Серьезной проблемой всего рассматриваемого периода было совершенствование бюджетных процедур. Качество главного финансово документа страны оставляло желать лучшего, процедура его принятия растягивалась на многие месяцы, утверждение бюджетного плана происходило с большим опозданием. В таких условиях в первые месяцы бюджетного года финансирование осуществлялось исходя из 1/12 части расходов бюджета предыдущего года, поэтому трансферты в бюджеты субъектов РФ не поступали. Процедура принятия бюджета была формальной. Представители верхней палаты парламента принимали участие лишь на начальном корректировки бюджета, от остальных чтений были отстранены, поэтому, рассматривая бюджет, Совет Федерации практически ничего не мог изменить. Эти проблемы были решены после принятия Бюджетного кодекса РФ, который позволил регламентировать межбюджетные отношения в необходимом правовом поле, создал условия для стабилизации «правил игры» при осуществлении бюджетного процесса.