Залогом стабильного, бескризисного развития экономики, многократно подчеркивал Н. Д. Кондратьев, является ее сбалансированность. Именно поэтому одной из определяющих черт научной системы планирования ученый считал согласованность Целей, определенных в рамках перспективного плана, и путей их реализации. Применительно к главной задаче того периода — индустриализации страны – это означало необходимость определения ее реальных масштабов и темпов, а также последствий связанных с ней изменений структуры народного хозяйства. Ученый подчеркивал необходимость согласования установок на форсирование индустриального развития с задачами развития сельского хозяйства, которые возникали в связи с индустриализацией и без решения которых, по мнению Н. Д. Кондратьева, невозможны успешный экономический рост и социальное развитие в будущем. Он подчеркивал необходимость повышения интенсивности процесса накопления капитала в сельском хозяйстве, оказания содействия хозяйствам, являющимся основными производителями товарной продукции, повышения интенсивности сельскохозяйственного производства, культуры земледелия и т. д. Реализацию всех этих целей Н. Д. Кондратьев теснейшим образом связывал с заинтересованностью непосредственных производителей в результатах своего труда. В связи с этим он указывал на важность развития отраслей легкой промышленности, продукция которой является материальной основой, обеспечивающей включение крестьянства в общехозяйственный товарооборот. Он отмечал также экономическое и политическое значение сбалансированной политики в области структуры цен, которая позволила бы крестьянству осуществлять расширенное воспроизводство. Существенным с точки зрения повышения эффективности сельского хозяйства и расширения национального рынка сельскохозяйственной продукции Кондратьев считал сохранение связи с мировым рынком. Среди общеэкономических положений его программы следует указать на признание важности сбалансированности платежеспособного спроса населения и наличной массы потребительских товаров, роста реальной заработной платы и повышения производительности труда.
В 1926 – 1927 гг. Н. Д. Кондратьев пытался отстоять свою позицию на страницах экономических журналов, трибун совещаний (широкий резонанс имели его выступления в Коммунистической академии в ноябре 1926 г. в связи с разработкой законопроекта «Об основных началах землепользования и землеустройства» и доклад в Институте экономики РАНИОН в марте 1927 г.), а также в докладной записке в ЦК «Задачи в области сельского хозяйства в связи с развитием народного хозяйства и его индустриализацией». Именно последняя работа послужила поводом появления в журнале «Большевик» (1927. № 13) статьи Г. Е. Зиновьева, содержавшей политическую и идеологическую оценки позиции Н. Д. Кондратьева и его сторонников и во многом определившей направление и характер будущих выступлений против Н. Д. Кондратьева и других специалистов. Высказанная Н. Д. Кондратьевым точка зрения была названа «манифестом кулацкой партии», сам он был объявлен вождем «либеральной устряловщины» и главой целой школы, объединявшей «неонародников» (А. В. Чаянов, А. Н. Челинцев, Н. П. Макаров) и «либеральных буржуа» (Г. А. Студенский, Л. Н. Литошенко). Впоследствии к этой школе, «превратившейся» уже в «трудовую крестьянскую партию», были присоединены крупные ученые и специалисты Л. Н. Юровский, А. Г. Дояренко, Л. О. Фабрикант и др. Деятельность этой «партии» рассматривалась в связи с «правым уклоном» в ВКП(б), соответственно и борьба с ней была частью борьбы с этим уклоном, борьбы, которая становилась в этот период все более непримиримой.
Главный удар был нацелен против положений Н. Д. Кондратьева по вопросам планирования и управления, развития сельского хозяйства и промышленности, его концепции больших циклов. Его позиция была расценена как направленная на срыв индустриализации и коллективизации, защиту кулачества и наступление на беднейшие слои крестьянства, реставрацию капитализма и подчинение народного хозяйства мировому рынку и т. д. Так, даже такое, казалось бы, очевидное и бесспорное утверждение, что рост реальной заработной платы должен быть поставлен в тесную зависимость от повышения производительности труда, было воспринято как свидетельство стремления Н. Д. Кондратьева понизить уровень жизни рабочих. А его высказывание о невозможности указать точный срок крушения капитализма и рассчитывать на это крушение в ближайшем будущем — как здравица в честь капитализма.
С 1930 г. публикации, касавшиеся Н. Д. Кондратьева и его сторонников, приобрели откровенно враждебный, чрезвычайно грубый и оскорбительный тон. Уже не было и следа попыток разобраться в существе вопросов, дать сколько-нибудь объективную оценку высказанным положениям. Шла массированная кампания «разоблачения вредителей» различного рода, которых «становилось» все больше и больше во всех областях науки, техники, народного хозяйства. Осуществлялась идеологическая обработка широких слоев населения с целью создания "атмосферы враждебности к тем, кто должен был скоро предстать перед судом. К этому времени Н. Д. Кондратьев был уже смещен с должности директора Конъюнктурного института (это произошло в начале 1928 г.). Сам институт после безуспешных попыток преемника Н. Д. Кондратьева и его коллеги П. И. Попова спасти это научное учреждение прекратил свое существование.[7]
В июле 1930 г. Н. Д. Кондратьев был арестован. Ему предстояли полтора года изнурительного следствия, прежде чем вслед за процессами над членами «промпартии»и «меньшевиками-контрреволюционерами» состоялся закрытый процесс по делу его «партии» — «трудовой крестьянской». Н. Д. Кондратьеву и целому ряду специалистов-аграрников (А. В. Чаянову. А. Н. Челинцеву, Н. П. Макарову, А. Г. Дояренко и др.) были предъявлены обвинения в саботаже в сельском хозяйстве, в протаскивании буржуазных методов в планирование, в ошибочных представлениях о сущности социалистического планирования, целом ряде других преступлений. И. Д. Кондратьев был осужден на восемь лет лишения свободы. Местом его заключения был установлен Суздальский политизолятор, расположенный в бывшем Спасо-Евфимиевом монастыре. (Известно, что там же отбывали заключение Л. Н. Юровский и В. Г. Громан.)
С февраля 1932 г. Николай Дмитриевич находился в Суздале.
Хотя физическое и моральное состояние ученого было сильно подорвано, больше всего он страдал от вынужденного бездействия, оторванности от мировой и отечественной науки. Мысль об исследовательской работе не покидала Николая Дмитриевича. В одном из писем к жене он писал: «Мне все хочется сколько-нибудь с пользой провести время и тем хоть сколько-нибудь уменьшить ту рану, которую нанесла моей жизни в смысле бесплатной потери времени тюрьма. Самое ужасное в жизни — это потеря времени, т. к. жизнь человеческая необычайно коротка и при бездеятельности бессмысленна. Тюрьма же... приостановила мою научную работу и притом приостановила ее в самый критический момент, т. к. идут годы и мои научные планы разлетаются, как песок».
С трудом удалось Евгении Давыдовне передать совсем небольшую часть необходимых Николаю Дмитриевичу книг по философии, математике, экономике. Превозмогая тяжелое физическое состояние, ощущение глубокой несправедливости и гнетущей безысходности своего положения, Н. Д. Кондратьев работал над проблемами экономической динамики. Он писал книгу о тренде, после которой намеревался написать еще несколько исследований. В конце 1934 г., когда работа над этой книгой подходила к концу, он писал жене: «Как только кончу эту книгу, начну книжку о больших колебаниях, план которой и содержание для меня уже вполне ясны. Затем я буду писать книгу о малых циклах и кризисах. После этого вернусь к вводной общеметодологической части, которую в черновиках передал тебе. И, наконец, закончу все пятой книгой по статистической теории социально-экономической генетики, или развития. Впрочем, все это планы, для которых нужны силы, душевное спокойствие и вера. Поэтому планы могут остаться только планами...».[8]
По-видимому, в конце 1936 г. в состоянии здоровья Николая Дмитриевича наступил перелом к худшему, не оставлявший у него надежды на выздоровление. Практически не было возможности работать, а надвигавшаяся слепота грозила прервать единственную и очень хрупкую нить, связывавшую его с миром, с близкими. Последнее письмо — напутствие дочери — он написал 31 августа 1938 г., менее чем за три недели до повторного приговора по его делу, определившего высшую меру наказания — расстрел.
Надо заметить, что на рубеже 20-х и 30-х гг. были оборваны важнейшие направления научных исследований: изучение эволюции крестьянского хозяйства (организационно-производственная школа, возглавляемая А.В.Чаяновым), разработка методологии текущих планов (В.Г.Громан, В.А.Базаров), построение баланса народного хозяйства (П.И.Попов, Л.Н.Литошенко), разработка теории роста и перспективного планирования (Г.А.Фельдман, Н.А.Ковалевский), разработка проблем кредитно-денежного регулирования (Г.Я.Сокольников, Л.Н.Юровский, А.А.Соколов, Н.Н.Шапошников, Н.Д.Кондратьев и др.), прогнозирование долговременных циклов конъюнктуры (Н.Д.Кондратьев, выдающийся ученый, который внес свой вклад в разработку практически всех названных выше проблем). Каждое из этих направлений, оборванное, уничтоженное, ошельмованное в нашей стране, послужило тем не менее истоком для разработки целых пластов научной теории за рубежом. Учение А.В.Чаянова о кооперации, не поглощающей крестьянское индивидуальное хозяйство, а вырастающей над ним, объединяющей отдельные отрасли крестьянского хозяйства в соответствии с оптимальными размерами производства в каждой из этих отраслей, послужило теоретической основой для мощного развития кооперации в Западной Европе, Латинской Америке, Японии. Идеи первого баланса народного хозяйства, выдвинутые группой советских экономистов во главе с Л.Н.Литошенко и П.И.Поповым, легли в основу принятого теперь во всем мире национального счетоводства, типовые формы которого разработаны научными учреждениями ООН и рекомендованы всем странам. Разработки Г.А.Фельдмана явились первой моделью экономического роста; дальнейшая разработка закономерностей и внутренних зависимостей экономического роста началась на Западе после второй мировой войны. В.А.Базаров впервые сформулировал проблему оптимизации плановых решений. Поиски методов оптимизации составили целое направление не только в экономической теории, но и в математике (линейное программирование). Огромное влияние на развитие теории больших циклов конъюнктуры оказали труды Н.Д.Кондратьева. Наконец, школа советских финансистов заложила основы учения о кредитном и монетарном регулировании экономики, приобретающем все большее значение в современном мире.[9]