Таможенное оформление лицензируемых товаров осуществляется при представлении таможенному органу лицензии Министерства торговли РФ или его территориальных органов. Лицензия выдается контрактодержателю.
До фактического перемещения товаров через таможенную границу РФ владелец лицензии должен зарегистрировать лицензию в таможенном органе, в регионе деятельности которого он находится. Для этого владелец лицензии должен представить оригинал лицензии в отдел нетарифного и экспортного контроля (далее - ОНЭК) таможенного органа, в регионе деятельности которого он находится и который указан в лицензии.
Должностное лицо ОНЭК проверяет правильность заполнения оригинала лицензии, регистрирует се в журнале регистрации оригиналов лицензий и оборотной стороне оригинала лицензии указывает наименования структурных подразделений таможни (постов и отделов), в которых будет производиться таможенное оформление товаров, с указанием количества товаров, которое будет оформляться каждым из указанных подразделений.
Для каждого структурного подразделения таможни, указанного на оборотной стороне лицензии снимаются копии лицевой стороны лицензии и заполняются листы исполнения. На каждой копии лицензии проставляется слово "КОПИЯ", которое заверяется личной номерной печатью должностного лица ОНЭК.
Копии лицензий и листы исполнения передаются в структурные подразделения таможни, оформляющие ввозимые (вывозимые) лицензируемые товары.
При осуществлении таможенного оформления лицензируемого товара должностные лица таможенного поста (отдела таможенного оформления) проверяют соответствие сведений, указанных в ПД, сведениям, указанным в копии лицензии, обращая особое внимание на сведения, приведенные в графах 9, 11, 16, 17 (17а), 22, 24, 31, 33, 34, 41, 44 (п.1).
В случае несоответствия сведений, заявленных в грузовых таможенных декларациях, сведениям, указанным в лицензии, товар выпуску не подлежит до переоформления грузовой таможенной декларации либо внесения изменений в лицензию или до переоформления лицензии.
Таможенные посты и отделы таможенного оформления выпускают товары по лицензии в пределах количества, указанного в листе исполнения лицензии.
При выпуске товара в счет лицензии должностное лицо таможенного поста (отдела таможенного оформления) указывает номер ГТД, количество товара и дату выпуска товара в соответствующих реквизитах листа исполнения лицензии. Не позднее следующего рабочего дня после выпуска товара в отдел таможни копии лицензии должно быть направлено письменное извещение о произведенном выпуске товара.
На основании извещений ОНЭК таможни осуществляет оперативный контроль за исчерпанием квоты, указанной в лицензии. После ввоза (вывоза) товара в количестве, соответствующем квоте, указанной в лицензии, или истечения срока действия лицензии лист исполнения, заверенный начальником структурного подразделения (поста, отдела) передается в ОНЭК таможни.