Исполнение бюджета возложено на Комиссию, которая несет ответственность за «исполнение бюджета в пределах выделенных ассигнований». Кроме того, в компетенцию Комиссии входит право регулировать денежную наличность в казне Сообщества в течение года и требовать у стран-участниц досрочного внесения причитающихся с них сумм для покрытия временных кассовых разрывов. В то же время Комиссия не имеет права допустить превышения расходов над доходами в целом по итогу финансового года. Она обязана заранее предупредить Совет о возможной нехватке финансовых средств, а Совет обязан в этом случае принять соответствующе решение – либо о сокращении расходов, либо о переложении дополнительных расходов на страны-участницы. Практическое исполнение бюджета возложено на чиновников Комиссии, каждый из которых выполняет различные функции отдельно и независимо от других. Разрешение на выделение средств в рамках, установленных бюджетом и финансовыми регламентами, делается уполномоченным на это чиновником. Осуществление платежей возложено на бухгалтера, который несет как дисциплинарную, так и финансовую ответственность за возможные нарушения при переводе средств. Внутренний контроль и аудит осуществляет финансовый контролер, который проверяет правильность выдачи разрешений на перевод средств, а также полноту поступлений средств в единый бюджет. В случае, если контролер разрешит произвести расходы, которые не соответствуют бюджетным правилам и финансовым регламентам, то он также несет дисциплинарную и финансовую ответственность. В целом, исполнение бюджета проходит в несколько стадий. Прежде чем дать разрешение на выделение финансовых ресурсов из бюджета, чиновник, выдающий разрешение, проверяет заявку на получение средств и сопутствующие документы. Перед тем, как бухгалтер осуществит перевод средств, финансовый контролер проверяет правильность выдачи разрешения. После этого средства переводятся на счет страны, подавшей заявку. В течение финансового года Комиссия уведомляет Парламент, Совет и Палату аудиторов об исполнении бюджета, предоставляя ежемесячно и ежеквартально отчет о доходах и расходах. По истечении финансового года Комиссия должна не позднее чем 1 мая следующего года представить документы о финансовой деятельности, которые включают информацию о доходах бюджета; об обязательствах прошедшего финансового года с разбивкой расходов на «обязательные» и «необязательные»; о средствах, неиспользованных в предыдущие годы. В этот же период Комиссия предоставляет сводный балансовый отчет, содержащий данные обо всех активах и пассивах ЕС, включая заимствования и выдачу кредитов и анализ финансового управления средствами группировки.
Контроль за исполнением бюджета возложен на Палату аудиторов. В 1975 г. было принято решение о создании единой Палаты аудиторов, которая объединила соответствующие учреждения по контролю, имевшиеся в составе ЕЭС, ЕОУС и Евратома. На общую Палату аудиторов была возложена ответственность за ревизию бюджета ЕС и операционного бюджета ЕОУС. Палата осуществляет вневедомственную ревизию бюджетных счетов. Палата аудиторов состоит из 15 членов, которые избираются из числа лиц, работающих или работавших в аудиторских учреждениях своих стран или обладают высокой квалификацией для такой работы, а их независимость должна быть вне всяких сомнений. Члены Палаты назначаются на шестилетний срок Советом после консультаций с Парламентом. Из своего состава они избирают председателя Палаты сроком на три года. Члены Палаты полностью независимы в исполнении своих обязанностей и выполняя их, они не запрашивают и не принимают инструкций ни от национальных правительств, ни от каких-либо иных органов. В соответствие со ст. 201 Римского договора и последующими финансовыми регламентами Палата обязана проводить ревизию всех счетов Сообщества как по доходам, так и по расходам. Ревизия доходов основана на сравнении предполагаемых доходов с фактическими поступлениями финансовых средств в бюджет ЕС. Ревизия исполнения расходной части заключается в сопоставлении финансовых обязательств с фактически проведенными расходами. Ревизия счетов доходов и расходов может иметь место как по окончании финансового года, т.е. после закрытия счетов, так и на протяжении финансового года. Палата имеет право проверять счета не только во всех институтах Сообщества, но и счета ЕС в странах-членах. При этом Палата может привлекать для контроля национальные контролирующие органы и компетентных служащих национальных государственных департаментов. Институты ЕС и проверяемые ведомства обязаны предоставить членам Палаты аудиторов всю информацию, необходимую для ревизии. На основе ревизий Палата по окончании финансового года обязана представить Совету отчет, который публикуется в официальном вестнике Сообщества вместе с объяснительными документами институтов группировки. Отчет Палаты должен быть утвержден Советом, а затем и Парламентом.
Несмотря на наличие многочисленного контролирующего аппарата, контроль за бюджетными средствами порой осуществляется крайне неэффективно. Регулярно публикуются материалы, как официальные, так и мнения независимых экспертов, свидетельствующие об этом. Последним громким скандалом стала публикация в 1999 г. отчета независимых экспертов (объемом более 140 страниц), обвинявших Комиссию, которую возглавлял Жак Сантер, в плохом управлении бюджетными средствами, коррупции и протекционизме, нарушении правил при реализации программ в области оказания гуманитарной помощи, туризма, профессионального обучения и других проектов. После чрезвычайного заседания 16 марта 1999 г. Комиссия ушла в отставку в полном составе накануне Берлинского саммита, создав при этом кризисную ситуацию в ЕС. Хотя эксперты и не нашли случаев, когда бы европейские комиссары были «лично и напрямую» вовлечены в коррупционную деятельность, однако они выявили дела, связанные с коррупцией и плохим управлением, которые входят в сферу компетенции либо отдельных комиссаров, либо всей Комиссии. Одним из главных замечаний независимых экспертов является указание на то, что члены Комиссии ссылались на незнание того, что делается в подведомственных им службах, а это «свидетельствует о потере контроля за расходованием бюджетных средств». «Таким образом, случаи неоспоримых нарушений и коррупции в Комиссии оставались незамеченными самими комиссарами», говорится в отчете. Такая потеря контроля, по мнению независимых экспертов, влечет ответственность как отдельно взятых комиссаров, так и всей Комиссии в целом. Дав свои заключения по каждому пункту обвинений, эксперты подчеркивают, что Европейская комиссия нуждается в реформах, которые приведут к демократической и подконтрольной системе управления исполнительным органом ЕС.
Абсолютно точно установить уровень злоупотреблений, совершаемых в бюджетной сфере невозможно. Основываясь на заключении Палаты аудиторов о том, что наибольшая часть злоупотреблений и мошенничества совершается в таможенной сфере, был организован Комитет по расследованию, в задачи которого входил анализ транзитного режима Сообщества. После тщательного анализа ситуации были получены данные о том, что ежегодно единый бюджет ЕС недополучает по крайней мере 3,5 млрд. евро от таможенных сборов и акцизов. Отчеты Палаты аудиторов и специального комитета Комиссии по борьбе с мошенничеством в сфере бюджета показывают, что наибольшее число злоупотреблений приходится на традиционные собственные ресурсы. Расследования показали, что наибольший ущерб бюджету ЕС наносят организованные преступные действия, связанные с нарушением таможенного законодательства Сообщества. При этом отсутствие единых органов надзора и контроля, также то, что совместные действия национальных таможенных служб осложняются как языковым барьером, так и различным уровнем полномочий этих структур в странах-членах, приводит к тому, что вероятность обнаружения злоупотреблений невысока.
Несмотря на все трудности, с которыми связано обнаружение случаев мошенничества и их оценка, Комиссия активно занималась этой проблемой. В 1988 г. было организован специальный отдел по предотвращению мошенничества UCLAF, который координировал работу национальных департаментов, проводил семинары и обучение специалистов (налоговых инспекторов, работников таможни, аудиторских компаний, полиции), ответственных за предотвращение мошенничества в отношении единого бюджета ЕС. Случаи мошенничества, обнаруженные UCLAF и национальными службами, достаточно разнообразны. При этом уход от уплаты таможенных пошлин в крупных размерах производится посредством использования сложных транспортных схем и подделки документации. Поскольку мошенничество имеет трансграничный характер, то контролирующие органы сталкиваются с трудностями в правовой в сфере. В 1996 г. наибольшее количество случаев было связано с контрабандой сигарет и алкоголя. В частности, представители ЕС утверждают, что американские табачные компании преднамеренно завозят излишние сигареты в страны Восточной Европы и другие регионы так, чтобы излишек ввозился контрабандой в ЕС, что привело к потере миллиардов долларов от неуплаченных налогов и пошлин. В 2001 г. Комиссия зарегистрировала гражданский судебный процесс в федеральном суде Нью-Йорка, требуя возмещения ущерба. Другие случаи были связаны с неверным начислением НДС на компьютерные комплектующие, неправильным заполнением таможенных деклараций, изъятием части товара из транспортных средств во время транзита, фиктивным экспортом вина. Также были отмечены случаи нарушений при определении страны происхождения товара. Что касается расходной части бюджета, то многочисленные нарушения были замечены при распределении средств по линии всех Структурных фондов.