Легальная царская власть в лице царя В. Шуйского не могла приобрести авторитета, собирающего вокруг себя народ. Боярские партии в своем большинстве были против Шуйского. Вскоре они изменили расчеты в пользу иностранных династий: польскую и даже шведскую. Средние сословия и низы соблазнялись близостью к Москве Тушина. Тушинцы свободно приходили на окраины Москвы и смутьяны легко разлагали существующий там порядок. Начались открытые восстания против царя В. Шуйского. 17.11.1609 г. произошла первая попытка свержения Шуйского. Царя и патриарха Ермогена толпа потребовала выйти на Лобное место Красной площади. Своей речью патриарх сумел рассеять клевету, внушенную тушинцами, и призвать народ к верности его крестному целованию.
После этого патриарх Ермоген решил воздействовать на тушинцев прямо к ним обращенными посланиями. В этих посланиях мысль патриарха-патриота опять возвышается над всякими классовыми шкурными интересами и подымает народную совесть на высоту идеала православной нации — хранительницы высшей святыни и правды. В первом своем послании патриарх пишет: "Обращаюсь к вам, бывшим православным христианам всякого чина, возраста и сана, а ныне не ведую, как и назвать вас, ибо вы отступили от Бога, возненавидели правду, отпали от соборной апостольской Церкви, отступили от Богом венчанного и св. елеем помазанного царя Василия Ивановича. Вы забыли обеты православной веры нашей, в которой мы родились, крестились, воспитались и возросли; вы преступили крестное целование и клятву — стоять до смерти за дом Пр. Богородицы и за московское государство и пристали к ложно-мнимому вашему царьку...
Болит моя душа, болезнует сердце и все внутренности терзаются, все составы мои содрогаются. Я плачу и с рыданием вопию: помилуйте, братие и чада, свои души и своих родителей, отошедших и живых... Посмотрите, как отечество наше расхищается и раззоряется чужими; какому поруганию предаются св. иконы и церкви, как проливается кровь неповинных, вопиюшая к Богу! Вспомните, на кого вы поднимаете оружие: не на Бога ли, сотворившего вас? Не на своих ли братьев? Не свое ли отечество раззоряете?..
Заклинаю вас именем Господа Бога, отстаньте от своего начинания, пока есть время, чтобы не погибнуть вам до конца. А мы по данной нам власти примем вас, обращающихся и кающихся, и всем собором будем молить о вас Бога и упросим государя простить вас. Он милостив и знает, что не все вы по своей воле то творите. Он простил и тех, которые в сырную субботу восстали на него. И ныне невредимыми пребывают между нами их жены и дети".
Это было писано от большого пастырского сердца, горевшего любовью к своей Церкви и своему народу. Таким языком говорят подлинные вожди народа. Он не холодно бичует их, но зовет и умоляет. В другом послании патр. Ермоген входит в положение заблудившихся, попавших в духовную неволю и обещает им полное братское прощение, лишь бы они покаялись. Он допускает и трагические компромиссы (случай с м. Филаретом), лишь бы люди обратились потом на путь истины. Так он пишет: "Мы чаяли, что вы содрогнетесь, воспрянете, убоитесь Праведного Судии, прибегнете к покаянию. А вы упорствуете и разоряете свою веру, ругаетесь святым церквам и образам, проливаете кровь своих родных и хотите окончательно опустошить свою землю...
Не ко всем пишем это слово, но к тем, которые, забыв смертный час и страшный суд и преступив крестное целование, отъехали, изменили царю государю Василию Ивановичу, и всей земле, и своим родителям, и своим женам и детям, и всем своим ближним и особенно — Богу. А которые взяты в плен, как Филарет митрополит и прочие, не своею волею, но чуждою, и на христианский закон не посягают и крови православных своих братий не проливают, таковых мы не порицаем, но молим о них Бога, чтобы Он отвратил от них и от нас праведный гнев свой... То мученики Господни, и ради нынешнего временного страдания они удостоятся небесного царствия".
Рассказав о бывшей попытке свержения царя В. Шуйского, патриарх заключает: "Бога ради познайте себя и обратитесь. Обрадуйте своих родителей, своих жен и чад и всех нас. И мы станем молить за вас Бога и бить челом государю, а вы знаете, что он милостив и отпустит вам ваши вины... Мы с радостью и любовью воспримем вас и не будем вас порицать за бывшую измену, ибо один Бог без греха".
Но чисто идейные усилия патр. Ермогена отстоять принцип легальности царя В. Шуйского подрывались слабостью всей политической почвы под Шуйским. Интригуя против царя Бориса, он сам поддержал Лжедимитрия I. Правда, он же его и сверг. И прошел в цари волей своих единомышленников-бояр, против другой части бояр, приверженных к Самозванцу (М. Салтыков, Шаховской, Бельский, Масальский). Народ московский Василия не избирал и остался в недоумении: что же такое тот Димитрий, которого воцарили, а потом убили? Именно со времени воцарения Шуйского смута из олигархической боярской среды спустилась в московские народные массы. И эту раскачку всей земли Василий Шуйский не в силах был сдержать. Его морально-политический облик был слишком лукав, переменчив, неавторитетен. Недаром не только польские, литовские, южно-русские казачьи и холопские низы под демагогические лозунги Болотникова шли на московских бояр, гостей, торговых людей, но и дворянские ополчения из Тулы и Рязани (братья Ляпуновы) двинулись на Москву против Шуйского. Правда, Ляпуновы вскоре отшатнулись в ужасе от "большевизма" Болотникова и временно поддержали Шуйского.
В. Шуйский стоя против коалиции врагов внутренних, поддерживаемых извне Польшей, решил прибегнуть тоже к помощи интервентов. В 1608 г. он подписал союз со шведами, уступив им город Карелу с округом. Ныне это Кексгольм на Ладожском озере. По договору, шведская пехота и конница под командой Де Лагарди двинулась с начала 1609 г. через Новгород к Москве. Этим союзом с Карлом IX шведским В. Шуйский вызвал прямую войну против себя со стороны Сигизмунда III. Последний, будучи поляком только по матери, а по отцу — наследным шведским королевичем, свергнутым его дядей Карлом IX. С последним Сигизмунд уже вел войну. Теперь он логично повел войну и с союзником Карла, царем Василием Шуйским.
В сентябре 1609 г. Сигизмунд осадил Смоленск. Пограничный с Литвой Смоленск, по выражению наших историков, был издревле "стратегическим ключом Днепровской Руси". За него всегда была борьба, как за ворота и в Русь, и в Литву. Сигизмунд решил, что Русь уже достаточно разложена Смутой, чтобы самому захватить над ней власть, а церковь московскую подчинить унии, как он это сделал у себя недавно в 1596 г. в Брест-Литовске. Но Смоленск, искусно защищаемый воеводой Шеиным, обманул надежды короля. Сигизмунд взять его не смог, и занялся агитацией, в первую очередь — разложением нелегального Тушинского центра. В декабре 1609 г. в Тушино пришли от Сигизмунда послы с предложением: а) к полякам — перейти под знамя короля, б) к русским — избавиться от Самозванца и казацкой вольницы под протекторатом королевской власти. Особое письмо было адресовано митр. Филарету, как "нареченному патриарху", с обещаниями сохранить русским их веру, обряды, права церковного самоуправления и суда. Тушино раскололось. Вор потерял опору и бежал с группой "верных" ему казаков и кн. Гр. Шаховским в Калугу. Часть русских ушла в Москву, к царю Василию. Остальные русские боярского звания (князья Масальский и Хворостинин, Салтыковы, Плещеев), служилого (дьяк Грамотин) и простого звания (Федор Андронов, Молчанов) постановили ехать посольством к Сигизмунду и просить в цари его сына Владислава под условием принятия последним православия. Тут участвовало и духовенство с Филаретом во главе. Филарет писал об этом к королю, именуя себя "нареченным патриархом". Тушинскому посольству удалось под Смоленском 4-го февраля 1610 г. заключить с королем договор из 18 статей. Это договор не "воровского", а серьезного национально-государственного характера. Приняв православие, Владислав венчается на царство русским патриархом и дает клятвенное обещание "веры греческого закона не нарушать ни в чем". Имущество и права духовного сословия и бояр оставить нерушимыми, суд совершать по старине. Изменения в законах не могут делаться Владиславом единолично: "то вольно будет боярам и всей земле". Дело сводилось только к заимствованию династии без всякого умаления полной независимости и самостоятельности Московского Государства. Сигизмунд лукаво соглашался на все это, мечтая о захвате власти прямо в свои собственные руки.
Между тем слабевшее и пустевшее Тушино вынуждено было, как государственный центр, самоликвидироваться. Подошли с севера русские войска шведской коалиции под командой князя Михаила Скопина-Шуйского. Командир тушинцев, поляк Ронжинский сжег Тушинский лагерь и, отступая к Волоколамску, захватил с собой в заложники митрополита Филарета. К счастью, московскому войску под командой казанского воеводы удалось разбить Ронжинского, освободить митр. Филарета и привезти его в Москву после 7-ми месячного плена в Тушине. Наконец, совесть митр. Филарета освободилась от уз пленника, и он повел себя искреннее и свободнее.