После объединения Литвы с Польшей, Беловежская пуща перешла в польское владение. При Сигизмунде I Старом для охраны зверей и птиц, а также организации охоты в пуще поселили 277 семей стрелков. Началось массовое истребление туров, зубров, оленей и др. В 1557 г. польский король Сигизмунд Август издан первый лесной устав. Уставом запрещалась рубка леса, содержание собак. Убийство крупного зверя (зубра, оленя) каралось смертью. В 1557 г. был издан «Устав на волоки господаря, короля его милости во всем великом княжестве Литовском», согласно которому лесные ревизоры должны были выселять из Беловежской пущи все слишком многолюдные поселки стрельцов и прочих крестьян. Кроме того, был определен порядок пользования панскими водоемами для рыбной ловли. В ней отмечалось, что «… в спуснтных ставех вряд и нихто ины ниякое сетью ловити не мають под карностью строгкою».
Уникальным изданием начала ХVI в. является «Песнь о зубре» Николая Гуссовского, изданная в Кракове в 1523 г. В поэме он описывает жизнь зубра и охоту на него, по достоинству оценивает значение лесов и т.д. «Песнь о зубре» Н. Гуссовского является памятником культурного наследия белорусского, литовского, польского и русского народов.
Проведение аграрной реформы в ХVI столетии Сигизмундом Августом нашло отражение в статутах 1529, 1566, 1588 годов, ревизиях, ординациях, писцовых книгах и т.д. Все проводимые мероприятия были направлены на охрану частной собственности и дальнейшее закрепощение крестьянских масс.
В 1559 г. Сигизмунд Август издал повеление Георгию Воловичу – дать обстоятельное описание всех казенных лесов Великого княжества Литовского, в том числе и Беловежской пущи. Г. Воловичем проведено подробное описание лесов и охоты в пуще. Оно было озаглавлено «Ревизия пущ и переходов звериных в бывшем Великом княжестве Литовском с присовокуплением грамот и привилегий на входы и на земли». Г. Волович описал 39 пущ. Они делились на оступы, в которых было удобно вести облаву на зверя. Наблюдение за дичью и звериными переходами возлагалось на «осочников» (слово «соч» – выслеживание, хождение по следам). Гораздо позже, с воцарением саксонской династии, осочников постепенно сменили егеря.
В 1567 году литовско-польское правительство издало устав, направленный на лучшую организацию лесов. Пущи находилась под охраной врадов и ревизоров. Запрещалась вырубка леса без билета, ликвидировались излишние тропинки и дороги, запрещалось держать собак в местностях, примыкающим к королевским лесам. В то же время уставом разрешалось повсеместное уничтожение бобров стрельцам, которые были обязаны выплачивать обременительные подати. В связи с массовым уничтожением бобров правительством были введены строгие меры по охране их. По статуту 1588 г. за незаконный отстрел бобра взимали штраф от 2 до 4 грошей. Запрещалось также вблизи мест обитания бобров вырубать кустарники, косить траву и пахать землю.
Подробное описание пущ мы встречаем в ординации королевских пущ, составленной в 1641 году. Все великокняжеские ласа были разделены на 11 огромных лесничеств, в которых выделялась пущи, участки – кватеры и охотничьи оступы (обходные пункты). В Ординации описано 447 звериных оступов, занимавших 11 тыс. км2, большинство из которых располагалось на территории Беларуси. Для каждого лесничества был составлен отдельный устав, предусматривающий пользование и охрану природных богатств. Однако, несмотря на издание строгих законопроектов, лес хищнически уничтожался и вывозился за границу. В лесах возникали промыслы по производству железа, смолы, дёгтя, стекла. Наблюдалось хищническое уничтожение животного мира. В конце ХVII века исчезли олени, дикие лошади – тарпаны, резко сократилась численность бобров, ланей, оскуднели рыбные богатства. Например, 26 сентября 1752 года королем Польши Августом IV было убито 42 зубра и 13 лосей.
Первая попытка получить от пущи доход относится к середине XVI в. – при польском короле Сигизмунде Августе, когда на ее территории было построено четыре железодеятельных завода. Здесь же добывали поташ, производили смолу, деготь, осуществляла жжение угля. Лес вырубали для заводских производств и на топливо. В 1583 г. впервые в истории по приказу Стефана Батория были пойманы два зубра и отправлены для показа в Краков и Варшаву. В конце XVI в. предпринималась безуспешная попытка перевести зубров в Германию. После Сигизмунта Августа Стефан Баторий снова возродил охоту в пуще не ради убийства, а для отдыха, возродил также соколиную охоту.
Последующие королевские правители Польши после смерти Батория (1586 г.) пущей не интересовались, и период затишья продолжался с небольшими перерывами 110 лет. В это время зубр (Bison bonasus L.), лось (Alces alces L.), олень (Cervus elaphus L.) быстро исчезли во всей Польше и Литве. В середине XVII столетия зубров не осталось уже нигде, кроме Беловежской Пущи. Последняя турица пала в 1627 г. в Яктуровской пуще под Варшавой. В 1640 году по приказанию короля Владислава IV была составлена «Ординация королевских пущ…», в которой было дано описание границ пущи, а также изложена система управления и её охраны. Запрещалось строительство новых дорог через пущу, производство дёгтя, золы и смол, распашка земель, отпуск строевого леса.
В конце XVII с приходом к власти в 1698 г. Августа II интерес к пуще опять возрастает, возобновилась охота, в пуще исчезает аборигеновый вид – олень. В это время фабрики и заводы были закрыты, только пчеловодство продолжало процветать, была усилена охотничья стража до 150 человек. В 1738–1752 гг. в пуще все пышные охоты устраивал сын польского короля Августа II – Август III. Одна из грандиозных охот Августа III состоялась 27 сентября 1752 г., когда было убито 42 зубра, 13 лосей, 2 косули. В ознаменовании об «охоте» в Беловеже был построен памятник из белого песчаника (он не сохранился до наших дней).
При последнем короле Польши Станиславе Августе Беловежская пуща превратилась в доходное угодье. Он открыл стеклянные, смолокуренные, скипидарные, гончарные и поташные заводы, одновременно сохраняя охоту; для сплава леса был сооружен канал, соединявший р. Нарев с Наревкой.
В 1795 г. Беловежская пуща отошла к России. Площадь её в то время составила 120 тыс. десятин. Георгий Карцов пишет: «Взглянув беспристрастно на четырехсотлетнее польское господство в Пуще (1413–1794 гг.), охотник должен, все-таки, сказать полякам искреннее «спасибо». Разоренная, оскудевшая лесом и зверями Пуща как-никак уцелела, и в ней не перевелся самый ценный её обитатель – зубр, которого нигде в Европе не сумели уберечь. В целом же благодаря своим королям, среди которых мы видели немало выдающихся охотников. Они дорожили пущей, им не могла даже прийти мысль, что литовские леса могут когда-нибудь исчезнуть и что зубров, как диковинку, будут показывать в музеях и зверинцах, а о турах станут даже спорить, существовали ли они. Зубр был королевским зверем и это охраняло его от пули браконьера надежнее, нежели все карательные законы, взятые вместе. По богатству зверей этот лесной массив был единственным в Европе.
Мало интересуясь пущей, Екатерина II раздала значительную часть ее своим приближенным. В пуще разрешалась охота на все виды дичи, кроме зубра. В результате чего медведи и бобры были полностью истреблены.
С целью охраны зубров в 1802 году Беловежская пуща была объявлена заповедником, а с 1820 года запрещена вырубка леса в ней. Однако зубры по-прежнему уничтожались. Только за 1894–1895 гг. на территории Беловежской пущи убито 34 зубра, 44 лося, 4 оленя, 8 косуль и 25 кабанов. Для борьбы с браконьерством в конце XIX было принято положение о запрещении местным жителям, проживавшим на расстоянии не менее 15 километров от пущи, иметь огнестрельное оружие. За 1804–1805 гг. было изъято 745 ружей и пистолетов.
Необходимо отметить, что во второй половине ХIХ века охрана отдельных компонентов природы находилась на относительно высоком уровне. В 1861 году лесным департаментом были приняты правила охоты в лесах казенного управления, предусматривавшие регулирование численности охотников в соответствии с площадью лесов и количеством дичи в ней, а также запрет на охоту на все виды дичи с 1 марта по 29 июня. За разорение птичьих гнезд и сбор яиц подвергались аресту до 3 дней или телесным наказаниям розгами от 3 до 10 ударов. За охоту, проводимую без билетов или же с чужими билетами, на виновных налагались штрафы от 25 до 100 рублей.
Принимались меры по охране лесов, имеющих водоохранное и почвозащитное значение. В 1893 году был принят закон о запрещении рубок в этих лесах. На вырубках и в молодняках, не достигших 15–летнего возpacтa, запрещалась пастьба скота. За нарушения лесоохранительного закона взимался штраф до 3,2 тысяч рублей.
10 сентября 1802 г. Александр I в указе «О сохранении зубров» запретил охоту на этого зверя и приказал обеспечить для них пастбища. С 1809 г. начался регулярный подсчет численности зубров. В это время в пуще было 350 зубров. В 1814 г. на территории пущи возник огромный пожар, который привел к уничтожению больших площадей леса. С этого года впервые в истории вводится искусственная зимняя подкормка зубров сеном, которая продолжается и до настоящего времени, в том числе и на территории Польши.
В период восстания 1830–1831 гг. дичь, в т. ч. и зубры беспощадно уничтожались, численность которых значительно сократилась. В 40–50 годах ХIХ столетия леса пущи интенсивно вырубались. С 1849 по 1854 гг. в пуще было вырублено около 45 тыс. деревьев лучшего корабельного леса. Всего за 1845–1887 гг. в пуще было вырублено для заграничной торговли 174 370 деревьев сосны. В 1861–1862 гг. в пуще было проведено повторное лесоустройство. В 1864 г. в обмен на зубров из Германии в пущу было завезено 18 экземпляров европейского благородного оленя и в 1902 г. их насчитывалось уже 2440 голов.