3) недосконала та трудомістка система податкового обліку. Починаючи з 1997 року податковий облік за основними системоутворюючими податками (податок на прибуток та ПДВ) був остаточно відокремлений від бухгалтерського. Внаслідок цього, а також у зв'язку з недосконалістю або відсутністю регістрів податкового обліку трудомісткість роботи бухгалтерів, на яких у більшості випадків покладено його ведення, зросла майже вдвічі. Відмінності в обчисленні доходу, витрат амортизації в бухгалтерському та податковому обліку настільки суттєві, що це призвело до неспівставності податкової та фінансової звітності. Цілком зрозуміло, що паралельне ведення двох видів обліку за різною методологією одними й тими ж службами підприємства значно збільшує ймовірність порушень. Однак якщо неточності бухгалтерського обліку загрожують лише адміністративними штрафами, то помилки в податковому обліку спричиняють додаткові фінансові втрати суб'єктів підприємницької діяльності. Тому спрощення податкового обліку при застосуванні альтернативних систем оподаткування за рахунок заміни податку на прибуток альтернативним податком (фіксованим сільськогосподарським або єдиним) дозволяє якщо не повністю зняти, то суттєво зменшити гостроту цієї проблеми [30];
4) порівняно високі витрати на податковий контроль та адміністрування податків. Організація податкового контролю та податкового адміністрування при існуючому рівні податкової культури та відсутності усталених традицій сплати податків (які формувалися в розвинених країнах протягом століть), потребує значних витрат. Це зумовлено необхідністю суцільного контрою за кожним платником, який до того ж має проводитися з високою періодичністю. Спрощення податкового обліку та зменшення кількості податків у рамках альтернативних систем оподаткування відповідно зменшує обсяги контрольно-перевірочної роботи. Особливу актуальність цяпроблема набуває у зв'язку зі збільшенням кількості платників податків за рахунок зростання кількості суб'єктів малого підприємництва, оскільки витрати на контроль та адміністрування податків для них можуть перевищувати загальні податкові надходження. Зменшення витрат контролюючих органів особливо відчувається у випадку введення альтеративного податку в фіксованій сумі (спеціальний торговий патент, який застосовувався в Україні до 2003 року, фіксований прибутковий податок, єдиний податок з фізичних осіб - суб'єктів підприємницької діяльності), що потребує контролю не за обчисленням, а виключно за погашенням податкових зобов'язань [16];
5) необгрунтоване занижена тривалість базових податкових (звітних) періодів за основними податками та відносно велика кількість податків і зборів, для яких податковий період дорівнює одному календарному місяцю. Так, в більшості країн з розвиненою економікою податкові зобов'язання з податку на доходи (прибуток) корпорацій обчислюються за календарний рік. Що стосується інших податків та зборів - більшість з них (за винятком ПДВ та акцизного збору) мають квартальні базові податкові періоди. Встановлення коротких податкових періодів в Укра'іні зазвичай вмотивовується необхідністю забезпечення рівномірності наповнення бюджетів, але це збільшує витрати платників та відволікає їх обігові кошти. На відміну від такого підходу, в розвинених країнах акцент ставиться не на рівномірність надходжень, а на планування раціонального та рівномірного використання коштів бюджетів і державних цільових фондів. Різні податкові періоди за різними податками та зборами, а також особливості визначення дат подання звітності та сплати податків вимагають від платника введення спеціального "податкового календаря", який дозволяє контролювати своєчасність цих дій. Введення альтернативних систем оподаткування сприяє якщо не скороченню, то уніфікації податкових періодів за тими податками та зборами, які заміняються альтернативним податком.
Друга група недоліків пов'язана з недосконалістю законодавчого врегулюван-ня оподаткування. Значущість цієї проблеми полягає в тому, що порівняно з іншими сферами економічної науки оподатковування об'єктивно вимагає найбільшого ступеня законодавчої та нормативної регламентації. За таких умов якість законодавчих і нормативних актів стає одним з визначальних факторів ефективності функціонування податкової системи. До таких недоліків податкового законодавства слід віднести:
1. Складність податкового законодавства та неоднорідність правового поля оподаткування. За оцінкою О. Дудорова податкове законодавство України на початок 2005 року, налічувало 1925 нормативно-правових актів, не враховуючи роз'яснень, листів і т. п. різних уповноважених на те організацій . Цілком зрозуміло, що наявність такої кількості законодавчих і нормативних актів суттєво ускладнює роботу платників податків. Питання оподаткування в теперішній час регламентовані законами України (як загальними, що стосуються системи оподаткування в цілому, так і спеціальними -по окремих податках і зборах), декретами Кабінету Міністрів України, які мають силу законів, а також указами Президента України, прийнятими відповідно до Перехідних положень Конституції України. Якщо перші два види законодавчих актів досить однорідні (насамперед завдяки тому, що у видані в 1992 - 1993 рр. декрети Кабінету Міністрів України протягом наступних років були внесені численні зміни законами України), то укази Президента України явно "випадають" із законодавчого поля [28].
2. Порушення визначеної сфери застосування нормативно-правових актів. У чинному податковому законодавстві непоодинокими є випадки, коли норми одного спеціального закону з конкретного податку втручаються у сферу регулювання іншого законодавчого акта того ж рівня. Так, наприклад, проблема включення сум ПДВ, сплаченого (нарахованого) при придбанні легкових автомобілів, у валові витрати покупця врегульована не Законом України "Про оподаткування прибутку підприємств", який є спеціальним, з точки зору формування валових витрат, а Законом України "Про податокна додану вартість". Іншим прикладом такого недоліку є заборона застосування спрощеної системи оподаткування, обліку і звітності суб'єктами малого підприємництва, які є дилерами з продажу предметів мистецтва, антикваріату та колекціонування. Це обмеження було введене Законом України "Про внесення змін в деякі закони України щодо оподаткування виробів мистецтва, предметів колекціонування або антикваріату" , хоча ці питання вже врегульовані відповідним Указом Президента та Законом України "Про державну підтримку малого підприємництва" .Такі випадки породжують неоднозначні роз'яснення, які суттєво ускладнюють застосування податкового законодавства платниками.
3. Відсутність однакових і однозначних визначень основних податкових термінів. Так, наприклад, у діючих податкових законах відсутні загальні для всієї системи оподаткування визначення таких термінів, як "збір", "податкова пільга", "профіль діяльності", "торгівля". Спеціальні визначення останнього терміну (щодо торгівлі підакцизними товарами: алкогольними та тютюновими виробами, а також щодо патентування торговельної діяльності) не можуть бути застосовані для інших податків і зборів, які також оперують цим поняттям. Деякі інші базові визначення, такі як "платник податків, зборів (обов'язкових платежів)", "товар", "давальницька сировина" та ін. мають різні трактування в різних законодавчих актах. У результаті як у платників, так і в органів податкової служби відсутнє єдине розуміння тих самих норм податкових законів. Крім того, відсутність єдиної податкової законодавчої термінології змушує використовувати наявні визначення термінів з тих законодавчих актів, які до оподатковування взагалі відношення не мають ("реклама", "науково-технічне забезпечення", "гарантійний ремонт" та ін.). Еволюція законодавчої бази оподатковування останніми роками привела до зникнення із законів і нормативних актів визначень ряду термінів, пов'язаних з об'єктами оподаткування та інших елементів податків. Так, сьогодні відсутнє визначення використовуваного в оподаткуванні прибутку підприємств поняття "основна діяльність". Заповнення таких пробілів на практиці здійснюється фіскальними органами з усіма наслідками, що випливають [16].
4. Суперечливість законодавчої та нормативної бази оподаткування.
По-перше, існують суперечності між нормами законодавчих актів одного рівня. Як приклад можна навести Декрет Кабінету Міністрів України "Про місцеві податки і збори" і Указ Президента України "Про впорядкування механізму сплати ринкового збору", в яких основні елементи цього місцевого збору врегульовані по-різному. Це ж стосується наведеного вище прикладу податкового обліку ГІДВ, сплаченого при придбанні легкових автомобілів, та деяких інших випадків.