Для депутатов Государственной Думы существует свободный мандат, который означает, что депутат не связан наказами избирателей и не может быть ими досрочно отозван. Он действует исходя из своих убеждений в интересах всего народа, а не только избирателей данного избирательного округа или той политической партии, по спискам которой он был избран в палату. В своей деятельности депутат должен руководствоваться Конституцией РФ, законами и своей совестью. Не существует юридических установлений обязанности депутата поддерживать политику какой-либо партии, строго следовать фракционной дисциплине или отчитываться перед руководством фракции о своей деятельности. Свободный мандат депутата все же предусматривает обязанность депутата информировать избирателей о своей деятельности, обеспечивать их права и интересы, руководствоваться предвыборной программой. Однако отсутствие каких-либо санкций за это позволяет депутатам действовать свободно, в соответствии со своими убеждениями. Срок полномочий депутатов начинается со дня их избрания и заканчивается в день начала работы Государственной Думы нового состава.
Важнейшей гарантией свободной деятельности депутата является принцип парламентского иммунитета. Члены Совета Федерации и депутаты Государственной Думы обладают неприкосновенностью в течение всего срока их полномочий. Они не могут быть задержаны, арестованы, подвергнуты обыску, кроме случаев задержания на месте преступления, а также подвергнуты личному досмотру, за исключением случаев, когда это предусмотрено федеральным законом для обеспечения безопасности других людей. Вопрос о лишении неприкосновенности решается по представлению Генерального прокурора РФ соответствующей палатой Федерального Собрания. Парламентский иммунитет депутатов означает не их личную привилегию, а способ ограждения депутатов от необоснованных преследований. Кроме того, это показатель самостоятельности и независимости самого парламента. Разумеется, это исключение из нормы о равенстве всех перед законом и судом, но это диктуется необходимостью конституционной защиты статуса парламента как высшего законодательного и представительного органа. Неприкосновенность действует на весь период избрания депутата Государственной Думы и члена Совета Федерации. Она распространяется на жилище депутата, его служебное помещение, багаж, личные и служебные транспортные средства, переписку, используемые им средства связи, принадлежащие ему документы. Депутаты не могут быть привлечены к уголовной и административной ответственности за высказывание, мнение, позицию, выраженную при голосовании и другие действия, соответствующие их статусу, в том числе и по истечении срока их полномочий. Они вправе отказаться от дачи свидетельских показаний по гражданскому или уголовному делу об обстоятельствах, ставших им известными в связи с выполнением ими своих депутатских обязанностей.
Лишение депутата парламентской неприкосновенности может быть осуществлено только по представлению Генеральной прокуратуры палаты, к которой принадлежит данный депутат. Без согласия палаты судебное разбирательство в отношении депутата не может иметь место.
Помимо иммунитета на депутатов Государственной Думы и членов Совета Федерации распространяется и принцип парламентского индемнитета, т.е. вознаграждения за его парламентскую деятельность. Депутатское вознаграждение является основным источником дохода депутата, поскольку он не имеет права заниматься другой оплачиваемой работой. Индемнитет включает в себя материальное обеспечение депутата в виде ежемесячной заработной платы и надбавки к ней, приравненные к зарплате и надбавкам к ней федерального министра, материальные блага, медицинское обслуживание, обязательное страхование жизни и т.д. Обязательное государственное страхование депутата осуществляется на сумму годового денежного содержания министра. Страховые суммы выплачиваются в случае гибели депутата. В случае причинения увечья здоровью, депутат получает ежемесячную компенсацию. На срок своих полномочий депутат освобождается от призыва на военную службу и военные сборы. В случае досрочного роспуска Государственной Думы депутаты этой палаты получают единовременное денежное пособие за весь период, оставшийся до завершения первоначального срока их полномочий из расчета их ежемесячного денежного вознаграждения.
Работа в качестве депутата засчитывается в непрерывный трудовой стаж. Ежегодный оплачиваемый отпуск депутатов составляет 48 рабочих дней. Им предоставляется медицинское, бытовое и пенсионное обеспечение на уровне членов правительства. Служебное помещение депутатов оборудовано правительственной связью. Депутатам предоставлено право бесплатного пользования всеми видами транспорта, кроме такси. Депутату полагается 5 штатных помощников - 1 в Государственной Думе и 4 в избирательном округе. Количество внештатных помощников устанавливается Государственной Думой.
Порядок работы Государственной Думы устанавливается Регламентом самой Государственной Думы. Государственная Дума проводит две очередные сессии в год - весенняя с 12 января по 20 июня, и осенняя - с 21 сентября по 25 декабря. Могут быть созваны и внеочередные сессии по требованию Президента РФ, одной пятой состава Государственной Думы или по предложения председателя Государственной Думы.
На первое заседание в соответствии со ст. 99 Конституции РФ Государственная Дума собирается на 30 день после своего избрания. Президент РФ может созвать ее на сессию и раньше этого срока. Первое заседание открывает старейший по возрасту депутат Государственной Думы. В дальнейшем до избрания председателя Государственной Думы заседания ведут поочередно представители депутатских объединений по согласованию между ними. Государственная Дума может проводить как открытые, так и закрытые заседания. Решение в проведении закрытого заседания принимается большинством голосов от числа депутатов, принявших участие в голосовании. Сведения о содержании закрытых заседаний не подлежат разглашению. Закрытое заседание назначается не менее чем за один час до планируемого времени его проведения. Запрещается приносить на закрытое заседание и использовать фото, кино и видео технику, средства радиосвязи и радиотелефоны. Председатель Государственной Думы предупреждает об этом присутствующих. Заседания Государственной Думы проводятся по средам и пятницам, могут быть назначены дополнительные или внеочередные заседания. Совет Государственной Думы собирается по вторникам и четвергам. Комитеты и комиссии заседают по понедельникам и четвергам. Вторник отводится для работы депутатов в комитетах и комиссиях, во фракциях и депутатских группах. Каждая последняя неделя месяца предназначается для работы депутатов Государственной Думы с избирателями.
Каждую пятницу на заседании Государственной Думы проводится "правительственный час" для ответов председателя Правительства, его заместителей и других членов Правительства на запросы и вопросы депутатов. При этом заслушиваются не более двух приглашенных членов Правительства. Приглашенным для ответов на вопросы депутатов отводится не более 15 минут.
Депутат, выступающий на заседании, не вправе нарушать правило депутатской этики - употреблять в своей речи грубые, оскорбительные выражения, наносящие ущерб чести и достоинству депутатов Государственной Думы и других лиц; допускать необоснованные обвинения в чей-либо адрес; использовать заведомо ложную информацию, призывать к незаконным действиям. В случае нарушения указанных правил председательствующий предупреждает выступающего и в случае повторного нарушения лишает его права выступления в течение всего дня заседания. В случае нарушения указанных правил депутат может быть также лишен права выступления на срок до одного месяца решением палаты, принимаемым большинством от общего числа депутатов.
Депутат или группа депутатов может обратиться с запросом к Правительству, Генеральному прокурору, председателю Центрального Банка, руководителям федеральных исполнительных органов, органов исполнительной власти субъектов РФ. Запрос оглашается на заседании палаты, и в случае его одобрения большинством от общего числа депутатов, он оформляется постановлением Государственной Думы.
Председательствующий на заседании Государственной Думы руководит общим ходом заседания, предоставляет слово для выступления в порядке поступления заявок, ставит предложения на голосование и контролирует ведение протоколов заседания. Председательствующий имеет право предупредить выступающего депутата в случае его отклонения от темы выступления, а при повторном отклонении лишать его слова, удалять из зала приглашенных лиц, мешающих работе Государственной Думы.
Работа в Государственной Думе осуществляется на русском языке. Депутат, желающий выступить на ином языке народов Российской Федерации, заблаговременно уведомляет об этом Совет Государственной Думы. Такое выступление обеспечивается переводом на русский язык.
Регламентом устанавливается временной порядок работы Государственной Думы, время выступления с докладами, в прениях, со справками и т.д. С согласия большинства присутствующих на заседании председательствующий может установить общую продолжительность обсуждения вопроса. На заседании один и тот же депутат может выступать в прениях по одному и тому же вопросу не более двух раз.