Архиепископ Дмитрий (Сеченов) в Благовещение 1742 г. в присутствии импер. Елизаветы обнажал ту же картину. "Со смертью Петра и Екатерины наступили частые и вредительные перемены. Видя то противницы наши добрую дорогу, добрый ко утеснению нас сыскали способ. Показывали себя, аки бы они верные государству слуги, аки бы они оберегатели здравия государей своих, аки бы они все к пользе и исправлению России помышляют. А как прибрали все отечество наше в руки, коликий яд злобы на верных чад российских отрыгнули, коликое гонение на церковь Христову и на благочестивую веру воздвигли! Их была година и область темная: что хотели, то и делали! А во-первых, пытались благочестие отнять, без которого бы мы были горшии турок, жидов и арапов. А так то они думали, как де благочестие у них отнимем, тогда де и сами к нам веру приложат, и сами вслед нам пойдут. И так по всей России предтечей антихристовых разослали, везде плевельные учения рассевали. Толико повредили, что мнози малодушнии возлюбиша тьму паче света, возлюбиша паче славу человеческую, нежели славу Божию, ищущие у них милости, от нас изыдоша, но не беша от нас"...
"А наипаче коликое гонение на самых благочестия защитителей, на самых священных Таин служителей! Чин духовный — архиереев, священников, монахов — мучили, казнили, расстригали. Непрестанные почты, и водою и сухим путем. Куда? Зачем? Монахов, священников, людей благочестивых в дальние сибирские города, в Охотск, Камчатку, в Оренбург отвозят. И тем так устрашили, что уже и самые пастыри, самые проповедники слова Божия молчали и уст не смели о благочестии отверсти. И правда, дух бодр, а плоть немощна. Не всякому то благодать мученичества посылается!"
Хотя принципиально и шло восстановление, в частности, и в церковном управлении, петровских принципов, но личное религиозное настроение Елизаветы Петровны вносило иной дух в отношения между церковью и государством. Характерна, например, резолюция Елизаветы на докладе Сената о допущении евреев на ярмарки в Россию: "от врагов Христовых не желаю интересной прибыли". Синод вхож был к императрице без всякого посредства. Она сама интересовалась делами Синода. Так, например, 27.V. 1743 г. член Синода, Троицкий архимандрит Кирилл Флоринский сообщает, что Синоду объявляется словесно Высочайший указ: "ежели какие о делах синодальных доклады быть имеют к подаче Ее Имп. В-ву от Св. Синода в Петергофе, то отправлять оные с синодальными членами". Часто по своей инициативе императрица давала распоряжения Синоду через своего духовника, протоиерея Феодора Дубянского. Он возымел большое влияние, стал одним из временщиков церковных, но, к счастью, дружественных церкви. Другом духовенства был также и вышедший в графы Алексей Григорьевич Разумовский. По словам А. Васильчикова, Разумовский "призренный в младенчестве духовенством, возросший под его крылом, смотрел на служителей церкви с чувствами самой искренней и глубокой благодарности и был предан им всем своим честным и любящим сердцем". После тайного регулярного браковенчания с Елизаветой влияние его сделалось вполне объяснимым: "все его почитали и с ним обращались, как с супругом императрицы". Разумовский не любил вмешиваться в государственные дела, но, говорит биограф Разумовского, "было два вопроса, которые его задевали за живое. Для них он забывал и природную лень и отвращение от дел и смело выступал вперед, не опасаясь докучать государыне". На первом месте стоял для него вопрос жизни церкви и духовенства. Такая близкая связь Синода с Верховной властью не позволяла развиться вновь восстановленной функции обер-прокуроров в духе петровского контроля.
При Елизавете в число членов Синода призывается знаменитый южно-русс Арсений Мациевич, проведенный на пост митрополита Ростовского. По инерции от прежнего Петровского и Аннинского времени еще продолжалась как бы монополия епископских кафедр для уроженцев и выучеников Киевской школы. Но с Елизаветой, несмотря на роль Разумовского, начался быстрый перелом в этом вопросе. Хотя южно-русские архиереи при Елизавете и были все противниками Феофановского времени и добрыми русскими консерваторами, но все же сам собой произошел перелом. Прежде всего отпала крайняя нужда искать школьно подготовленных богословов только в Киевщине. Размножались и подымались скромные еще, но все же растущие, особенно в двух столицах, духовные школы, с традиционной еще латинской закваской. Отталкиваясь от феофановщины и вдохновляясь старорусским духом Елизаветы, русское духовенство отбросило традицию киевских дипломов для архиерейства. Елизавета подписала в 1754 г. указ: "чтобы Синод представлял на должности архиереев и архимандритов не одних малороссиян, но и из природных великороссиян". Иерархия быстро наполнилась великороссами. Они же, как показал опыт, психологически оказались для духа и целей оформившегося в XVIII в. императорского режима и наиболее родственными, толерантными сотрудниками государственной власти в ее экономических и просветительных реформах. Южно-руссы этой перемене духовной атмосферы остались более чуждыми, и, при всех их церковных добродетелях, явили пример отсталости и негибкости. Жертвой этого духовно-культурного перелома и явился митрополит Арсений Мациевич.
Арсений был сыном священника из Владимиро-волынской епархии, тогда еще подвластной Польше. Учился во Львовской школе, затем в Киевской Академии, а в монашестве и священстве провел всю жизнь в Великороссии. Воцарение Елизаветы застает его архимандритом при Новгородском архиепископе Амвросии (Юшкевиче). Амвросий ценил земляка и, став президентом Синода, в 1740 г. провел Арсения на митрополию в Тобольск. Арсений сразу же проявил свой негибкий принципиальный нрав. В 1740 г., присягая малолетнему Иоанну IV Антоновичу, он отказался присягать его матери, как регентше, ибо она оставалась протестанткой. Переворот спас Арсения, и он уехал в Тобольск на митрополию. В его архиерейской присяге, как открылось потом, он "некую приписку учинил". Не мог не знать об этом дерзновенном поступке и его высокий друг Амвросий. Вскоре по болезни и, кстати, на коронацию Елизаветы Петровны в 1742 г. Арсений приехал в Москву. Здесь Амвросий представил Арсения императрице на Ростовскую митрополию и в члены Синода. Императрица подписала указ, но Арсений, конечно, не без тайного сочувствия и Амвросия и уговора с ним, создал новый инцидент, отказываясь принять Петровско-Феофановскую формулу присяги для членов Синода, формулу, мучившую совесть русских архиереев вплоть до границы XX столетия. Арсений откровенно мотивировал свой протест против термина "крайний судия" в приложении к монарху, признавая это приличным только в применении к Иисусу Христу. Несмотря на снисходительное допущение для него лично этого выражения не произносить, Арсений все-таки присяги не произнес и просил императрицу: "помиловать меня раба твоего боголюбца — отпустить в Ростовскую епархию мою". Елизавета проявила исключительную благосклонность к Арсению, исполнила его просьбу, и он без всякого наказания уехал в Ростов. Но это потому, что в 1742 г., в период коронации Елизаветы, сам первоприсутствующий член Синода митрополит Новгородский Амвросий (Юшкевич), вероятно по наущению Арсения, подал от лица двух друзей целый доклад об упразднении самой Синодальной формы высшего церковного управления. Арсений, в частности, признавал унизительной для архиерейского сана форму присяги для членов Синода, особенно же слов: "исповедаю же с клятвою крайнего судию сея Коллегии быти Самую Всероссийскую монархиню Государыню нашу всемилостивейшую". Взамен Арсений предлагал: "исповедаю же с клятвою Крайнего Судию и Законоположителя духовного сего церковного правительства быти — самого Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, полномощного Главу церкви и Великого Архиерея и Царя, надо всеми владычествующего и всем имущего посудити — живым и мертвым". к этой формуле Арсений сделал еще пояснительное примечание: "монаршей власти довольной в той силе присягать в верности, в какой силе показано от Крайнего Судии Христа в евангелии и апостоле монаршей власти повиноваться". В термине Крайний Судья в приложении к лицу императора Арсений видел "излишнее ласкательство во унижение или отвержение Крайнего Судии — Самого Христа". Государыня приняла этот доклад, но, конечно, не была в силах предпринять столь радикальной ломки. Елизавета милостиво отпустила Арсения в его Ростовскую епархию. Но в окружении императрицы и среди других членов Синода великороссов осталось недовольство этим крайним бунтом. Когда в 1743 г. умер покровитель Арсения митр. Амвросий, поднялось в Синоде дело о неподписанной Арсением присяге. Синод письменно запросил Арсения, и Арсений отвечал, что присяга эта несогласна "с верой в Главу Церкви Христа и более прилична присяге римскому папе". Кончился этот протест тем, что лист с переделанной и проектированной присягой велено сжечь. На деле и это сожжение сделано было позднее, уже при Екатерине II. Арсений пока остался цел.
Елизаветинский Синод, пополняясь новыми лицами, почти исключительно епископами, принял следующий вид. Лидером был в нем великоросс, архиеп. Новгородский Димитрий (Сеченов). Затем: — архиеп. СПБ Вениамин (Григорович), Псковский епископ, славившийся своим проповедническим красноречием, Гедеон (Криновский), Крутицкий архиепископ Амвросий (Зертис-Каменский), Палладий Рязанский, Порфирий (Крайский) Коломенский и архимандрит Троице Сергиевский Лаврентий.