Специализированные банки приступили к операциям с 1 января 1988 г. И довольно быстро стало ясно, что механизм управления системой банков усложнился, разросшийся административный аппарат своей ложной активностью подмял низовое звено – отделения, лишив их возможности самостоятельно решать вопросы кредитно-расчетного обслуживания клиентуры. Ведомства, творя реформу по своему образу и подобию, так увлеклись созданием удобных кресел, что не заметили, как управленческая пирамида стала на "голову": внизу одно отделение, а вверху 12 бюрократических структур. В итоге получился "аппаратный" вариант перестройки банковской системы. Реорганизация, проведенная, казалось бы, с целью ликвидации монопольного положения Госбанка и Стройбанка в сфере кредитных отношений, привела на смену одним монополистам других. Очень скоро стало ясно, что настоящая реорганизация банковской системы еще впереди.
На рубеже 80-х и 90-х годов в общественном мнении стала утверждаться мысль о необходимости перехода к рыночной экономике. На фоне ожесточенной идеологической дискуссии вокруг данной проблемы стали создаваться первые негосударственные коммерческие и кооперативные банки. Тем самым возникло качественно новое направление формирования банковской системы. Идеологически и экономически была подготовлена почва для возрождения коммерческих банков, судьба которых, казалось бы, бесповоротно определилась в момент их полной ликвидации при переходе к командным методам управления экономикой.
Численность вновь созданных коммерческих и кооперативных банков быстро возрастала. На 1 января 1989 г. в СССР насчитывалось всего 43 коммерческих и кооперативных банка, а через 2 года их число возросло до 1357, в том числе в России – до 1215. В дальнейшем количество коммерческих банков продолжало быстро возрастать, в том числе за счет образовавшихся на базе не оправдавших себя государственных специализированных банков.
К этому времени Госбанк СССР стал выполнять функции Центрального банка. Одновременно те же функции постепенно обретал Центральный банк РСФСР (Банк России). Тем самым в стране началось формирование двухуровневой банковской системы.
В этих условиях возникла необходимость в соответствующей законодательной базе, юридически закрепляюшей статус как центрального банка, так и коммерческих банков. Необходимые законы были приняты в декабре 1990 г. На союзном уровне Верховным Советом СССР 11 декабря 1990 г. были приняты законы “О Государственном банке СССР” и "О банках и банковской деятельности "; в Российской Федерации – законы "О Центральном банке РСФСР (Банке России)"и "О банках и банковской деятельности в РСФСР" (2декабря 1990 г.). С принятием этих законов развитие сети коммерческих банков характеризовалась еше более быстрыми темпами и определенной уверенностью.