Новое царствование Федора Алексеевича оживило надежды на возможный поворот в церковной политике. Как только весть о новом царе дошла до Пустозерска, Аввакум написал молодому царю просительное послание. Это — смесь традиционной преданности и фанатичного наступления. Он именует царя "блаженным и треблаженным". И обращается к нему: "милостив буди мне, господи! Помилуй меня, Алексеич, дитятко красное, церковное! Тобою хощет весь мир просветитися, о тебе люди Божии расточенные радуются, что Бог дал нам державу крепкую, незыблемую. Если не ты по Господе Бозе, кто нам поможет?" А вот и программа Аввакумова. Как в экстазе он восклицает: "А что, царь-государь, если бы ты мне дал волю, я бы их студных и мерзких жеребцов, что Илия пророк, всех что собак перепластал в один день. Сперва Никона — собаку рассек бы начетверо, а потом и никониан... Бог судит между мною и царем Алексеем. В муках он сидит — слышал я от Спаса, и то ему за правду". Тут Аввакум хватается за ветхозаветную секиру, а раньше в житии своем он считал физическое насилие делом антихристовым: "Чудо! как то в познание не хотят придти! Огнем да кнутом, да виселицей хотят веру утвердить! Которые то апостолы научили так? — не знаю. Мой Христос не приказал нашим апостолам так учить, еже бы огнем, да кнутом, да виселицею в веру приводить. Татарский бог Магомет написал в своих книгах сице: не покоряющихся нашему преданию и закону повелеваем их главы мечам подклонить. А наш Христос ученикам своим никогда так не повелевал. И ти учители явно, яко шиши антихристовы, которые, приводя в веру губят и смерти предают: по вере своей и дела творят таковы же". Это был последний поклон Аввакума царю.
1-го апреля 1681 г. Аввакум вместе с другими "соузниками" был предан жестокой, чуждой России, заимствованной с Запада, огненной казни "за великие на царский дом хулы". Казнимых ввели в огромный дровяной сруб. Окружающий народ стоял в ужасе, сняв шапки. Аввакум, жестикулируя двуперстным крестом, выкликал: "Будете этим крестом молиться — во век не погибнете, а оставите его — городок ваш погибнет, песком занесет. А погибнет городок, настанет и свету конец". Сжигание преследовало цель пресечения почитания могил и останков. Но со временем на месте казни появился крест, называвшийся Авакумовым. Его власти не истребляли. Аввакум, конечно, канонизован старообрядцами, и лик его изображался на иконах.
Утомленные тяжкой борьбой с патр. Никоном, царь и епископы на место Никона, низложенного собором 1667 г., немедля избрали и определили к поставлению лицо, не возбуждавшее никаких споров в силу своей глубокой старости и незаметности. То был архимандрит Троице-Сергиева монастыря Иоасаф ІІ. Он не грозил вторжением в дела государственные. Он просто участвовал в заведенном порядке дел. Шел большой собор 1667 г. Деловые заседания собора после осуждения патр. Никона длились еще с января до глубокого лета. Почетное председательство принадлежало то восточным патриархам, то своему — Иоасафу II. Постановления собора 1667 г. были подобно Стоглавому собору ревизией всех сторон жизни церкви. Чрезвычайный в глазах русских, благодаря участию других патриархов, формальный авторитет этого собора способствовал окончательному и уверенному решению принятых при Никоне тревожных обрядовых вопросов. Все они решены были в полном принципиальном согласии с тем, как начал их решать и сам Никон. Не только новые обряды, так сказать, "никоновские", были введены, как обязательные, но подорвано и формальное обоснование старообрядческой оппозиции. В резкой форме, с окраской греческого непонимания русской обрядовой психологии, осужден весь Стоглавый Собор, отцы которого якобы писали свои постановления "простотою и невежеством", хотя историко-литургическое невежество самих восточных ничем не превосходило научного невежества русских архиереев вместе с старообрядцами. Не только отменены традиционные русские обряды, как сугубая аллилуйя, двуперстие, 15 земных поклонов на молитве Ефрема Сирина и проч., но отменен и самый авторитет всего Стоглавого Собора. Издано от лица Собора 1667 г. много правил для упорядочения жизни монастырей, духовенства и мирян. Естественно дано множество новых правил, касающихся порядка богослужения. Высказаны и принципиальные пожелания реформ: а) участить практику больших соборов епископских и б) по примеру церкви греческой увеличить вообще число епископских кафедр в российской церкви, задача не нашедшая ни сочувствия, ни отклика у русского епископата.
Патр. Иоасаф II старался исполнить на деле соборные постановления, шедшие вразрез и с текстом привычных московских старопечатных книг и со всеми обрядовыми привычками и инерцией культовой жизни вплоть до привычной техники даже московских просвирен (не говоря уже о широкой дали русской провинции) — печатать просфоры прежним восьмиконечным крестом.
За избавление от кошмара власти патр. Никона царь Алексей Михайлович по-своему не дешево расплатился с покорным русским епископатом. В благодарность за достигнутый мир в церкви и государстве он почти полностью отменил силу действия Монастырского Приказа 1649 г., вернул русским епископам почти во всей широте и неприкосновенности их судебные привилегии. Ликвидация самого Монастырского Приказа затянулась, однако, до 1677 г.
Питирим взят с Новгородской митрополии. При Никоне он был Крутицким и заместителем патриаршего места с момента ухода Никона. Как известно, Никон, затосковавший о своем возврате, придирался ко всем действиям Питирима, в частности, к тому, что Питирим по царскому и общему желанию, как первенствующий иерарх, совершил в вербное воскресенье обряд шествия на осляти. Все это были непоследовательные претензии Никона, малодушно страдавшего от своего капризного ухода с патриаршего трона. Такими придирками Никон только создавал себе одного из ненавидящих его врагов к моменту суда. Питирим, повышенный по осуждении Никона переводом на Новгородскую митрополию, за это же свое "антиниконианство" взят был в 1673 г., по смерти Иоасафа II, и на патриаршее место. После его 10-ти месячного ничем особым непримечательного патриаршества, Питирим скончался. На его место поставлен был, опять по признаку надежного противника томившегося в ссылке Никона, в своем время почтенный и выдвинутый Никоном же Иоаким.
Иоаким начинал свою биографию, как типичный представитель многочисленного класса московских служилых дворян. Род его носил фамилию Савеловых. Службу он отбывал в приграничной с Польшей полосе Чернигов — Курск. Никакой богословской школы и даже любительской церковной начитанности не имел. По недружественной характеристике вождя раскола, диакона Феодора, Иоаким в молодости был далек от церковности и был будто бы даже неграмотен. Смолоду долго жил в деревне, занимался охотой и редко бывал в церкви. Но к 35-ти годам, уже на службе, овдовел и решил изменить свою карьеру. Вступив на церковную дорогу, Иоаким там же на юге принял пострижение в Киеве, в Межигорском монастыре. При патр. Никоне он захотел устроиться в родной ему московской области. В 1657 г. патр. Никон взял его в свой Иверский монастырь. С момента ухода Никона из Москвы, практичный Иоаким сразу занял позицию в стане противников Никона. Из Иверского монастыря он в 1663 г. переведен был в Москву, в Чудов монастырь, уже в звании архимандрита. В 1672 г. Иоаким поставлен Новгородским митрополитом на смену Питириму, ставшему на один год (1672-1673 гг.) патриархом. В виду болезни Питирима, Иоаким был вызван из Новгорода и привлечен к делам патриаршего управления, а по кончине Питирима признан был подходящим для занятия патриаршего места.
Не имея школьной подготовки к писанию, Иоаким в Москве приближаясь к аппарату управления, оперся в деловой технике на взятого в патриаршую канцелярию киевлянина, монаха Евфимия. Это был среди недавно приехавших киевлян наиболее строгий ортодоксал, не отрицавший латинской заразы у своих земляков. Из бояр того времени Иоаким был на стороне угодного царю энтузиаста создания школы, Федора Михайловича Ртищева, хотя последний и чужд был суеверного страха москвичей перед латинской заразой через школу.
Как консерватор и позитивист, Иоаким направил свою энергию на выполнение той архиерейской программы, которая была утверждена Большим Собором 1667 г. Она шла в разрез со стремлениями боярского и служилого класса, а потому для осуществления ее нужны были настойчивые усилия. к этому Иоаким был способен. Он начал проводить эту, в сущности никоновскую программу, уже с момента, когда он очутился на Новгородской кафедре. Уже в Новгороде Иоаким издал указ, чтобы церковную дань с духовенства собирали сами поповские старосты, а не светские епархиальные чиновники. Сделавшись патриархом, Иоаким принял систематические меры к действительному выполнению постановлений Великого Собора о том, чтобы ненавистный Никону, да и всему епископату, Монастырский Приказ был упразднен. Для всех задуманных реформ в духе сохранения прежних привилегий в управлении, суде и финансах, Иоаким немедленно, в 1675 г. собрал собор, на котором постановил, чтобы Монастырский Приказ не на словах и обещаниях, а на деле был закрыт. А чтобы администрация, суд и финансы — все перешли в руки духовенства. И чтобы все светские чиновники, хотя бы и принадлежащие к составу слуг архиерейских домов, и помещенные на землях церковных, не были все-таки, в порядке служебных и административных полномочий самостоятельными начальниками, а всегда были бы только подчиненными исполнителями указаний и распоряжений хозяйственных властей, состоящих в священно-монашествуюших чинах. Светским чиновникам отведена вспомогательная и исполнительная служба по ревизии и описи имущества церквей и монастырей, по производству судебных расследований и по полицейским функциям.