Раскладка и взимание податей производились самими земскими общинами посредством выборных окладчиков. Они наблюдали, чтобы налоговые тяготы были разложены равномерно «по достатку», для чего составлялись так называемые «окладные книги».
Главными из косвенных налогов оставались торговые пошлины, взимаемые при любом передвижении, складировании или продаже товаров; таможенные пошлины, которые были в правление Ивана Грозного упорядочены; судебные пошлины.
Торговые пошлины очень часто отдавались на откуп, что служило серьезным препятствием для развития торговли, особенно вследствие их искусственного усложнения, придирок и вымогательств со стороны откупщиков и нанятых ими сборщиков.
В 1571 г. была дана таможенная новгородская грамота о сборе пошлин на Торговой стороне в государевой опричнине. И здесь новгородцу дается преимущество перед иногородними. Грамота предупреждает: без весу меду, икры и соли не продавать. Нарушителю грозит серьезный штраф. Брать все пошлины следует с товаров царских, митрополичьих, наместничьих, боярских, с сельчан и со всех без исключения. Таможенникам поручалось смотреть, чтобы торговые люди и иноземцы не вывозили в Литву и к немцам денег, серебра и золота. Таможенники должны были брать поплатную пошлину по берегам реки Волхова с судов и плотов с плавного весу.
В 1577 г. там же на Торговой стороне были установлены твердые пошлины с дворов гостиных и лавок. В царскую казну шли сборы с публичных бань, с питейной торговли, так как изготовление и продажа пива, меда и водки составляли исключительно прерогативу государства.
В конце XVI в. особенная царская вотчина, включающая в себя 36 городов с селами и деревнями, доставляла казне Дворцового ведомства, помимо денежного оброка, хлеб, скот, птиц, рыбу, мед, дрова, сено. Тягло и подать государственная приносили казне 400 тыс. руб. и меха сибирской области. Различные городские пошлины — торговые, питейные, судебные, банные — приносили 800 тыс. руб. в казну Большого Прихода. Сюда же направляли излишки доходов прочие приказы — Стрелецкий, Иноземный, Пушкарский, Разрядный и др.
Политическое объединение русских земель относится к концу XV в. Однако стройной системы управления государственными финансами не существовало еще долго. Большинство прямых налогов собирал Приказ большого прихода. Одновременно с ним обложением населения занимались территориальные приказы: в первую очередь Новгородская, Галичская, Устюжская, Владимирская, Костромская чети, которые выполняли функции приходных касс; Казанский и Сибирский приказы, взимавшие ясак с населения Поволжья и Сибири; Приказ большого дворца, облагавший налогом царские земли; Приказ большой казны, куда направлялись сборы с городских промыслов; Печатный приказ, взимавший пошлину за скрепление актов государевой печатью; Казенный патриарший приказ, ведающий налогообложением церковных и монастырских земель. Помимо перечисленных налоги собирали Стрелецкий, Посольский, Ямской приказы. В силу этого финансовая система России в XV — XVII вв. была чрезвычайно сложна и запутанна.
Несколько упорядочена она была в царствование Алексея Михайловича (1629—1676), создавшего в 1655 г. "Счетный приказ". Проверка финансовой деятельности приказов, анализ приходных и расходных книг позволили довольно точно определить бюджет государства. В 1680 г. доходы составляли 1203367 руб. Из них за счет прямых налогов обеспечено поступление 529481,5 руб., или 44% всех доходов, за счет косвенных налогов — 641394,6 руб., или 53,3%. Остальную сумму (2,7%) дали чрезвычайные сборы и прочие доходы. Расходы составили 1125323 руб. Вообще после смутного времени для новой династии Романовых финансы были наиболее больным местом.
Полоняничная подать, которая собиралась время от времени по особому распоряжению, в царствование Алексея Михайловича стала постоянной (по Уложению 1649 г.) и собиралась ежегодно «со всяких людей». Посадские обыватели и церковные крестьяне платили со двора по 8 денег, дворцовые и помещичьи крестьяне — по 4 деньги, а стрельцы, казаки и прочие служилые люди низших чинов — по 2 деньги. Стрелецкая подать была при Иване Грозном незначительным налогом хлебом, а при Алексее Михайловиче выросла до значения одного из основных прямых налогов и уплачивалась как натурой, так и деньгами. Развивались пошлины с различных частных сделок, с просьб в административные учреждения, с выдаваемых оттуда грамот — неокладные сборы.
Отсутствие теории налогообложения, необдуманность практических шагов порой приводили к тяжелым последствиям. Правительство Алексея Михайловича прибегало к экстренным сборам. С населения взимали сначала двадцатую, потом десятую, затем пятую деньгу. Таким образом прямые налоги «с животов и промыслов» поднялись до 20%. Увеличивать прямые налоги стало сложно. И тогда была предпринята попытка поправить финансовое положение с помощью косвенных налогов. В 1646 г. был повышен акциз на соль с 5 до 20 коп. на пуд. Кстати, эту меру применяли и в других странах. Расчет был на то, что соль потребляют все слои населения и налог разложится на всех равномерно.
Однако на деле оказалось, что тяжело пострадало беднейшее население. Оно кормилось главным образом рыбой из Волги, Оки и других рек. Выловленная рыба тут же солилась дешевой солью. После введения указанного акциза солить рыбу оказалось невыгодно. Рыба портилась в огромном количестве. Возник недостаток основного пищевого продукта. К тому же у людей, занятых тяжелым физическим трудом, солевой обмен наиболее интенсивен и соли им требуется больше, чем в среднем для человека.
В России соляной налог пришлось отменить после народных (соляных) бунтов в 1648 г., и началась работа по упорядочению финансов на более разумных основаниях.
Прежде всего, была введена четкая таможенная система вместо случайных таможенных пошлин и льгот. В 1653 г. издан Торговый Устав. Внешняя таможенная пошлина была установлена в 8 денег с рубля и в 10 денег с рубля, т.е. 4 и 5%. Иностранцы платили, кроме того, 12 денег с привозимых и вывозимых товаров таможенную пошлину и еще 4 деньги с рубля проезжую пошлину. В целом для иностранцев таможенная пошлина составляла 12—13%, для русских, вывозивших товары за границу — 4— 5%, т. е. Торговый Устав имел явно протекционистский характер.
В 1667 г. ставки были уточнены Новоторговым Уставом. Сохранилась пошлина в 8 и 10 денег с рубля для русских и плюс 12 денег с рубля, для иностранных купцов. Но добавилось положение, что при проезде в глубь страны иностранец платит еще по гривне с рубля, или дополнительно 10%.
Большое распространение получил введенный несколько ранее налог на имущество. Он взимался в размере 3 коп. с четверти переходившей по наследству земли со всех без исключения, даже с наследников по прямой линии.
Таким образом, в 16-17 веках налогообложение на Руси было упорядочено и приведено в систему. Налоги становятся основным источником бюджета. Были созданы специальные органы, в компетенцию которых входил контроль за фискальной деятельностью приказов, за выполнением доходной части бюджета.
Крупномасштабные государственные преобразования в России, коснувшиесявсех сфер экономики, включая финансы, связаны с именем Петра I (1672—1725). В предшествующее ему время финансовая система Руси ориентировалась на увеличение налогов по мере возникновения и возрастания потребностей казны вне связи с реальным экономическим положением страны. Петр предпринял усилия для подъема производительных сил, видя в этом необходимые условия укрепления финансового положения. В народнохозяйственный оборот входили новые промыслы, велась разработка еще не тронутых богатств. Вводились новые орудия производства и новые приемы труда во всех отраслях хозяйства. Развивались горное дело, обрабатывающая промышленность, страна покрывалась сетью заводов и мануфактур.
Петр начал учреждать казенные фабрики и заводы. Но при этом предусматривал передачу их в дальнейшем в частные руки. Зачинателям производства давались значительные денежные ссуды, льготы, к промышленным предприятиям приписывались населенные пункты, что позволило решить проблему рабочих рук. Именно в этот период в России возникли металлургия, горнозаводская промышленность, судостроение, суконное дело, парусное дело.
Активно перенимая зарубежный опыт, Россия проводила протекционистскую политику, в том числе через таможенные пошлины. Занятие заводчиков и фабрикантов ставилось наравне с государственной службой.
Промышленное развитие требовало улучшения торговли. Торговлю затрудняло состояние путей сообщения, и это крайне заботило царя. Он задумал соединить Балтийское и Каспийское моря посредством системы каналов. При нем был прорыт канал, соединивший реки Уну и Творцу, начаты работы по сооружению Ладожского канала. Российским купцам Петр настойчиво предлагал образовывать торговые компании, объединять капиталы. Все эти меры, давая крупную отдачу в будущем, расширяя налоговую базу, порой требовали немедленных расходов. Кроме того, Россия в ту эпоху вела непрерывные войны. Реорганизация армии, строительство флота требовали все новых и новых дополнительных расходов. Помимо стрелецкой подати, были введены военные налоги: деньги драгунские, рекрутские, корабельные, подать на покупку драгунских лошадей, вводились и другие налоги. Петр учредил особую должность — прибыльщиков, обязанность которых «сидеть и чинить государю прибыли», т. е. изобретать новые источники доходов казны. Так был введен гербовый сбор, подушный сбор с извозчиков — десятая часть доходов от их найма, налоги с постоялых дворов, с печей, с плавных судов, с арбузов, орехов, с продажи съестного, с найма домов, ледокольный и другие налоги и сборы. Облагались даже церковные верования. Например, раскольники были обязаны уплачивать двойную подать. До нас дошли имена прибыльщиков Алексея Курбатова, предложившего применить гербовую, или орленую, бумагу по примеру Голландии, Степана Вараксина, Василия Ершова, Алексея Яковлева, Старцова, Акиншина.