Концепцію самопізнання автор розвинув у теорію «умного діяння», яка охоплює такі послідовні етапи, як моральне самовдосконалення, працю, що стає потребою і радістю, зречення світу тілесних речей, очищення і просвітлення розуму, самозаглиблення, пізнання Бога та поєднання з ним. І тоді, ще до воскресіння тіла, на землі людина воскресає душею, набуває божественної благодаті, досягає Царства Небесного. Бог «весь в тебе єсть, внутри тебе царство небесное, ты же его инамо ищещи, внутрь тебе пристосущное наслаждение, ты же о нем не разумешу». Це дуже близько й до «мысленного рая» ісихастів, і до того, про що згодом писав Г.Сковорода.
У 1615 р. було створено братство в Києві, яке почало відігравати провідну роль у братському русі. На той час значно змінилася і розширилася соціальна основа братства. Якщо раніше воно формувалося переважно з представників третього стану, то з тієї пори до нього входили і представники вищих прошарків, які не перейшли в католицизм, а намагалися боротися проти нього (Острозькі, Могили, Древинські та ін.).
У філософсько-богословських працях тема піднесення людини до духовного (Бога) поступилася місцем темам, пов'язаним з інтересом до природи, людини і її суспільних відносин.
Гуманістичний етап розвитку братських шкіл пов'язаний з діяльністю представників нової плеяди діячів культури: Йова Борецького, Мелетія Смотрицького, К.Саковича, К.Транквіліона-Ставровецького, Х.Євлевича. Популярними у східнослов'янському регіоні були книги викладача грецької мови, проповідника, засновника пересувної друкарні К.Транквіліона-Ставровецького «Зерцало богословії» (1618), «Євангеліє учительное» (1619), «Перло многоцінне» (1646) та ін., у яких українське і російське духовенство знаходило чимало єретичних місць. За царським наказом 1627 р. «Євангеліє учительное» підлягало спаленню, а інші його твори були заборонені. [Див.: 66]
Розглядаючи проблему «Бог і світ», К.Транквіліон-Ставровецький створив учення про чотири світи: 1) світ невидимих духовних сутностей, що належать до небесної ієрархії; 2) макрокосм — світ видимих тілесних речей, у якому живе людина; 3) сама людина (мікрокосм); 4) поєднання злих людей і грішників із дияволом, який певною мірою є самостійним творчим началом зла. На відміну від авторів «Алфавіту духовного», «Діоптри» та інших, які, розмірковуючи про світ, обґрунтовували необхідність його зречення й описували його за допомогою моральних категорій (світ — зло, джерело гріха тощо), К.Транквіліон-Ставровецький, розрізняючи чотири світи, показує, що не весь світ — зло.
У центрі вчення К.Транквіліона-Ставровецького перебуває проблема людини. На відміну від попередників він надав проблемі душі і тіла не лише морального, а й гносеологічно-природознавчого сенсу. Без тіла і вегетативних процесів людина не може жити, а її душа — відчувати, розуміти, прагнути, набувати і виявляти доброчесності, тому тіло — друг душі. У цьому К.Транквіліон-Ставровецький наближається до визнання притаманної мислителям Відродження гармонії душі і тіла. Проте оскільки людина утворена з «горньої» і «дольньої» частин, має тіло від землі, а душу від Бога, то частково вона є світлом, частково — тьмою, частково — ангелом і звіром, дивним поєднанням смерті і життя, тлінного (плоті) і нетлінного (духу).
Значну увагу К.Транквіліон-Ставровецький приділяв проблемі самопізнання, морального самовдосконалення, критиці моральних вад тогочасного суспільства. Основою твору «Перло многоцінне» автор взяв ідею призначення людини для «горнього» людського єства. Важливого значення він надає містичній інтуїції, що уможливлює пізнання Бога і самопізнання людської душі. Засуджуючи суспільну нерівність, мислитель звертається до ідей вселюдських рівності і братерства, яким надає релігійного забарвлення: «Бог создал людей равными и єдино им даровал душу разумную и бессмертную, а равно им даде въсь мир видимый, и еже в нем, и равно им едино небо покров, солнце и луна єдиний свътильник в дому их, и земля едина трапеза, и дождь равно проливается». Відчуваючи соціальну несправедливість, К.Транквіліон-Ставровецький вдається до ідеалізації відносин у ранньохристиянській громаді, хіліастичних (пов'язаних із Другим пришестям) ілюзій, характерних для західних реформаторів. Елементи реформаційного мислення помітні і в його «Євангелії учительном», яке мислитель радив мати не лише в церкві, а й вдома. Індивідуальне читання, літургію для одного він вважав не менш важливими, ніж службу Божу у храмі. [Див.: 69]
Серед діячів і письменників другого періоду братського руху помітна постать українського вченого, культурно-освітнього діяча Мелетія Смотрицького (прибл. 1572—1633), чия «Граматика», що була посібником для братських шкіл, вплинула на розвиток культури українського та інших слов'янських народів.
Розглядаючи питання про співвідношення віри і знання, богослов'я і філософії, мудрості божественної і людської, світської, Мелетій Смотрицький значною мірою дотримувався негативного ставлення до використання філософії, вчень Арістотеля, Платона, Піфагора у розв'язанні теологічних проблем, однак зміст його суперечить цій традиції. Уперше у філософській думці східних слов'ян він спирається для аргументації своїх поглядів на ідеї гуманістів доби Відродження, зокрема на твори Ф. Петрарки, М. Кузанського, Л. Валли, Еразма Роттердамського, чим сприяв утвердженню гуманістичних ідей у вітчизняній духовній культурі. Мислитель значно розширив джерелознавчу базу вітчизняної філософії. Поруч з іменами античних письменників, представників східної і західної патристики він називає багатьох середньовічних мислителів: Ансельма Кентерберійського, Дуранда, Беду, Альберта Великого, Бонавентуру, Тому Аквінського, Марсілія Падуанського, Дж. Савонаролу, тогочасних ідейних противників — Р.-Ф.-Р. Беларміна, П. Скаргу.
М.Смотрицький першим звертається до логіко-дедуктивного виведення, логічних операцій і методів, розроблених західноєвропейською схоластикою і вдосконалених ранньомодерною філософією. Попри негативні висловлювання на адресу арістотелівських силогізмів, він подолав заборону на застосування логіки до теології.
Розвитку гуманістичних традицій, загальному піднесенню філософської культури в Україні сприяла діяльність К.Саковича. У цей період Сакович написав два інших твори, які, очевидно, призначалися як посібники для братської школи: «Арістотелівські проблеми, або Питання про природу людини» (1620) і «Трактат про душу» (1625). У передмовах до них він, як і гуманіст Відродження, високо оцінює людський розум, пізнання людиною зовнішнього світу, наполягає на необхідності будівництва шкіл. На відміну від попередньої традиції надає більшого значення освіченості, ніж побожності.
Значну увагу К.Сакович приділяв проблемі самопізнання, однак спрямовував її розв'язання не на осягнення Бога через моральне вдосконалення і духовність, а на тілесну природу людини і її душу, пов'язану з відчуттям і мозком. Життєдіяльність людини як біологічного єства він пояснював законами природи, дією природного провидіння, яке заступає Боже втручання в природні справи. Пізнання її тілесного єства, на думку мислителя, потрібне для того, щоб, вивчивши закони і властивості власної природи, вона жила згідно з ними, керувала собою, уникала того, що їй шкодить. Він не закликав до аскези, надмірної стриманості емоцій, відчуттів, тілесних пристрастей, що свідчить про гуманістичне спрямування його творів, переакцентування пізнання з божественного на земне і людське.
Людину К.Сакович розглядає як певну єдність — мікрокосм. У людському тілі всі органи пов'язані в гармонійне ціле за допомогою чотирьох регулятивних механізмів: 1) механічного — стискання і розширення, тяжіння вгору і вниз; 2) перших і других якостей — теплого, холодного, сухого й вогкого, легкого й важкого тощо. Голова є джерелом холоду, а серце — тепла; 3) гуморальних чинників — чорної і жовтої жовчі (меланхолії і холери), крові і флегми; 4) анімальних духів — особливо тонкої матерії, яка через нерви рухається від мозку до органів тіла, і навпаки. Усі ці механізми природні, їх дія не потребує втручання жодних трансцендентних сил.
Мікрокосм К.Сакович характеризує як відтворення і відповідність макрокосму. Використовуючи античне вчення (Емпедокл), він показує, що тіло людини складається із стихій (елементів), з яких побудована і нежива природа. У тілі людини, як стверджує К.Сакович, стихії відповідають основним його гуморам — рідинам (ідеї Гіппократа).
У «Трактаті про душу» Касіян Сакович розглядав душу в її відношенні до тіла, тобто його цікавить передусім психофізична проблема: ідеться про сутність душі, її походження, роди, влади або здатності; локалізацію, місце перебування після смерті. Вагаючись між арістотелівським розумінням душі як форми органічного тіла і платонівським — як самосутності, К.Сакович більше схилявся до арістотелізму, ближчого до природничого, раціоналістичного тлумачення душі. Він надавав перевагу думці про божественне походження душі, хоча у Києві тоді точилися суперечки між прихильниками її божественного і природного походження. Касіян Сакович вважав, що душа має три роди, що існують у людині не як три душі, а як одна, але наділена різними здатностями — відчуттям, фантазією, пам'яттю, мисленням та ін. Викладав він вчення Платона про локалізацію душі в мозку, Арістотеля — про місцезнаходження її в серці, віддаючи пріоритет платонівському. Водночас у його ідеях помітні й ознаки середньовічної теорії локалізації душі, за якою вона міститься в усьому тілі, у кожному органі, бо є неподільною. Проблему смертності і безсмертя душі К.Сакович розв'язував у традиційному християнському дусі.