У 1989 вийшла знаменита стаття "Кінець історії". Пізніше її основі Ф. Фукуяма видав книжку "Кінець історії і остання людина" (1992). Він доводив, що "лібералізм не залишилося ніяких життєздатних альтернатив", ліберальна ідеологія західного суспільства остаточно перемогла всіх своїх суперників на полі битви ідей. Концепція "кінця історії" викликала бурхливу дискусію серед суспільствознавців усього світу, триваючу донині. У 1990-ті Ф. Фукуяма почав працювати у основному як учений-соціолог, ставши академічним фахівцем, автором низки інтелектуальних бестселерів - "Довіра. Соціальні чесноти творення добробуту" (1995), "Великий розрив. Людська Природа і відтворення соціального порядку" (1999), "Наше постлюдське майбутнє. Наслідки біотехнологічної революції" (2002), "Розбудова держави: управління економіки й світової лад у 21 столітті" (2004). З 1996 по 2001 Ф. Фукуяма обіймав посаду професора державної політики у школі державної політики у університеті Джорджа Мэйсона, і з 2001 є професором міжнародній політичній економії у шкільництві перспективних міжнародних досліджень при університеті Джонса Хопкінса.
Пішовши до науки, Ф. Фукуяма продовжував брати участь у політичного життя Америки. Активно виступаючи за ліквідацію диктатора Іраку С. Хусейна, він, проте, 2003-го не підтримав рішення американського уряду про вторгненні до Іраку. Ф. Фукуяма відомий критичними заявами щодо розвитку пострадянської Росії, яка, на його думку, "може, розпочати зворотний розвиток у бік авторитарного, агресивного, націоналістичного держави".Ф. Фукуяма є членом Президентського ради з питань біоетики. У Росії її концепція "кінця історії" Фукуями часто розуміється дуже спрощено, як пропаганда американського життя: американський лібералізм - нібито остання, і вища стадія історії. Проте ідеї Фукуями набагато складніше. Вітаючи еволюцію політичні й економічні інститутів у напрямку до сучасної ліберальної демократії, він, проте, не схильний вихваляти всі ті процеси, які супроводжують цього руху. Порівнюючи дані про розвинених країн Заходу, в "Великому розриві" він наголосив, що з середини 1960-х в розвинених країн різко посилилися запобігати негативним явищам, викликані дезорганізацією сімейних відносин, зростанням злочинності і падінням довіри для людей. Відбувається різке зростання рівня злочинів всіх видів, ростуть бродяжництво, пияцтво тощо. Що ж до інституту сім’ї, те й тут спостерігається різке зниження народжуваності, стає дедалі більше рівень розлучень, а як і відсоток дітей, народжених поза шлюбу. Найголовніше, на думку Ф. Фукуями - зростання недовіри для людей, одночасний занепад довіри до громадських інститутів і один до друга. Усе це й є, як говорив Ф. Фукуяма, Великий Крах - зростання стану аномії, втрати орієнтації у житті, певної "проміжності", коли старі норми деформовані чи зруйновані, а нових ще немає. Суспільство фрагментизується, перетворюючись на натовп одинаків [9, с.56].
Скурпульозно вивчивши статистику і такі численних досліджень про різних галузях життя суспільства, Ф. Фукуяма непросто констатував цивілізаційну кризу, а й запропонував дуже цікавий пояснення. Ахіллесова п’ята революційних процесів розвитку, вважає він - це відставання неформальних культурних цінностей і норми від нових вимог. Щоб наголосити на важливості неформального "соціального порядку", Ф. Фукуяма використовує поняття "соціальний капітал". Саме цінності, якими керуються в повсякденні, є основою довіри для людей та його співробітництва. Тому, на думку Ф. Фукуями, саме становлення, зміцнення та занепад моральних цінностей призводить до своєрідною циклічності життя. Вперше "зв’язок часів" розпався під час переходу від феодалізму до капіталізму, вдруге - під час переходу від капіталізму до формуючогося постіндустріального суспільства. Питання сучасних розвинених товариств, що полягають в Великому Красі, виникли, на думку Ф. Фукуями, через надмірної індивідуалізації людей. Свідченням цього служать, наприклад, багаті азіатські країни знайомі традиційним домінуванням колективістських цінностей (Японія). Їм поки що вдається уникнути (чи, по крайнього заходу, тимчасово запобігти) багатьох негативних наслідків Великого Краху. Втім, Ф. Фукуяма вважає малоймовірним, щоб азіатським країнам удалося протягом кількох поколінь дотримуватися традиційних цінностей. Їх також чекає свій Великий Крах, але трохи пізніше. Концепція Ф. Фукуями, начебто, глибоко песимістична: сучасне суспільство вражене важкої хворобою, шлях тому неможливий, а шлях вперед може бути зв’язаний з подальшим загостренням проблем. Проте американський соціолог оптимістичний у прогнозах. Культурний прогрес, як стверджує, грунтується на самоорганізації - "соціальний порядок, якось підірваний, прагне перебудуватися наново".
Вже 1990-ті, на думку Ф. Фукуями, можна помітити, що "Великий крах" відживає своє і що процес відновлення норм вже почався. Як громадянин Америки, країни з пуританськими духовними цінностями, Фукуяма вказує, передусім, на "повернення до релігійності". У цьому плані ідей багато в чому схожі на працями російсько-американського соціолога Питирима Сорокіна, які належать до рубежу 1930-1940-х. Але якщо Сорокін вважав історичний процес "бігом по замкнутої прямий", то Ф. Фукуяма бачить прогрес суспільства на зростанні соціального капіталу кожну нову циклі. Завдяки цьому можливого (але з гарантованого) зростанню "стріла Історії спрямована вгору". Праці Ф. Фукуями викликають великого резонансу серед сучасних суспільствознавців оскільки він творчо продовжує традиції своїх попередників. Отже, як відомо, до вивчення макротенденцій розвитку суспільства конкурують два підходи - лінійно-прогресивний (К. Маркс, І. Мечников, Д. Белл, У. Ростоу) і циклічний (М. Данилевський, О. Шпенглер, П. Сорокин, Л. Гумільов). Фукуяма поєднує як перший, і другий напрями, зводячи в єдино лінійне бачення історії з циклічністю. Політична і економічна історія суспільства розвиваються, як і вважає, за законами прогресу і лінійності (ця ідея відбита у концепції "Кінця історії"), а соціальна, і моральна царини життя піддаються циклічності (що відбилося в концепції "Великого краху") [9, с.218].
У книзі "Кінець історії і остання людина" Ф. Фукуяма намагається відповісти на питання: "Чи має історія напрямок, і чи є сенс думати, що може існувати універсальна еволюція у напрямку ліберальної демократії і чи дійсно майже всі суспільства розвиваються в певному напрямку або їхні історії рухаються по циклічним або просто випадковим шляхах?". В якості передбачуваного механізму спрямованих історичних змін він обирає природні науки, так як завдяки науковому знанню відбуваються різні історичні зміни, змінюється форма виробництва, культура, освіта і так далі.
Ф. Фукуяма вважає, що першим із способів, яким сучасна наука породжує зміни, це військове змагання. Другий спосіб - це прогресивне підкорення природи з метою задоволення бажань людини, по-іншому це називається економічним розвитком. По його словам, загроза війни змушує держави вибудовувати свої соціальні системи за кресленнями, найбільш вигідним для створення і впровадження технологій. Сучасна наука дає вирішальнe військовe перевагу тим товариствам, які можуть розробляти, виробляти і впроваджувати технології найбільш ефективно, і відносна перевага зростає разом зі зростанням швидкості технологічних змін. На його думку, саме ці обставини спонукали радянський уряд вжити фундаментальні реформи в економіці, щоб надалі зберегти конкурентоспроможність в економічній і військовій сфері.
У своїх міркуваннях Ф. Фукуяма приходить до висновку, що науки породжують спрямованість історії. Далі у нього виникає інше питання, якщо науки створюють спрямованість історії, "чи може людство в цілому звернути спрямованість історії шляхом втрати наукового методу або заборони на нього?". Це питання він ділить на два:
1. Чи може наука бути свідомо знехтувана сучасними товариствами?
2. Чи може глобальний катаклізм послужити причиною мимоволі втрати сучасної науки?
Розмірковуючи над цими питаннями, він приходить до висновку, що свідомо від благ цивілізації, які створюються за допомогою наукових досягнень, людство не відмовиться. Навіть глобальний катаклізм не може стати причиною втрати сучасної науки: "Оскільки, навіть, якщо вдасться знищити сучасну зброю і накопичені знання, що дозволяють його створити, не можна знищити пам'ять про метод, який зробив цю зброю можливою. Залежність людини від науки після катаклізму може навіть посилитися, якщо вона виявиться за своєю природою екологічною, тобто якщо лише з допомогою науки можна зробити Землю знову населеною " [10, с.256].
Він приходить до висновку, що циклічна історія можлива тільки в тому випадку, якщо існуюча цивілізація зникне повністю, не залишивши ніяких слідів. Поступальний ж рух науки породжує спрямованість історії. На йоо думку панування сучасної науки навряд чи можна звернути назад, при будь-яких обставин.