За период после переписи 1989 г. население увеличилось лишь в 5 из 12 городов - "миллионников" (табл. 6). Но в Санкт-Петербурге этот рост был обеспечен только благодаря тому, что в 1998 г. населенные пункты, ранее подчиненные городской администрации, были законодательным актом превращены в административные районы города (см. сноску 11). Прирост населения в Казани, Новосибирске и Омске составил доли процента, в Уфе немного превысил 1%.
В группе городов с числом жителей от 500 тыс. до 1 млн. человек население сократилось в 7, увеличилось в 14 раз. Наибольшая убыль населения - на 6,3% - произошла в Туле. Во Владивостоке она составила 4,4%, Барнауле, Саратове и Новокузнецке - около 3,5%. В последние годы население уменьшалось и в Волгограде, из-за чего он не смог удержаться в группе городов - "миллионников", как и Кемерово - среди городов с населением от 500 тыс. до 1 млн. человек. Одновременно с этим значительно выросло население Липецка и Тольятти (примерно на 15%), а также Ульяновска (6,8%) и Тюмени (5,5%). Липецк и Тюмень пополнили эту группу городов в 1990-х гг.
Таблица 6. Динамика численности населения крупнейших городов Российской Федерации, 1897-2000 г., тыс. человек
| 1897 | 1926 | 1939 | 1959 | 1970 | 1979 | 1989 | 2000 | |
| Москва | 1039 | 2080 | 4604 | 6096 | 7063 | 7970 | 8782 | 8389 |
| Санкт-Петербург | 1265 | 1619 | 3119 | 3003 | 3552 | 4073 | 4460 | 4694 |
| Новосибирск | ... | 120 | 404 | 886 | 1161 | 1312 | 1392 | 1399 |
| Нижний Новгород | 90 | 222 | 644 | 942 | 1170 | 1344 | 1403 | 1357 |
| Екатеринбург | 43 | 140 | 423 | 779 | 1025 | 1211 | 1298 | 1266 |
| Самара | 90 | 176 | 390 | 806 | 1027 | 1193 | 1206 | 1156 |
| Омск | 37 | 162 | 289 | 581 | 821 | 1014 | 1148 | 1149 |
| Казань | 130 | 179 | 406 | 667 | 869 | 993 | 1094 | 1101 |
| Уфа | 49 | 99 | 258 | 547 | 780 | 978 | 1078 | 1091 |
| Челябинск | 20 | 59 | 273 | 689 | 875 | 1030 | 1107 | 1083 |
| Ростов-на-Дону | 119 | 308 | 510 | 600 | 789 | 934 | 1019 | 1013 |
| Пермь | 45 | 121 | 306 | 629 | 850 | 999 | 1040 | 1010 |
Среди городов с числом жителей от 100 до 500 тыс. человек убыль населения произошла в 72 городах из 131. Грозный был практически разрушен в результате военных действий, Колпино стало районом Санкт-Петербурга. Кроме этого, значительная убыль населения произошла в Магадане и Норильске (порядка 20%), Петропавловске-Камчатском и Мурманске (15%), Ухте и Прокопьевске (10-12%). Напротив, значительный прирост отмечался в Зеленограде (31%), Старом Осколе (23%), Нижнекамске, Элисте, Северске, Муроме и Белгороде (14-17%). Численность наличного населения Назрани - столицы Республики Ингушетии - в результате значительного наплыва беженцев из Чечни превысила 100 тыс. человек.