Петровские военные суды без сколько-нибудь серьезных изменений в структуре и судопроизводстве просуществовали 150 лет и «дожили» до военно-судебной реформы 1867 года. При этом некоторые «нижние военные суды» именно как постоянно действующие организовывались специальными Петровскими указами, на основании которых ныне не трудно определить реальное время их образования. Так, датой учреждения в Москве постоянного нижнего военного суда в соответствии с главой 50 Воинского устава следует считать указ от 15 февраля 1723 года. В Санкт-Петербурге военный суд вначале на короткое время был открыт также в 1723 году, однако вскоре был ликвидирован. В качестве постоянно действующего органа 18 августа 1724 года в северной столице начала функционировать постоянная военно-судная комиссия во главе с Петербургским комендантом бригадиром Бахметьевым, исполнявшим обязанности ее президента, т.е. председателя.
Следовательно, ныне действующим Московскому и Санкт-Петербургскому гарнизонным военным судам исполняется 280 лет соответственно 15 февраля 2003 года и 18 августа 2004 года.
В 1867 г. в контексте знаменитых Александровских реформ был принят Военно-судебный устав, в соответствии с которым поэтапно стала создаваться новая отечественная военно-судебная система. Она включала полковые суды, военно-окружные суды и Главный военный суд с двумя его отделениями - в Сибири и на Кавказе.
Устав определил, что судебная власть в военном ведомстве принадлежит указанным судам, которые должны были действовать как установления коллегиальные.
Полковые и военно-окружные суды являлись судами первой инстанции и рассматривали дела по существу. Главный военный суд был судом второй инстанции, решал дела по кассационным жалобам и протестам прокуроров. Он также должен был наблюдать за «охранением точной силы закона и за единообразным его исполнением военными судами».
Судьи полковых судов назначались командиром полка из числа офицеров (председатель на один год, члены - на 6 месяцев). Военно-окружные суды состояли из постоянных и временных членов. Судьи военно-окружных судов и Главного военного суда должны были иметь офицерские звания и юридическое образование. Подбирались они военным министром и назначались приказом царя. Реорганизованная в соответствии с прогрессивной реформой система военных судов просуществовала с некоторыми модификациями вплоть до 1917 г.
Декретом Совета Народных Комиссаров РСФСР «О суде» № 1 от 24 ноября 1917 г. в стране были упразднены все ранее действовавшие общие судебные установления, в том числе «военные и морские суды всех наименований», а взамен их были созданы местные суды и революционные трибуналы, в которых подлежали рассмотрению и дела в отношении военнослужащих.
Создание специальных судов для вооруженных сил не предусматривалось, поскольку в первое время Народный комиссариат юстиции твердо проводил линию на осуществление идеи единого народного суда, и попытки создания военных судов не находили поддержки.
В то же время политическая обстановка, условия гражданской войны требовали принятия особых мер по поддержанию боеспособности армии, укреплению дисциплины и правопорядка в ее рядах. Общегражданские же судебные органы не могли эффективно осуществлять правосудие в войсках, не обеспечивали оперативного разрешения дел, особенно в условиях боевых действий. Судьи были оторваны от армии, не знали специфики военной службы.
Поэтому в войсках по инициативе Реввоенсоветов в середине 1918 года стали образовываться военно-судебные органы: чрезвычайные тройки, полевые суды, военно-полевые сессии и др., которые в результате их преобразования стали называться военными трибуналами. Справедливости ради следует отметить наличие военных судов и в армии противоборствующей стороны.
Для организации единого управления разрозненно создававшихся военных трибуналов Реввоенсовет (РВС) Республики приказом № 94 от 14 октября 1918 г. учредил Военно-Революционнный Трибунал, переименованный в ноябре 1918 г. в Революционный Военный Трибунал Республики (РВТР).
В январе 1919 года РВТР издал первую инструкцию революционным военным трибуналам фронтов и армий, определившую их структуру и порядок деятельности. В последующий период гражданской войны их организация и деятельность регламентировались Положениями «О революционных военных трибуналах», первое из которых было утверждено постановлением РВС Республики от 4 февраля 1919 г., второе - декретом ВЦИК РСФСР от 20 ноября 1919 г., а третье было введено в действие приказом РВС Республики от 4 мая 1920 г.
Сам РВТР стал также и судом первой инстанции по делам о преступлениях, в совершении которых обвинялись высшие военачальники, председатели и члены реввоентрибуналов фронтов и армий. Кроме того, решением РВС Республики дела могли изыматься из ведения РВТ фронтов и армий и передаваться на рассмотрение РВТР.
Таким образом, впервые в отечественной истории высший военно-судебный орган стал рассматривать и разрешать дела по существу. 24 ноября 1918 г. РВТР рассмотрел первое дело - в отношении бывшего председателя реввоентрибунала Южного фронта, который по результатам судебного разбирательства был направлен на испытание в психиатрическую больницу. С этого времени РВТР весьма интенсивно работал в качестве суда первой инстанции. Так, в 1920 году членами этого трибунала, при штате 4 человека, были рассмотрены уголовные дела в отношении 290 человек (всеми же реввоентрибуналами в этом году были рассмотрены дела в отношении 106966 человек). Первым председателем РВТР был назначен К.Х. Данишевский, который затем в начале 1921 года по решению ЦК был направлен на ответственную хозяйственную работу.
Переход к мирному строительству обусловили сокращение Красной Армии и необходимые структурные преобразования военных трибуналов. В 1921 году в их правовом положении произошло изменение, положившее основу дальнейшего функционирования военных судов как части единой судебной системы государства. Из специального репрессивного органа Революционного военного совета республики и революционных военных советов фронтов и армий, они фактически превратились в специализированные судебные органы, созданные для осуществления правосудия в вооруженных силах, а также для рассмотрения дел о совершении наиболее опасных преступлений. Нормативным документом, урегулировавшим эти изменения, было постановление ВЦИК от 23 июня 1921 г. «Об объединении всех Революционных трибуналов Республики». Согласно названному постановлению в качестве единого кассационного органа и органа ближайшего надзора для всех действующих на территории РСФСР трибуналов, а также судебного учреждения для дел особой важности, был установлен состоящий при Всероссийском Центральном Исполнительном Комитете Верховный Трибунал. В его состав вошли Реввоентрибунал Республики, Главный революционный военный железнодорожный трибунал и Кассационный трибунал. Одновременно упразднялись почти все революционные тыловые военные трибуналы. Функции последних были переданы, так называемым, «военным» отделениям при губернских революционных трибуналах, а функции Реввоентрибунала Республики - Военной коллегии Верховного Трибунала ВЦИК, которая продолжила работу по надзору и инспектированию местных реввоентрибуналов, оставаясь одновременно судом первой инстанции при рассмотрении определенной категории дел.
В 1922 году Военная коллегия вошла в состав Верховного Суда РСФСР.
23 ноября 1923 г. ЦИК СССР утвердил Положение о Верховном Суде Союза ССР, в соответствии с которым Военная коллегия передавалась в его состав. Фактически она начала работать в составе Верховного Суда СССР в апреле 1924 года.
Первым председателем Военной коллегии Верховного Суда СССР в феврале 1924 года стал В. А. Трифонов, член партии большевиков с 1904 года. Накануне и после революции 1917 года он занимался формированием Красной Армии, являлся активным участником гражданской войны. Возглавляя Военную коллегию в течение двух лет, В.А. Трифонов многое сделал для становления военных трибуналов как судов общей юрисдикции Союза ССР.
Компетенция Военной коллегии в составе Верховного Суда СССР определялась Положением о Верховном Суде СССР от 23 ноября 1923 г. и Наказом Верховному Суду СССР от 14 июля 1924 г. Рассмотрению Военной коллегией подлежали уголовные дела исключительной важности, направляемые ей особым постановлением Президиума ЦИК СССР или пленарного заседания Верховного Суда СССР, а также дела по обвинению в совершении преступлений, отнесенных к производству военных трибуналов, лиц военного ведомства, включенных в особый список, утвержденный Президиумом ЦИК СССР. Согласно постановлению Президиума ЦИК СССР от 28 декабря 1923 г. в этот список вошли должностные лица от начальника штаба РККА до командиров и комиссаров корпусов, а также судьи, начальники особых отделов и прокурорские работники окружного и армейского уровня. Деятельность Военной коллегии в конце 20 - 30-х гг. в основном была направлена на борьбу с правонарушениями в армии и на флоте и укрепление основ советского государства. С принятием Положений о военных трибуналах и военной прокуратуре (1926 г.) Военная коллегия стала кассационной и надзорной инстанцией для всех военных трибуналов. В те годы на Военную коллегию в законодательном порядке была возложена и роль одного из органов чрезвычайной юстиции, выполнявших функцию политической репрессии в отношении так называемых «врагов народа». В 1934 г. были приняты Постановления ЦИК СССР «Об образовании общесоюзного Народного Комиссариата внутренних дел» и «О рассмотрении дел о преступлениях, расследуемых Народным Комиссариатом внутренних дел Союза ССР и его местными органами». Этими нормативными актами на Военную коллегию возлагалась обязанность по рассмотрению дел об измене Родине, шпионаже, терроре, взрывах, поджогах, иных видах диверсий и подобных им.