Оно не может самостоятельно применять какие-либо санкции, оно вправе направлять предписания об устранении финансовых нарушений. Предложения, сделанные по итогам проверок, вносятся на рассмотрение Президента.
В системе исполнительной власти контрольными полномочиями наделены: Министерство финансов, Федеральное казначейство, региональные и муниципальные финансовые органы, главные распорядители и распорядители бюджетных средств. Правительство РФ как высший орган исполнительной власти регулирует и контролирует финансовую деятельность министерств и ведомств, межбюджетные отношения, информирует Государственную Думу о ходе исполнения федерального бюджета, а также предоставляет Счетной палате информацию, необходимую для осуществления ею контрольных полномочий.
Министерство финансов РФявляется органом, обеспечивающим проведение единой финансовой, бюджетной, налоговой и валютной политики в стране, и обладает широкими контрольными полномочиями в данной сфере.
Постановлением Правительства РФ от 07.04.2004 г. № 185 «Вопросы Министерства финансов Российской Федерации» определено, что Министерство финансов РФ разрабатывает и утверждает методологию и методическое обеспечение государственного финансового контроля, включая порядок его организации, осуществляет наряду с другими функциями, функцию контроля и надзора в финансово-бюджетной сфере, применение мер ответственности за правонарушения в финансово-бюджетной сфере, финансового мониторинга денежных доходов населения и т.д.
Министерство финансов РФ, в соответствии с Указом Президента РФ от 09.03.2004 г. № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» и постановлением Правительства РФ от 30 июня 2004 г. № 329 «О Министерстве финансов РФ», осуществляет координацию и контроль деятельности находящихся в его ведении Федеральных служб: Федеральной налоговой службы, Федеральной службы страхового надзора, Федеральной службы финансово-бюджетного надзора, а также осуществляет контроль за исполнением Федеральной таможенной службой правовых актов, касающихся вопросов исчисления и взимания таможенных платежей, определения таможенной стоимости товаров и транспортных средств, Федерального казначейства.
Министерство финансов РФ и Федеральные службы осуществляют свою деятельность во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями. В своей деятельности они руководствуются Конституцией РФ, Федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента РФ и Правительства РФ, международными договорами РФ, актами Министерства финансов РФ, соответствующими Положениями.
Важное место в системе государственного финансового контроля принадлежит Счетной палате РФ.
Счетная палата РФ является постоянно действующим органом государственного финансового контроля. В своей деятельности Счетная палата РФ руководствуется Конституцией РФ, Федеральным законом от 11 января 1995 № 4-ФЗ «О Счетной палате Российской Федерации», другими федеральными законами.
Основной задачей Счетной палаты РФ является контроль использования федеральных средств и имущества, в том числе контроль исполнения федерального бюджета, который включает в себя: контроль своевременного исполнения доходов и расходов федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов, оценку их обоснованности; оценку эффективности, результативности и целесообразности расходования государственных средств и использования федеральной собственности. Счетная палата РФ также осуществляет оперативный контроль исполнения федерального бюджета, проводит комплексные ревизии и тематические проверки; осуществляет экспертизу проектов федерального бюджета, законов и иных нормативных правовых актов; проводит анализ нарушений и отклонений в бюджетном процессе и т.д.
В 2000 году создан Экспертно-консультативный совет при Председателе Счетной палаты РФ, целью создания которого является повышение эффективности экспертно-аналитической деятельности СП РФ, формирование научно-обоснованной государственной политики в области финансового контроля. Членами совета являются ведущие ученые, специалисты по финансово-экономическим вопросам и бюджетному процессу, представители субъектов хозяйствования и средств массовой информации.
Федеральная налоговая служба и ее территориальные подразделения осуществляют налоговый контроль — контроль соблюдения налогового законодательства, учет налогоплательщиков и объектов облагаемого имущества, камеральные и выездные проверки правильности исчисления, полноты и своевременности уплаты налогов и сборов. ФНС разрабатывает и контролирует реализацию налоговой политики, а также осуществляет контроль выполнения плановых налоговых назначений (плана сбора налоговых платежей) и собираемости налогов по стране в целом и через свои территориальные управления. При осуществлении контрольной деятельности налоговые органы ФНС взаимодействуют с таможенными органами по налоговым платежам, взимаемым на таможенной границе, и с Федеральной службой по экономическим и налоговым преступлениям МВД России. Последняя осуществляет финансовые и налоговые расследования, а также совместно с налоговыми органами (их запросу) участвует в проведении налоговых проверок. Основы организации и проведения налогового контроля органами ФНС, а также перечень налоговых правонарушений, налоговых санкций и порядок их применения налоговыми органами установлены в первой части НК РФ. Федеральная служба по экономическим и налоговым преступлениям руководствуется нормами уголовного права. Налоговый контроль проводится должностными лицами налоговых органов в пределах своей компетенции. Права и обязанности налоговых органов и их должностных лиц определены ст. 31, 32 Налогового кодекса РФ. Кодексом также предусмотрено, что реализация полномочий и исполнение установленных Налоговым кодексом РФ и иными федеральными законами обязанностей в части налогового контроля осуществляется органами налогового контроля при их взаимодействии, в том числе, с органами таможенного контроля.
Федеральная служба финансово-бюджетного надзора в соответствиис постановлением Правительства РФ от 15 июня 2004 г. «Об утверждении положения о Федеральной службе финансово-бюджетного надзора» осуществляет функции по контролю и надзору в финансово-бюджетной сфере, а также в области валютных отношений. Служба проводит ревизии и проверки правомерности и эффективности использования средств федерального бюджета, средств государственных внебюджетных фондов и материальных ценностей, находящихся в федеральной собственности;осуществляет надзор за исполнением законодательства РФ о финансово-бюджетном контроле и надзоре органами финансового контроля федеральных органов исполнительной власти, органов государственной власти субъектов РФ и органов местного самоуправления; осуществляет контроль за проводимыми в РФ (кроме кредитных организаций и валютных бирж) валютными операциями, а также за соблюдением требований актов органов валютного регулирования и валютного контроля, организует проверки полноты и правильности учета и отчетности по валютным операциям; организует формирование и ведение единой информационной системы контроля и надзора в финансово-бюджетной сфере.
Федеральная служба страхового надзорав соответствии с постановлением Правительства РФ от 30.06.2004 г. № 330 «О Федеральной службе страхового надзора» осуществляет контроль и надзор в сфере страховой деятельности (страхового дела): за соблюдением объектами страхового дела страхового законодательства, в том числе путем проведения проверок их деятельности на местах; за обеспечением страховщиками их финансовой устойчивости и платежеспособности в части формирования страховых резервов, состава и структуры активов, др. Она осуществляет также полномочия, связанные с получением, обработкой и анализом отчетности, предоставляемой субъектами страхового дела; с обобщением практики страхового надзора и разработкой предложений по совершенствованию законодательства, регулирующего осуществление страхового надзора.
В соответствии со статьей 267 Бюджетного кодекса РФФедеральное казначейство (федеральная служба) осуществляет учет бюджетных средств на единых счетах, предварительный и текущий контроль операций по счетам главных распорядителей, распорядителей и получателей бюджетных средств, кредитных организаций, осуществляющих операции с бюджетными средствами, других участников бюджетного процесса в ходе исполнения бюджетов, а также бюджетов государственных внебюджетных фондов.
В случае выявления фактов нецелевого использования бюджетных средств и других нарушений Федеральное казначейство вправе приостановить расходные операции по единым счетам распорядителей и получателей бюджетных средств, требовать соблюдения бюджетного законодательства непосредственно или при взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, включая силовые. Федеральное казначейство производит операции и осуществляет контроль средств не только федерального, но и региональных бюджетов. Сейчас перед ними стоит задача завершения перехода на обслуживание местных бюджетов. В ходе осуществления контроля Федеральное казначейство взаимодействует с другими федеральными органами исполнительной власти и координирует их работу.
Главные распорядители и распорядители бюджетных средств выступают не только контролируемым, но и контролирующим субъектом по отношению к получателям бюджетных средств. В БК РФ установлено, что главные распорядители и распорядители бюджетных средств осуществляют контроль целевого использования средств, своевременного возврата бюджетных кредитов и предоставления отчетности об использовании бюджетных средств бюджетополучателями. Главные распорядители бюджетных средств выступают инициаторами проведения финансовых проверок подведомственных бюджетных учреждений, государственных и муниципальных унитарных предприятий, которые непосредственно осуществляются специализированными органами государственного финансового контроля.