Фридрих II был избран императором при поддержке папы взамен обещаний признать приоритет папы. Ни одно из этих обещаний молодой император не собирался держать дольше, чем ему необходимо. Этот молодой сицилиец, родившийся от немецких и норманнских родителей, вырос в обществе, где формировалась новая культура. Здесь соединились вместе мусульманское и византийское, немецкое и итальянское влияния, появилась цивилизация, давшая первый толчок для итальянского Возрождения. Будучи пропитанным всеми этими традициями, Фридрих был способен внушить к себе уважение как Запада, так и Востока. По своим взглядам выходивший далеко за пределы того времени, склонный к политическим реформам, это был человек независимого мышления и действия. Его сильная и созидательная политика снискала ему прозвание "stupormundi", "чудо мира".
В течение двух лет один за другим умирают Иннокентий III и поверженный германский противник Фридриха Оттон. Папство переходит к Гонорию III, с которым молодой император вскоре рассорился. Будучи знаком с утонченной цивилизацией арабов, Фридрих предпочитал не идти в крестовый поход; существовали проблемы с Ломбардией, где немецкое влияние в целом встречалось недоброжелательно. Это вызывало дальнейшие трения с папой, которого поддерживали ломбардские города. В 1227 г. Гонорий III умер, а его преемник, Григорий IX, немедленно отлучил Фридриха от церкви за то, что тот не отправился в крестовый поход. Император был не слишком обеспокоен таким решением. Он женился на дочери короля Иерусалимского, норманна, и в 1228 г., будучи все еще отверженным от подданных и церкви, отправился в Палестину и разрешил там все вопросы путем переговоров с мусульманами. Иерусалим не представлял значительной ценности с военной точки зрения, но христиане ценили его как религиозный символ. Поэтому Священный город был отдан Фридриху по договору, а он сам — коронован королем Иерусалимским.
По мнению папы, это была слишком благоразумная манера разрешения религиозных разногласий, но ввиду достигнутого императором успеха он вынужден был в 1230 г. заключить мир с Фридрихом. Последовал период реформ, во время которых в Королевстве Обеих Сицилий было введено современное управление и новый кодекс законов. Развитию коммерции и торговли содействовала отмена всех внутренних таможенных барьеров, а распространению образования способствовало открытие университета в Неаполе. В 1237 г. в Ломбардии вновь вспыхнули волнения, и Фридрих вплоть до самой смерти в 1250 г. был вовлечен в постоянную войну с более или менее удачливыми папами. Нараставшая жестокость этой борьбы затмила более ранние и просвещенные годы его царствования.
Ереси преследовались в это время с большим рвением, хотя и не всегда успешно. Правда, альбигойцы, манихейская секта на юге Франции, были совершенно уничтожены во время крестового похода против них в 1209 г. Однако другие еретические движения уцелели. Инквизиция, установленная в 1233 г., так и не смогла полностью подавить иудеев в Испании и Португалии. Вальденсы, движение конца XII в., предвосхитившее Реформацию, последовали за своим вожаком Пьером Вальдо в изгнание из Лиона в альпийские долины Пьемонта, на запад от Турина, где до сегодняшнего дня сохранились в виде протестантских франко-говорящих общин. Вальденсы — течение в христианстве, основанное лионским купцом Пьером Вальдо (ок. 1177). Их назвали поэтому "лионскими бедняками". Они настаивали на честном следовании идеям "Нагорной проповеди" Христа, критиковали роскошь верхов и проповедовали нравственную чистоту. Первые предшественники протестантизма, предлагавшие выборы священников общинами. Впоследствии слились с таборитами и "моравскими братьями", подготовив Реформацию XVI в. В свете таких событий можно было бы предполагать, что последующие поколения научатся тому, что нельзя так просто убить идеи методами "охоты на ведьм". Но история, кажется, показала, что этот урок так ничему и не научил людей.
Несмотря на чрезвычайно прочное положение церкви, XIII в., как мы видим, не был периодом ее бесспорного преобладания даже в чисто церковных вопросах. Но если церковь в целом не отвечала принципам ее основателя, то внутри нее возникли два ордена, которые поначалу отчасти восстановили равновесие. Как доминиканцы, так и францисканцы сначала следовали предписаниям своих основателей: святого Доминика (1170—1221) и святого Франциска Ассизского (1181—1226). Эти ордены были задуманы и созданы как нищенствующие, но обет бедности недолго отягощал их. И доминиканцы, и францисканцы стали выдающимися мастерами в делах инквизиции. Эта организация, к счастью, не распространила свое влияние на Англию и Скандинавию. Похоже, одно время предполагалось, что жертвы подвергаются пыткам в их же интересах, с той точки зрения, что временные страдания здесь, на земле, могут спасти душу от вечного проклятия. Тем не менее практические соображения, без сомнения, иногда помогали укрепить набожные намерения судей. Англичане не были против, видя, как разделались с Жанной д'Арк. Однако члены орденов Доминика и Франциска, вопреки тому, что желали их основатели, стали посвящать себя ученым занятиям. Альберт Великий и его ученик Фома Аквинский были доминиканцами, а Роджер Бэкон, Дунс Скот и Уильям Оккам принадлежали к францисканскому ордену. Именно в области философии они внесли действительно ценный вклад в культуру того времени.
Если до этого времени церковники черпали философское вдохновение в основном из неоплатонизма, то XIII в. увидел триумф Аристотеля. Фома Аквинский (1225—1274) пытался основать католическое учение на философии Аристотеля. Конечно, сомнительно, насколько такое предприятие может быть успешным, если идти чисто философским путем. С одной стороны, теология Аристотеля совершенно не согласуется с представлением о Боге, предпочитаемом христианами. Но нет сомнения, что как философское влияние внутри церкви аристотелизм Фомы Аквинского приобрел значение догмы. Томизм стал официальным учением римско-католической церкви, и его изучают во всех ее колледжах и школах. Никакая другая философия не имеет сегодня такого прочного положения и такой мощной поддержки, кроме диалектического материализма, являющегося официальным учением коммунистов. Во времена Фомы Аквинского его философия, конечно, не сразу достигла такого привилегированного положения. Но в последующем, по мере того как его авторитет укреплялся, основной поток философии постепенно стал вновь уходить в светское русло, возвращаясь к духу независимости, который наполнял философию древних.
Фома принадлежал к семейству графов Аквино, которые жили в селении, носящем то же название, недалеко от Монте Кассино, где он и начал свои занятия. После шести лет учебы в университете Неаполя в 1244 г. он присоединился к доминиканскому ордену и продолжал свою работу в Кёльне под руководством Альберта Великого, передового доминиканского педагога и ученого-аристотелика. Проведя некоторое время в Кёльне и Париже, Фома в 1259 г. вернулся в Италию и посвятил следующие пять лет написанию книги "Summacontragentiles" ("Сумма против язычников"), самой важной своей работы. В 1266 г. он начал писать другой свой основной труд "Summatheologiae". За эти годы он также написал комментарии ко многим работам Аристотеля, переводы которых непосредственно с греческого сделал для него его друг Уильям из Морбека. В 1269 г. он опять отправился в Париж, где пробыл три года. Парижский университет в то время относился враждебно к аристотелевскому учению доминиканцев, потому что это предполагало некоторую связь с аверроистами. По поводу бессмертия взгляд Аверроэса был, как мы видели, ближе к Аристотелю, чем христианское учение. Это наносило вред Аристотелю, и Фома приложил громадные усилия, чтобы выбить Аверроэса из его цитадели. Его усилия в этом направлении были успешны, и эта победа спасла Стагирита для христианской теологии, несмотря на то что она привела к отказу от некоторых из оригинальных текстов. В 1272 г. Фома вернулся в Италию, где и умер 2 года спустя по дороге на Лионский собор.
Система философии Фомы Аквинского скоро получила признание. В 1309 г. она была объявлена официальным учением доминиканского ордена, а вскоре, в 1323 г., последовала и канонизация Фомы. С философской точки зрения томистское учение, возможно, не такое уж значительное, как можно было бы предположить, судя по его историческому влиянию. Недостаток томизма в том, что его заключения заранее неумолимо предопределены христианским догматом. Здесь мы не обнаруживаем объективной отстраненности Сократа или Платона, у которых допускается, что доказательство приведет нас туда, куда оно пожелает. С другой стороны, великая система "Сумм" — это памятник незаурядному интеллектуальному усилию. Противоположные точки зрения там всегда высказаны четко и справедливо. В комментариях к работам Аристотеля Фома показывает себя тщательным и умным исследователем философии Стагирита, и это больше, чем можно было сказать о любом из его предшественников, включая его учителя Альберта Великого. Современники называли его "ангельский доктор". Для римской церкви Фома Аквинский действительно был посланцем неба и незаменимым учителем.