Як і К.Транквіліон-Ставровецький і М.Смотрицький, К.Сакович працював над опануванням філософської термінології. Він ширше, ніж М.Смотрицький, використовує спадщину античних філософів (називає Фалеса Мілетського, Анаксімена, піфагорійців, Платона, Арістотеля, Плінія, Галена, Гіппократа, Плутарха, Цицерона, Сенеку та ін.). Знав західноєвропейських філософів і мислителів, учених, поетів доби Відродження (Дж. Кардано, Ю.-Ц. Скалігера, Петриці, Я. Кохановського та ін.). Своїм творам Касіян Сакович надавав філософсько-природознавчого характеру. Його виклад більш спеціалізований, професіональний, теоретичний, філософський, насичений, ніж у його попередників.
Із розвитком шкільництва, полеміки і пов'язаної з нею публіцистики дедалі очевидніше виявлялась недостатність філософських побудов, що спиралися на біблійні образи і поняття, твори представників східної патристики. Наявні у творах братчиків реформаційні, а згодом і гуманістичні ідеї не змогли конституюватися в цілісні етапи через нерозвинутість теорії абстрактного мислення, його форм і методів, логічних, натурфілософських і метафізичних уявлень.
Потреби розвитку української філософської думки, запити конфесійної і національної боротьби спонукали братчиків до усвідомлення необхідності оволодіння не лише філософськими напрацюваннями противника, а й усією світовою наукою і культурою, передусім до вивчення, переосмислення, засвоєння здобутків західноєвропейських мислителів і вчених. Уже перші кроки на цьому шляху дали змогу значно підняти рівень філософської культури, розширити коло її проблем. Ці спроби не завжди були вдалими, оскільки те, що вивчалося, не перетиналося з українською культурною традицією і через це не засвоювалося. Та досвід спроб і помилок допоміг мислителям наступних поколінь поєднати латинську і греко-слов'янську культурні традиції, вироблені в добу феодалізму, тобто два основні тогочасні типи європейської культури. Це був необхідний етап у розвитку нового світогляду. Він став предметом роздумів діячів Києво-Могилянської Академії.
Особливе місце у репрезентованій могилянцями системі світів посідав мікрокосм — малий світ, тобто людина, яка є невід'ємною часткою великого світу (мікрокосмом у макрокосмі), живе і розвивається за законами природи. Відтворюючи структуру універсуму, людина є досконалим створінням, одночасно причетним до тілесної і духовної природи. Як і великому світові, їй притаманні доцільність своєї будови, краса, вишуканість, впорядкованість й узгодженість всіх органів та їх функцій. Як і універсум, що складається з матерії і форми (її репрезентує єдність закономірно функціонуючих форм — ідей, що походять з Божого розуму), так і людина є поєднанням спільної для неї і світу загальної матерії й душі — форми. Як світ насичений божественними енергіями, так і людина наповнена душею, завдяки якій вона живе, відчуває і мислить. Включеність людини у світ природи, єдність макро- і мікрокосму, структури живої та неживої природи могилянці обґрунтовували відповідністю між стихіями (елементами великого світу) і основними рідинами (гуморами) людського тіла. Вони були переконані, що елементарному (вогняному й повітряному), а також небесному (сонячному) теплу відповідає вроджене тепло живих істот, у т. ч. й людини. [Див.: 67]
Більшість могилянців, згідно з традицією схоластичного арістотелізму, визначаючи душу як «форму органічного тіла», «принцип, завдяки якому ми живемо, відчуваємо, рухаємося і розуміємо», обстоювала ідею цілісності й неподільності душі, виокремлюючи в ній три частини (роди): вегетативну, чуттєву і раціональну. Вважаючи душу формою божественною і безсмертною, яка після смерті людини повинна повернутись в інтелігібельний (умоглядний) світ духовних сутностей, вони були переконані, що природним призначенням душі є її знаходження у людському тілі. Розмірковуючи про виникнення зв'язку душі з тілом, що обумовлював формування живої, одушевленої істоти, Інокентій Гізель припускав, що органічне тіло, формою якого є душа, є упорядкованою матерією з характерною для неї відповідною структурою органів і необхідною підготовленістю до сприйняття душі, тобто це тіло він уважав живим лише потенційно. Справжнє життя починається на тій стадії ембріонального розвитку, коли вже сформовані всі органи людського тіла, і з приходом душі виникало його вегетативне, чуттєве, а після народження людини — розумне життя. Ця теза є свідченням зародження ідеї розвитку людини, осмислюваної в контексті схоластичної парадигми філософування.
На думку могилянців, єдина раціональна душа, що вводиться у людське тіло на прикінцевій стадії ембріонального розвитку, надаючи йому життя, здійснює функції трьох своїх частин — спочатку вегетативні, потім — чуттєві, а ще пізніше — функції мислення. Стосовно появи душі в тілі Інокентій Гізель висловлював припущення про можливість її внутріматеріального, а не до- чи позатілесного творення. Єдина душа, розлита по всьому людському тілу, як вважав він, перебуває у серці, виконуючи роль двигуна, в інших частинах вона є формоутворювальним, організуючим принципом.[13]
Після об'єднання з тілом душа, як вважали могилянці, виявляє себе з допомогою п'яти своїх здатностей: вегетативної, чуттєвої, розумової, здатності потягу (прагнення) і просторового переміщення. Вегетативну здатність приводить у дію вроджене тепло, що є основним механізмом усіх життєвих функцій людини. Природними чинниками пояснював Інокентій Гізель тривалість людського життя. Людина, вважав він, може жити так довго, як довго основна рідина зможе підтримувати життєве тепло в організмі. У такий спосіб (за допомогою жару, кипіння крові й духів) відбувається рух легенів і серця. Важливу роль у підтриманні й поновленні життєво важливої основної рідини І. Гізель відводив їжі, яка «має бути фізичним тілом, бо вона повинна перетворитися на субстанцію живої істоти, що також є фізичним тілом». Отже, процеси живлення, що відбуваються в живих істотах, підлягають тим самим природним закономірностям, що й процеси обміну речовин у неживій природі великого світу.
Анімальним духам відводилась важлива роль у процесі чуттєвого пізнання. Чуттєву сферу вони поділяли на зовнішню і внутрішню. До зовнішніх органів чуття зараховували зір, слух, смак, нюх і дотик, до внутрішніх — спільне чуття, фантазію, оцінювальну спроможність і розмірковувальну здатність. Визнаючи важливе значення діяльності органів чуття у пізнавальному процесі, могилянці надавали пріоритет незалежному від чуттєвого досвіду інтелектуальному осягненню істини. Припускали вони певний зв'язок між чуттєвим та інтелектуальним пізнанням, визначаючи, що таке внутрішнє чуття як фантазія певним чином впливає на утворення активним інтелектом інтелігібельних образів.
За всіх відмінностей в інтерпретації філософами Києво-Могилянської академії проблеми людини спільним для них є розуміння її як виняткової частки природи, підпорядкованої її законам, яка містить у собі і протилежний матеріальній природі, наданий Богом і споріднений з ним розум. Адже як Бог зосереджує в собі ідеї речей, що обумовлюють великий світ, їхнє знання і здатність до творення, так і людський розум спроможний до творчості, сприйняття речей навколишнього світу і містить їхнє знання, що за певних умов може бути розкритим і осягнутим.
Пізнавальна діяльність, метою якої було здобуття істини, мислилася києво-могилянськими професорами як складний процес, етапами якого є чуттєве, раціональне та інтуїтивне пізнання. На відміну від своїх вітчизняних попередників важливим джерелом пізнання вони вважали чуттєвий досвід.
Більшість викладачів академії, чиї курси філософії читали упродовж XVII ст., описувала процес пізнання, використовуючи поширену у схоластиці теорію образів (species). Це поняття розуміли як сполучну ланку між суб'єктом і об'єктом пізнання, воно було замінником предмета, завдяки якому його можна було осягнути настільки, наскільки він поєднувався з суб'єктом пізнання. Адже поєднання предмета пізнання із його суб'єктом було необхідною умовою віднайдення істини. Так, Інокентій Гізель вважав, що речі зовнішнього світу, діючи на органи чуття людини, посилають чуттєві образи. Потрапляючи на якийсь з органів чуття, чуттєві образи «відтискаються» на ньому і стають закарбованими образами (species impressae), які, діючи на відповідний орган чуття, викликають відчуття, внаслідок чого ці закарбовані образи стають вже відображеними (species expressae). Отже, процес пасивного сприйняття species переходить в активне утворення розумом форми речі. На цій стадії формоутворення відображені образи, що містять певну інформацію про річ, стають об'єктом діяльності внутрішнього чуття. [Див.: 17]
У структурі внутрішнього чуття залежно від функцій, які воно виконує, Інокентій Гізель виокремлював п'ять підвидів:
1) загальне, або спільне, чуття (sensus communis) — внутрішнє чуття, з допомогою якого одухотворена істота диференціює відчуття і формує уявлення про об'єкти зовнішніх чуттів, до яких залучалися зір, слух, нюх, смак і дотик;
2) фантазія, або здатність уяви (imaginativa) — внутрішнє чуття, завдяки якому жива істота на основі сприйнятих раніше образів створює для себе інші різноманітні образи;
3) пам'ять — властивість відтворювати минулі події;
4) оцінювальна спроможність (aestimativa) — здатність, що уможливлює використання сприйнятих образів з метою оцінювання й осягнення інших речей;
5) розмірковувальна здатність — властиве людині внутрішнє чуття, що діє разом з інтелектом.
Із діяльністю внутрішнього чуття Інокентій Гізель пов'язував наступний етап пізнання зовнішнього світу — раціональне пізнання. Відображені образи зовнішнього чуття, які є формальним відображенням речей, діючи на внутрішні чуття, утворюють відображені образи, що через складну одночасну взаємодію з активним інтелектом сприяють утворенню цим інтелектом більш досконалих і простих (інтелігібельних, умоглядних) образів (інтелект професори академії, згідно з традицією середньовічної філософії, поділяли на активний і пасивний). Далі ці образи сприймаються пасивним інтелектом і слугують пізнанню «сущого як такого, найбільш загальної основи, що абстрагується від сущого матеріального й духовного, створеного й нествореного, загального й одиничного, природного й надприродного, субстанції й акциденції». [Див.: 33, c. 123]