что те с фальшивой легкостью и сделали. Тогда к Стефану и "освященному собору" при нем послан был приказ — присоединить к церкви привезенных обратно в Москву и покаявшихся вождей ереси. Стефан повиновался, но полной амнистии не дал. Он разослал якобы покаявшихся по монастырям для проверки покаяния, что было, конечно, по существу правильно. Заключенный в Чудовом монастыре Фома Иванов в диком сектантском неистовстве запасся огромным ножом и изрубил им икону московского святителя Алексея. Это было печальным, но убедительным оправданием судебной ревности Стефана Яворского. Стефан после этого, без формального разрешения петербургской власти, при полном сочувствии других собратий-епископов, созвал по исконному обычаю для суда "освященный собор" (1714 г.), на котором новоявленных иконоборцев и протестантов предал анафеме, подверг дисциплине церковного покаяния, а Фому сжег на костре. Это сжигание на костре, уже раз к нам прорвавшееся с Запада в конце XV века через хорвата Вениамина и по рассказу австрийского посла архиепископу Геннадию, опять начало пролагать к нам путь вместе с наводнением латино-польских влияний в конце XVII века. Даже ортодоксальные лютеране в немецкой слободе сожгли на костре своего еретика визионера и адвентиста Квирина Кульмана. Примеры заразительны, и Стефан не мог отставать в ревности по вере даже от любимцев Петра — немцев. Тем не менее царь взорвался и приказал задать Стефану выговор через Сенат. Стефану не стоило труда доказать, что бесспорная ересь на лицо. Но сенаторы смотрели с другой, утилитарной точки зрения. Они грубо выбранили Стефана и, как выражается мемуарист, "с великим студом и жалем изгнали его вон, и он плачущ вышел из палаты судебной". Стефан с этого момента переключил свою полемическую энергию в написание своего объемистого сочинения "Камень веры", подарившего русской церкви полемический аппарат для опровержения протестантства. Конечно, Стефану вовремя было сказано, что такое сочинение, вредное для государства, нуждавшегося в привлечении иностранцев, не будет напечатано. При жизни своей Стефан и не увидел его в печати. Полтора десятка лет "Камень веры" пролежал в рукописи на попечении иерархов консерваторов. Стефан из чужака постепенно превратился в столпа старомосковской ортодоксии. Это обвеяло его личность порохом, ибо лагерь, в который он попал, вел тотальную войну с Петром вплоть до прямого государственного и династического заговора. Заговорщики мечтали об освобождении насильственно постриженной жены Петра, Евдокии Лопухиной, в момент воцарения Алексея Петровича. Когда Алексей каялся своему духовному отцу, протопопу Якову Игнатову, о том, что он желает смерти своему отцу, духовник сочувственно ему говорил: "мы все желаем ему смерти". В заговоре было много лиц: и ростовский митрополит Досифей, и духовник царицы Евдокии, Федор Пустынный, и их полутайный "публицист" и агитатор, юродивый Михайло Босой, все ждали близкой смерти Петра. Сам царевич Алексей пока под благовидным предлогом убежал заграницу, но оттуда еще с большей хитростью был выманен Петром обратно и затем осужден и казнен. Переписка Алексея с русскими архиереями безжалостно выдала последних тоже на беспощадный суд разъяренному царю. Алексей переписывался с Досифеем митр. Ростовским, с Игнатием Смолой митр. Крутицким и с Иоасафом Кроковским митр. Киевским, и так формулировал свой план использования церковного авторитета: "Когда будет мне время без батюшки (а Петр в тот момент собирался заграницу), тогда я шепну архиереям, архиереи приходским священникам, а священники прихожанам, тогда они и нехотя меня владетелем учинят". Петр, конечно, подозревал широкое сочувствие епископата замыслам царевича Алексея, но судил только по прямым уликам. Освященный собор, вероятно, с трепетом исполнял свой тяжелый судебный долг. Досифей Ростовский говорил прямо на соборном суде: "Только я один попался... Посмотрите, и у всех что на уме. Извольте пустить уши и в народ, что в народе говорят?" Митрополит Киевский Иоасаф умер от волнения по дороге в Москву. Лишенные собором сана и отданные на суд гражданской власти митр. Досифей и протопопы Яков Игнатьев и Федор Пустынный были казнены. Игнатий Смола по старости был пощажен и изгнан "на покой". Петр накален был против духовенства. "О бородачи!", вздыхал он, "отец мой имел дело с одним (разумея Никона), а мне приходится иметь дело с тысячами. Когда бы не монахиня (Евдокия) и не монахи, не дерзнул бы Алексей на такое неслыханное зло". Против Стефана не было улик, но партия Алексея считала его своим и рассчитывала, что Стефан снимет с царевича монашество, если он насильно будет пострижен.
Поставив ставку на киевское ученое монашество и несколько разобравшись в двух его школьных направлениях, Петр усиливал подбор из их среды антилатынников и свободомыслящих в кандидаты на архиерейство. В Новгороде оказался среди бежавших из Москвы при патриархе Адриане гонимых черкас, архимандрит Феодосий Яновский, Ему дал приют гостеприимный к киевским школьникам митр. Новгородский Иов. Феодосий был здесь уже настоятелем Хутынского монастыря. Родом из польских шляхтичей с светскими развязными манерами, очень вольным языком, Феодосий с первого же раза понравился Петру. Таких среди великорусов не было. Петр готов был сделать его своего рода церковным диктатором в своем новом петербургском крае. В 1712 г. он ставит его во главе новооткрытого с широкими просветительными и реформаторскими перспективами Петербургского Александро-Невского монастыря. Петр облек Феодосия своим полным доверием в делах церковных и не считаясь с каноническими формальностями, назначил его администратором всех церковных дел петербургской области. Особенно нравились Петру демонстративно светские замашки польского стиля этого светского князя церкви. Для оформления его в роли церковного начальника края, по смерти митр. Иова в 1716 г., Петр приказал назначить Феодосия митрополитом Новгородским. В конечном счете Петр ошибся в Феодосии Яновском. Уже по смерти Петра, Феодосий трагически закончил свою жизнь в лагере противников петровского духа. Его заменил в сердце Петра и, с достаточными основаниями, другой, подлинно великий киевлянин, Феофан Прокопович.
Феофан, по указанию самого Петра, в том же 1716 г. был вызван в Петербург, как впоследствии стали выражаться, "на чреду", т.е. для выдвижения на архиерейство, из Киевской Академии. Монастырь Александро-Невский должен был стать по плану Петра рассадником нового по духу и ученого епископата. В Феофане эти качества имелись в высшей и блестящей степени. Родившийся в 1681 г. в семье киевского торговца и нареченный в крещении Елеазар, Феофан лишь в зрелом возрасте усвоил себе имя своего дяди, Феофана Прокоповича, занимавшего высокий пост ректора Киево-Могилянской Академии. Как и Стефан Яворский, для "похищения" высшего образования, владея универсальным тогда латинским языком, Елеазар пустился в заграничные странствия. Пришлось вступить для полноправного прохождения римской Униатской Коллегии Св. Афанасия в Базилианский орден и стать униатским монахом с именем Елисея. Иезуиты не могли не оценить выдающихся способностей тогдашнего Елисея Прокоповича и предлагали ему войти в их орден и остаться ученым работником при Ватиканской библиотеке. Но Феофан сумел утаить от них свое нутро, глубоко и враждебно оттолкнувшееся от всего романизма и перетянутое целиком на сторону реформационного богословия. Нет документальных материалов для вскрытия этого процесса в душе молодого Прокоповича. Но факт его яркого и учено-обоснованного перехода в лагерь антипапистов свидетельствует, что этот своего рода переворот произошел в его душе уже в ученические римские годы. "Похитив" школу и ученость, Прокопович вернулся в 1702 г. в Киев и здесь снял с себя, по обычаю, весь маскарад униатства. Его снова постригли и дали ему новое имя Самуила. Самуил стал профессором пиитики в Академии. В 1705 г. Феофана почтили по его желанию новой переменой имени в честь его покойного дяди Феофана. Феофан последовательно вел курсы риторики, потом философии, а с 1714 по 1716 гг. и высший курс богословия. Тут-то на изложении богословия и обнаружился во всей силе усвоенный им самоуком из целых библиотек перечитанного им на латинском языке протестантского богословия новый исторический и критический метод изложения догматов. Своего рода начало Истории Догматов. Это было столь свежо, веско и влиятельно, что стало само собой для всего русского школьного богословия XVIII и даже XIX вв. творческим фактором, послужившим к освобождению нашего православного богословия от мертвящих латинских схоластических пут.