Московское отделение архива инспекторского департамента продолжало размещаться в Кремле, где условия хранения были очень плохими. Например, часть документации «от сырости... сгнила в такой степени, что с разрешения начальства уничтожена»[5]. В 1865 г. материалы перевезли в бывший дворец Лефорта, который являлся собственностью Военного министерства. В связи с этим архив часто именовался Лефортовским. Здесь ему выделили около 130 комнат, оборудованных под архивохранилища. Архив был обеспечен специальными четырех и пятиполочными стеллажами, общая протяженность которых составляла почти 30 км. Условия хранения в новом помещении были несравненно лучше. В то же время в хранилищах нижнего этажа наблюдалась повышенная влажность.
В 1865 г. произошли изменения в системе центрального аппарата Военного министерства, был ликвидирован Инспекторский департамент и образован Главный штаб. В связи с этим архив получил наименование: Московское отделение Общего архива Главного штаба.
Штаты архива по-прежнему были малочисленны: два чиновника и четыре писаря. По аналогии с Военно-ученым архивом сюда по распоряжению начальника Главного штаба в 1862 - 1863 гг. были прикомандированы офицеры некоторых полков, дислоцировавшихся в Москве. Лефортовский архив комплектовался быстрыми темпами. В него поступали материалы Главного штаба, структурных частей Военного министерства, военных округов, крепостей и др. Документы передавались тысячами и десятками тысяч пудов. Много источников принял архив после окончания русско-турецкой войны 1877 - 1878 гг.
Несколько сотрудников не могли упорядочить огромный документальный массив. Справочный аппарат находился на низком уровне, многие фонды не имели описей. К составлению архивных справочников архивисты приступили в 60-е годы, но работа продвигалась крайне медленными темпами. В 60-е годы в Лефортовском архиве началось массовое уничтожение дел. Только за 1861 - 1873 гг. было обречено на гибель более 500 тыс. единиц хранения. Наибольшее количество документов выделялось к уничтожению в те годы, когда в разборе архивных дел участвовали офицеры и писари московских полков. Это свидетельствует об их полном равнодушии к историческим ценностям и подтверждает нежелательность привлечения таких лиц к архивной работе.
Московский дворцовый архив начал функционировать в 1872 г. в Троицкой башне Кремля, которую приспособили под архивохранилище. Сюда перевезли материалы Оружейной палаты, Московской конюшенной конторы, Московской дворцовой конторы и другие, которые и составили основу нового архива. Возглавил его видный архивист Г. В. Есипов. Что касается Петербургского отделения архива Министерства двора, то дело с его созданием затянулось. Оно было учреждено в 1882 г. и размещалось в Зимнем дворце. Этот архив комплектовался делами Кабинета с.е.и.в., канцелярии Министерства двора и упраздненных контор: придворной, конюшенной, егермейстерской. Сюда же поступили фонды капитула орденов и Главного управления уделов. В 1888 г. Московский и Петербургский дворцовые архивы объединили в один, который получил наименование Общий архив Министерства двора. Должность заведующего Московским дворцовым архивом была временной и не включалась в штат. По штатам в архиве числились архивариус, его помощник и писец. Затем количество сотрудников возросло до шести человек. Архив должен был хранить материалы за период до провозглашения России империей, т.е. с XVI в. до 1721г.
В первые годы существования Московского дворцового архива практически все материалы были упорядочены и на них составлены различные справочники. Однако впоследствии положение ухудшилось, так как описательные работы значительно отставали по темпам от поступлений документов. Тем не менее ряд комплексов дел был описан весьма квалифицированно, были изданы архивные справочники. Структура архива была несложной. Вскоре после его создания материалы распределили по трем отделениям, каждое из которых хранило в целом родственную документацию. В первом отделении концентрировались источники московских дворцовых учреждений XVI - XVIII вв.; во втором - дела Московской дворцовой конторы и Московского дворцового управления XIX в.; в третьем - документы и планы за 1717 - 1838 гг., присланные из Петербурга.
Местные исторические архивы, сконцентрировавшие ценные источники по истории Украины, Белоруссии и Литвы, сыграли заметную роль в архивном деле дореволюционной России. Серьезные трудности испытывали Киевский, Виленский иВитебский архивы древних актов с кадрами. Архивариусом Киевского архива стал библиотекарь университета А.Я. Красовский, Виленского - Н.И. Горбачевский, затем И.Я. Строгие, Витебского - А.М. Сазонов. Это были добросовестные, знающие и квалифицированные работники, которые внесли весомый вклад в становление и развитие местных архивов. Хуже обстояло дело с помощниками архивариусов. Требования к ним были высокие: знание языков, истории, вспомогательных исторических дисциплин, архивного дела. Но их оклады составляли всего от 350 до 500 руб. в год. Только к концу XIX в. оклады сотрудникам древних актов были несколько повышены.
Положение с помещениями у этих архивов было различным. Киевский архив сразу же разместился в здании университета, руководство которого проявляло о нем заботу. Так, для него изготовили шкафы из ясеневого дерева, в которых находились 5883 актовые книги. Разрозненные документы и книги с истлевшими переплетами хранились в специальных картонных папках.
Виленскому архиву весной 1853 г. отвели несколько комнат, в том числе два полуподвальных помещения, в здании бывшего Виленского университета. Полуподвальные комнаты не были приспособлены под архивохранилища, в них было сыро и холодно. Только после настойчивых просьб руководства архива удалось постепенно (в 1865 - 1875 гг.) Переместить документы на третий этаж. Здесь было выделено пять комнат и коридор, которые оборудовали простыми деревянными стеллажами. Архив теперь размещался в одном месте, но появилась другая опасность. В этом же здании находились жилые помещения, отапливаемые газом, что создавало опасность пожара. Витебский архив начал свою деятельность лишь в 1863 г., когда для него и двух других архивов (канцелярии генерал-губернатора и губернского правления) выделили здание бывшего костела. Исторические источники не имели для администрации ценности, и преимуществом пользовались бумаги, необходимые в справочных целях. В Витебском архиве древних актов (как и в других аналогичных архивах) оборудовали комнату для работы исследователей. Но здесь была такая сырость и было так холодно, что даже в жаркие летние дни трудно было просидеть несколько часов подряд. Плохо обстояло дело с оборудованием. В архиве насчитывалось 1823 актовые книги, и все они хранились на открытых полках. Документы располагались по территориальному признаку, в зависимости от местности, откуда они попали в архив (Витебские, Оршанские и др.).
Архивы древних актов комплектовались около 10 лет. Последним завершил эту работу Витебский архив в 1864 г. В архивы должны были поступать источники начиная с конца XV в. по 1799 г. В основном сюда передавались материалы судебных и административных учреждений. Учреждения-сдатчики, стремясь разгрузить свои переполненные архивы, порой присылали в архивы древних актов материалы XIX в. Но наблюдалась и противоположная тенденция, когда учреждения оставляли у себя старые источники, в том числе XV-XVI вв. Тем не менее, в архивах древних актов удалось сконцентрировать основную массу источников, возникших в результате деятельности судебно-административных учреждений Украины, Белоруссии Литвы. Упорядочение и описание архивов древних актов продвигалось медленно. Маленькие штаты, текучесть кадров, сложные источники, выполненные на польском, латинском и других языках, - все это сильно затрудняло составление справочников. Архивы должныбыли составлять краткие инвентарные описи публиковать их. Но во второй половине XIX в. среди архивистов преобладало мнение о преимуществах подробного описания источников. Слабо разрабатывались описи и в Витебском архиве. Здесь штат был сокращен до в основном составлением в основном который в свободное от справочной работы время занимался в основном составлением именных алфавитов. Сотрудники местных исторических архивов участвовали в форумах ученых и архивистов. Довольно активно был представлен на них Виленский архив.
Харьковский исторический архив был создан в 1880 г. Инициатором его образования выступило Историко-филологическое общество при Харьковском университете.
В конце 80-х годов в Харьковский исторический архив передали документы из Полтавского архива губернского правления, где находилась часть источников Второй Малороссийской коллегии, и из архива Новгород-Северского полицейского управления, в котором имелись дела периода гетманщины. Архив получил также материалы по истории Слободской Украины из Харьковского губернского правления. Кроме того, в нем были сконцентрированы личные фонды и коллекции украинских ученых и общественных деятелей.
В общей сложности в Харьковском историческом архиве было собрано около 750 тыс. дел и 2,5 тыс. книг. Это был значительный комплекс ценных источников по истории Левобережной и Слободской Украины. Но архив от царской администрации ассигнований Ее получал, а существовал на пожертвования частной благотворительности и на незначительные дотации от Харьковского университета. Правительство склонно было считать его обычным архивом губернской ученой архивной комиссии, хотя по богатству своих материалов Харьковский архив выгодно отличался от архивов этих комиссий.