В структуре центрального аппарата были сформированы департаменты: по правовым вопросам, развития конкуренции на финансовых рынках и контролю за соблюдением законодательства о биржах, развития и поддержки предпринимательства, регулирования деятельности естественных монополий в области связи, регулирования деятельности естественных монополий на транспорте. Положение о Министерстве Российской федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства утверждено Постановлением Правительства Российской Федерации № 793 от 12 июля 1999 года.
4 сентября 2001 г. Указом Президента Российской Федерации от № 1091 “О внесении изменения в Указ Президента Российской Федерации от 29 ноября 1995 г. № 1194 ”О Федеральной энергетической комиссии Российской Федерации“ утратил силу абзац второй пункта 3 Указа Президента Российской Федерации от 22 сентября 1998 г. № 1142 ”О структуре федеральных органов исполнительной власти“ в части, касающейся передачи МАП России функций упраздненной Федеральной службы России по регулированию естественных монополий на транспорте.
9 марта 2004 г. Министерство было упразднено, а его полномочия переданы другим ведомствам. Принадлежавшие МАП России функции федерального антимонопольного органа, контроля над деятельностью естественных монополий и над соблюдением законодательства о рекламе перешли к вновь образованной Федеральной антимонопольной службе, руководителем которой стал Игорь Юрьевич Артемьев. Положение о Федеральной антимонопольной службе принято Правительством России 29 июля 2004 г.
енции" за 1992-2004 гг.)
Динамика суммы уплаченных штрафов за нарушение антимонопольного законодательства и законодательства о рекламе в 2002-2005 гг.
*оценка
За 2005 год уплачено штрафов и собрано незаконно полученной прибыли в 2,5 раза больше, чем за 3 предыдущие года.