Новому имаму Гамзат-беку, племянику первого имама, пришлось потратить немало усилий для утверждения своей власти. Это был жестокий, корыстный человек. Занимая военной силой непокорные аулы, он расправлялся с местной знатью, а власть передавал своим мюридам. Но самым непокорным оставался Хунзах, где правила Баху-Бике. Она не могла быть на стороне мюридов, ибо видела, что русские, освободив Хунзах от Гази-Магомеда, не покусились на власть, а ушли с крепости. В 1834г. Гамзат-бек подступил к Хунзаху. Аварские ханы признали власть нового имама и в качестве заложника выдали ему младшего сына ханши - Булач-хана. Неудачно переговорив с хунзахцами, первый мюрид Гамзат-бека Шамиль приказал сбросить в пропасть малолетнего Булач-хана. Убили Баху-Бике. Осенью Гамзат-бек направился в даргинский аул Акуша-Дарго. На помощь даргинцам прибыл отряд Аслан-хана Казикумухского. Гамзат-бек вернулся в свою резиденцию Хунзах. Во время молитвы в мечети он был убит Хаджи-Муратом, будущим наибом Шамиля. К убийству Гамзат-бека непосредственно был причастен Шамиль. Между ними были серьёзные разногласия. Шамиль женился на вдове Гамзат-бека и стал имамом. Начался 3-й этап Кавказской войны. Власть имама в горах пошатнулась. Шамиль поступал так же, как и его предшественники: разорял и жёг аулы непокорных горцев, кровью насаждал мюридизм, войну на Линии вёл набегами, вызывая ответную реакцию российской армии. В 1836 г. войско Шамиля было разгромлено у станицы Щедринской. 4 июля отряды мюридов появились в междуречье Лабы и Чамлыка, но были разбиты казаками Бакланова.
В 1837г. командование пыталось вести переговоры с Шамилем о прекращении военных действий. Он отказался от встречи с императором, а с генералом Клюки фон Клюгенау вёл себя надменно. После боёв в селении Ашильты гарантом о ненападении Шамиль выдал в аманаты племянника.
В 1838г. российское командование не предпринимало крупных военных действий. Шамиль стал расширять зону влияния, избрав резиденцией аул Ахульго.
В 1839г. главнокомандующим на Кавказскую линию назначен генерал-адъютант Павел Христофорович Граббе, друг и соратник Ермолова, бывший его адьютантом с первых дней войны. В то время было получено сообщение, что мулла Хаджи-Ташо готовил набег на линию. Чеченцы напали на крепость Внезапную. Генерал Граббе направил один отряд в Ичкерию, другой - на Ахульго. В упорных боях 30-31 мая 635 чел. было убито и ранено. Осада крепости продолжалась 76 дней. Потери русских составили более 500 чел. Шамиль потерял Ахульго и выдал в качестве аманата своего сына Джамалэддина. Продолжая воевать, он перебрался в Чечню.
В 1840г. воспользовавшись восстанием в Чечне, он подбивал народ к выступлениям. В это время ярким пятном выделился один из наибов Шамиля, Хаджи-Мурат. Это была служба полная коварства и предательств. Он собирал горцев и нападал то на лезгинскую, то на казачью линии, угоняя скот, разоряя и грабя жилища. В конце 1840 г., рассорившись с русским командованием, он переходит на сторону Шамиля.
В 1841г., укрепив Сунженскую линию, казаки пресекли переправу чеченцев крупными отрядами через реку Сунжу и отрезали Притеречье от Чечни. Были сформированы Владикавказский, 1й и 2й Сунженские полки. Первым Сунженским полком со времени его создания командовал любимец казаков Николай Павлович Слепцов.
В 1842г. Шамиль продолжал активные действия в Чечне и Дагестане.
В 1843-1844гг. он добился успехов в южном Дагестане и предпринял попытки распространить своё влияние на Северный Дагестан.
С целью не допустить этого, в 1845г. главнокомандующий Кавказской казачьей линией генерал-лейтенант Михаил Семенович Воронцов предпринял неудачный поход на резиденцию Шамиля в селение Дарго.
В 1846г. Хаджи-Мурат с Шамилем и большим отрядом чеченцев и дагестанцев нападает на Кабарду. В период своего правления Шамиль пытался создать государственную структуру «имамат»,но владения Кавказа были разрознены. Эти попытки оказались тщетными. Военно-теократическое государство Шамиля основывалось на тоталитарности. Шамиль имел неограниченную власть, несмотря даже на созданный при имаме высший совет. Сын Шамиля Гази-Мухаммед занимал должность наиба и мудира и с 1847г. был объявлен наследником имама. Тот мог назначить и уволить, наказать и поощрить любое должностное лицо. Далеко не все территории Чечни и Дагестана входили в имамат. Территория имамата имела тенденцию к сокращению. Не помогла и реформа местного управления. Шамиль установил подоходный налог. Удовлетворительным было снабжение войск продовольствием и огнестрельным оружием. Оружие изготавливалось в горах. Были свои пороховые заводы. Шамиль мог одновременно выставить 20-ти тысячную армию. Государственная деятельность определялась нормами шариата, на их основе разрабатывались низамы - законодательные акты. Большую роль в жизни имамата играли духовные лица, как фактические чиновники. Для контроля над деятельностью должностных лиц использовались осведомители - мухтасибы. В имамате было создано постоянное войско, давшее присягу на верность лично Шамилю. Охрану Шамиля составляли 132 мюрида. В имамате были учреждены ордена и другие знаки отличия, создана тяжелая налоговая система. Торговля была под личным контролем имама. Имамат погиб по нескольким причинам: по не прекращавшимся военным действиям, политике насильственного переселения жителей в другие районы, из-за непомерных налогов. Падала популярность Шамиля. В имамате сформировалась не лучшая административная аристократия.
В 1848г. Шамиль со своими отрядами напал на Самурский округ. Местность охраняли казачьи подразделения полковника Мищенко в 1500 казаков. После набега Хаджи-Мурат вспоминал: «в этом бою казаки разбили нас наголову...» [15, С.49].Религиозный фанатизм Шамиля достигал апогея. Его войска всё больше терпят поражение: в 1848 г. - под Гергебилем, в 1849 - под Салтами и Ахтами.
В 1851г. Хаджи-Мурат вновь ведет тайные переговоры с российским командованием и переходит на сторону русских.
И вновь иностранная интервенция. Объявление Турцией войны в октябре 1853г. и вторжение англо-французского флота в Крым, на Дальний Восток и у Соловецкого монастыря на Белом море, позволили Шамилю несколько упрочить власть.
В 1854 г. он вторгается в пределы Закавказья для соединения с турецкой армией. За время похода было захвачено 18 селений и 894 пленных. Это заставило русскую армию усилить свои наступления и отвоевать занятые территории.
В 1855г. Чечня выходит из имамата. Там наступает голод. Шаткость положения в Чечне заставило окружение Шамиля искать сближения с российским командованием. Наибы тайно переходили на сторону русских. Прекратить войну Шамиля уговаривал сын Джемалэддин. Тот долго упорствовал, наконец, назначил место для переговоров Стамбул, рассчитывая на турецкое посредничество. Его армия ослабла и была ненадежна, Россия не приняла это предложение.
В конце лета 1859г. Шамиль сдался главнокомандующему, князю Александру Ивановичу Барятинскому. В Калуге, он сознался, что не предполагал, сколь велика Россия и как великодушен её народ. Перед смертью в Медине Шамиль завещал потомкам Кавказа никогда не воевать с Россией, а быть с нею в добром союзе.
В войне активно участвовали линейные и донские казаки. Она затрагивала их исторически сложившиеся территории. В сентябре 1818г. они отчаянно бились с 6-тыс. отрядом аварского хана, в 1820г. донцы разгромили войско Сурхай-хана Казикумух-ского на землях шамхала Тарковского, напавшего на крепость Внезапную, в 1823-1825гг. помогали кубанским казакам справиться с набегами закубанских горцев. В 1826г. кубанские казаки поставили на линию пластунов, дополнительно два черноморских полка, конно-артиллерийскую роту и особую пятисотенную команду. Они отличились в сражениях против набегов Гази - Магомеда (Кази-муллы), усмиряли чеченцев. Отличились и казаки Астраханского казачьего войска, защищая крепость Марьинскую от набега Джембулата.
Основная тяжесть пришлась на гребенских, низовых и терских казаков, которые целыми родами, несколько поколений, гибли, укрепляли линию, родные станицы, прорубали просеки в горы и храбро сражались на всех участках войны.
В Кавказской войне принимали участие опальные разжалованные в рядовые офицеры русской армии - декабристы. Передовая офицерская молодёжь и до декабрьского восстания была на полях сражений на Кавказе. Но после 14 декабря 1825г. одним из самых суровых наказаний Николая Iбыла ссылка на Кавказ. Более 30 декабристов служили на Кавказе, среди них были и представители казачьего рода, такие как В.Д Сухоруков, офицер войсковой канцелярии Войска Донского. В круг его друзей входили казачий офицер Шумков, командиры казачьих и рабочих полков Егоров и Балабин, разжалованные в рядовые.
Среди генералов Кавказской войны 1817-1864гг. в историю России вошло имя командира Моздокского казачьего полка Засса Григория Христо-форовича. После генерала Вельяминова он был на должности командующего войсками и продолжал его политику: укреплял казачьи станицы, храбро сражался в боях, много раз был ранен. Моздокский полк под его командованием был награжден знаменем с надписью «За отличие при покорении Западного Кавказа в 1834 году.»Знаменем наградили линейный генерала Вельяминова полк. Сам Алексей Александрович, соратник А.П.Ермолова, потомственный кавказский генерал, любимец солдат и казаков, с первых дней участвовал в войне. Он вырос в казачьей семье, воевал на кубанской линии. Погиб в возрасте 43 лет в 1825г.
1-й Кизляро-Гребепской полк награжден Георгиевским знаменем, казаки - знаками отличия на головные уборы. Полк до 1826г. воевал под командованием главнокомандующего Кавказской казачьей линией, генерала от инфантерии А. П. Ермолова, имя которого было присвоено полку в 1904г. навечно. 1-м Горско-Моздокским полком в Кавказской войне командовал генерал Феликс Антонович Круковский. Несмотря на не казачье происхождение, знал и любил казаков. В 1841г. участвовал в боях в Чечне. В 1842г. с полком защищал земли Малой Кабарды. Еще через год был удостоен чина полковника. Позже, с Хопёрским полком в 400 казаков отбил у Шамиля станицу Бекешевскую, поразив 3000-ный отряд черкесов, напавших на станицу ночью. В результате была ликвидирована опасность захвата Пятигорска. В 1848г. полковник Круковский был произведен в генерал-майоры и назначен атаманом Кавказского войска.