Симеон Полоцкий, имея опору на троне, мирно умер на своем посту в 1680 г., оставив по себе ученика и продолжателя своего богословия в лице игумена Сильвестра Медведева. Сильвестр в 1665 г. был еще чиновник Тайного Приказа, т.е. просто личной канцелярии царя Алексея Михайловича. Затем встречаем Сильвестра на службе подьячего в приграничных Курске и Путивле. Уже тогда он подпал под влияние латинской школьной атмосферы. В 1672 г. мы находим его уже в Мочанской Пустыни и вскоре, в 1675 г. в полном постриге. Его монашеское имя было Симеон, но в истории он остался с своим мирским именем Сильвестра. Зная его приверженность к его учителю Симеону Полоцкому, царь Федор по смерти Симеона П. (1680 г.) назначил инока Симеона-Сильвестра "строителем", т.е. настоятелем Заиконоспасского монастыря, надолго ставшего (с XVII по XIX в.) местом богословских школ в Москве.
В Москве, как прямой ученик С. Полоцкого, он примкнул к придворным кругам царя Федора, его сестры Софьи и ее любимцев — Федора Шакловитого и кн. В.В. Голицына. Последний был увлеченным западником. И этим воспользовались иезуиты, прибывшие в Москву в составе австрийского посольства. Под покровом торгового предприятия иезуиты приобрели себе дом в Немецкой Слободе и, конечно, тайно разжигали спор о Св. Дарах.
Сильвестр Медведев по отзывам современников был человеком более умным и даровитым, чем его учитель Симеон Полоцкий. Ревнители греческой школы боялись его влияния больше, чем С. Полоцкого. Свидетельством его эрудиции остается серьезный и, строго говоря, первый русский библиографический труд: "Оглавления книг и кто их сложил". Цитаты Сильвестра из отеческой письменности очень разнообразны. После падения его, в его библиотеке нашли 603 книги на латинском, польском, немецком языках. И только 18 книг на славянском языке. Так как замышлялся план устройства в Москве высшей школы — Академии, то все подразумевали, что во главе ее останется Сильвестр, как настоятель Заиконоспасского монастыря. Слухи о предполагаемом открытии в Москве высшей школы распространились и за польско-литовским кордоном. В Москву начали являться соискатели ученого положения. В 1681 г. явился некий белорус Ян Белободский. Сумбурность его богословских убеждений, по поручению патр. Иоакима, обследовал С. Медведев и этим укрепил свою репутацию, как авторитетный богослов. На соборном заседании, в присутствии патр. Иоакима, Сильвестр изобличил Яна Белободского в наличии у него смеси доктрин лютеранских, кальвинских, а вместе и латинских. Молва потом говорила, что Белободский, как цыган, исповедует веру той страны, где проживает. Патр. Иоаким, однако, не обольщался этой демонстрацией православности самого Сильвестра. И патриарх, конечно, не заблуждался, что Сильвестр убежденно разделял весь латинствующий стиль школы Симеона Полоцкого. Может быть, потому патр. Иоаким и не торопился с открытием Академии, что боялся отдачи ее в руки талантливого Сильвестра Медведева.
За несколько месяцев до своей смерти, в 1682 г. царь Федор уже подписал указ об открытии Академии. С воцарением после его смерти в том же 1682 г. двух его братьев, Ивана V и Петра I, хотя бы и при соучастии их старшей сестры Софьи, протекторат польско-латинским веяниям заметно ослабел. Антилатинская Москва, под водительством патр. Иоакима заботливо сносилась с православным греческим Востоком, чтобы добыть оттуда ученых ревнителей эллинства для одоления польско-латинского засилья в Москве. Горячо на эти просьбы откликнулся очень эмоциональный борец против латинства на Востоке, Досифей, патр. Иерусалимский. Досифея уже ранее тревожило латинское засилье в Киевской Академии. Теперь Досифей вдвойне тревожился из-за латинского влияния в Москве. Он писал в Москву письма, восхваляя достоинства греческого образования пред латинским и присылал греческие книги, обличающие латинские заблуждения.
Теперь, по смерти Епифания Славинецкого, помощником в сношениях с греками и в переводах книг, посылаемых Досифеем, верно служил Иоакиму добродетельный Чудовский инок Евфимий. Характерен отзыв умного его противника Сильвестра Медведева. Он назвал Евфимия "поборником истины, воином церковным, защитником веры". Наконец-то, в начале 1685 г., по инициативе патр. Досифея, прибыли на укрепление православного фронта в Москве ученые греки: братья Иоанникий и Софроний Лихуды. Они были родом с острова Кефалонии. То, что они были, подобно многим грекам, с Адриатического берега и западных островов, роднит их биографию в значительной степени с судьбой великого грека — Максима. Они также прошли через университеты Венеции и Падуи. Тем более был испытанным антилатинский закал Лихудов и уверенность в нем патриарха Досифея. Досадно было латинствующей стороне это ученое подкрепление православного московского фронта. Еще при проезде Лихудов через Венгрию и Польшу латиняне устроили с Лихудами несколько диспутов в напрасной надежде поколебать их авторитет. Патр. Иоаким назначил жилище ученым грекам, к великой досаде Сильвестра Медведева, в Заиконоспасском монастыре. Патриарх безотлагательно поставил Лихудов на боевую позицию, и они должны были открыть огонь против латинства. В частности — против хлебопоклонничества, т.е. прямо против Сильвестра Медведева, который тотчас после изобличения Яна Белободского открыто изложил свое хлебопоклонническое убеждение в своем трактате "Манна Хлеба Животного". Еще раньше Лихудов, инок Евфимий издал против "Манны" С. Медведева свое "Послание на подверг (т.е. в опровержение) латинского мудрования". Сильвестр М. вновь возбужденно написал в свою защиту и уже нападая на Лихудов "Книгу о манне Хлеба Животного". Позднее на суде Сильвестр заявлял, что "Манну" он писал "по указу царевны Софьи Алексеевны". Лихуды теперь уже по долгу службы написали большой трактат в защиту православного греческого понимания момента преложения Св. Даров. Тон их полемики бранчивый. Уже одно заглавие характерно: "Акос, или врачевание, противополагаемое ядовитым угрызениям змиевым". В предисловии тоже говорится, что издается Акос по указу царей и царевны Софьи и благословению патр. Иоакима. Со стороны С. Медведева пущено по рукам яростное нападение "На нововыезжих иноземцев", т.е. Лихудов. Обзываются они "новопотаенными волками" против "овец стада Христова", "бешеными собаками", "слепыми совами" и т.п. Вступился за Лихудов и кабинетный Евфимий. Его памфлет озаглавлен: "Истины Показание на псонеистовое брехание". На стороне С. Медведева собирались тоже свои приверженцы: священник Савва Долгий и диакон Афанасий. Они делали выписки из Медведевской "Манны Хлеба Животного" и распространяли по Москве. Позднее (1689 г.) на судебном допросе запротоколено, что зимой 1687-88 гг. Медведева посещало много знатных людей и купцов; вели с ним разговоры о значении установительных слов Христа. Интеллигентная Москва была взбудоражена. Сильвестр Медведев сам отписывался. Осенью 1688 г. он уже напечатал: "Известие Истинное о новом правлении книг древних и нововыезжих иноземцех и о неправом их о пресуществлении писании". Первая часть работы посвящена истории исправления русских богослужебных книг, с критическими замечаниями. 2-я часть посвящена наукообразному обоснованию понимания всего литургического комплекса слов и обрядовых жестов священнослужащего в момент освящения Св. Даров.
Ярко пылающий местный московский пожар придал смелости патр. Иоакиму вызвать на общий "соборный" ответ всех иерархов Южной России. Тяжела была морально эта анкета для выучеников Киевской школы. Хотя и не вдруг, но все ответили в духе греческого толкования. Вероятно, навели спешные справки о мнениях афонского монашества. И пред настроением агиоритов, своих же южно руссов, мудро смирились.
Сильвестр Медведев проиграл свою церковную карьеру. В конце 1688 г. он отчислен был от должности старшего справщика Печатного Двора. И временно держался только по инерции. В 1689 г., тотчас после семейного, династического переворота, свергнувшего царевну Софью с положения соправительницы, все активные споспешники ее власти подверглись жестокой судьбе. Кн. В.В. Голицын, хотя и явился с повинной головой к Петру, но был сослан в Каргополь (Олон. губ.), и затем в Пинегу (Архан. губ.). Глава стрелецких войск Шакловитый, после допросов и пыток, казнен. Всецело связавший судьбу с положением правительницы Софьи. Сильвестр Медведев пытался бежать, был схвачен и прежде всего выдан на церковный суд патриарху. В январе 1690 г. собор четырех епископов при патриархе, в угоду политическому обвинению лишил Сильвестра, как еретика, священного сана и присудил к пожизненному заключению в монастыре. Но через месяц, по суду государственному, Сильвестр был обезглавлен. Проф. А.А. Шляпкин думает, не без одобрения патр. Иоакима. Софья покорилась, переехала на жительство в Новодевичий монастырь, где и скончалась (†1704 г.), не постригаясь в монашество, к чему ее и не понуждали. Патр. Иоаким в момент переворота, в ночь на 8-е августа 1689 г., остававшийся в Москве был командирован Софьей в Троицкую Лавру. Туда убежал Петр, за ним и мать его Наталья Кирилловна, все Нарышкины и вся приверженная к Петру группа правительственных лиц. Отправленный туда же Софьей патр. Иоаким попал в положение рыбы, утопленной в воде. Он остался с Петром и правительством. Пред ним открылась дорога смело завершить чистку Москвы от польско-латинской заразы, еще длившейся при Софье.