И хотя вокруг его трудов еще долго шла острая борьба сторонников и противников, оставалась безусловной значимость его как создателя философии естествознания, борца за подлинную науку против невежества и суеверия. Основоположники марксизма называли Бэкона родоначальником материализма Нового времени и основоположником новой науки. Именно его твердый отказ от привлечения сверхъестественных сил и сущностей для объяснения природных явлений, привел к утверждению тех принципов, которыми руководствуется наука.
Цель науки для него — человеческая польза, удовлетворение потребностей и улучшение жизни людей, умножение их власти над природой. "Знание — сила" — именно ему принадлежат эти слова, ставшие девизом каждого, желающего овладеть его потенциалом. В науку следует идти, по его глубокому убеждению, не ради удовлетворения тщеславия и высокомерия, не для того, чтобы упрочить свое положение в обществе, не для того, чтобы получить знание ради знания. Он призывает следовать за ним путем, который наметил для себя: "Мы строим в человеческом разуме образец мира таким, каков он оказывается, а не таким, как подскажет каждому его мышление. Но это невозможно осуществить иначе как рассеканием мира и прилежнейшим его анатомированием. А те нелепые и как бы обезьяньи изображения мира, которые созданы в философиях вымыслом людей, мы предлагаем совсем рассеять... Итак, истина и полезность суть (в этом случае) совершенно одни и те же вещи. Сама же практика должна цениться больше как залог истины, а не из-за жизненных благ".
Исходя из этих принципов, он и предлагает реформацию науки, критически (порой несправедливо) оценивая достигнутый уровень. В целях реформации он предлагает развернутую классификацию знаний и искусств, составившую своего рода энциклопедию науки своего времени. Важнейшей частью этой работы Бэкон считал различения в структуре знания истин подлинных и мнимых, того, что "соотнесено с миром", и того, что "соотнесено с человеком". Интеллект человека загружен "призраками" (идолами), отягощающими его и порождающими многочисленные ошибки и заблуждения. Одни проистекают из самого характера человеческого ума, поскольку воля и чувства окрашивают все вещи в субъективные тона. Другие проникают в него из "ходячих мнений", спекулятивных теорий и т.д. Эта часть бэконовской философии до сих пор заставляет задуматься над тем, что сопровождает любое научное познание и от чего целенаправленно следует освобождаться, чтобы следовать путем истины, а не заблуждений.
К призракам рода Бэкон относит склонность к идеализации, т.е. предположение в вещах большего порядка и единообразия, чем в них есть. Многое в природе единично и индивидуально, не имеет себе подобия. Между тем как человек придумывает всегда некие параллели, соответствия, которых нет, вроде круговых орбит планет, небесных сфер, комбинаций из четырех состояний вещества и т.п. Примешивая к природе вещей свою сущность, человек отражает их в искаженном, обезображенном виде.
Призраки пещеры — заблуждения отдельного человека, ведь у каждого есть "своя пещера", которая искажает доходящий до него свет природы. Это особые прирожденные свойства каждого, формирующиеся также под влиянием авторитетов. Одни склонны видеть в вещах различие, другие — сходство. Одни привержены традициям, другие увлекаются чувством нового и т.д. Не многие способны соблюсти меру, отбрасывая то, что создано древними, и не пренебрегать тем, что предлагается как новое. Каждому исследователю природы Бэкон рекомендует ставить под сомнение все, что слишком захватывает, пленяет разум. Слепой одержимости нужно противопоставить идеал уравновешенности и ясного критического осознания.
Призраки рынка Бэкон считает самыми тягостными, поскольку их влияние сказывается тогда, когда новый опыт открывает для привычных слов значение, отличающееся от предписанного традицией. При этом старый язык перестает быть общепринятым, а вместе с ним и старые ценности теряют свой смысл. Между тем как штампы ходячего словоупотребления продолжают навязываться привычным общением людей. То, что объединяет людей, восстает против разума. К такого рода призракам относятся наименования несуществующих вещей, неправильные абстракции, выраженные в языке. Слова бывают всего лишь именами, ничего не говорящими о вещах.
Призраки театра отождествляются с теориями; это ошибки, связанные со слепой верой в авторитеты, некритическим следованием ложным мнениям и воззрениям. К ним Бэкон причисляет и систему Аристотеля, якобы испорченную логикой, и схоластику как слепую веру, основывающуюся лишь на авторитетах церкви. Искусственные философские построения и системы, оказывающие отрицательное влияние на умы, — это, по его мнению, "философский театр".
Недостоверность получаемого нами знания обусловлена, считает Бэкон, сомнительной формой доказательства, которая опирается на силлогистику обоснования идей, состоящую из суждений и понятий, поскольку понятия, как правило, образуются недостаточно обоснованно. В своей критике теории аристотелевского силлогизма Бэкон исходит из того, что используемые в дедуктивном доказательстве общие понятия — результат опытного знания, полученного слишком поспешно. Со своей стороны, признавая важность общих понятий, составляющих фундамент знаний, Бэкон считал, что главное — это правильно образовывать эти понятия, так как если это делается поспешно, случайно, то нет прочности и в том, что на них построено. Главным шагом в реформе науки, предлагаемой Бэконом, должно быть совершенствование методов обобщения, создание новой концепции индукции.
Опытно-индуктивный метод Бэкона состоял в образовании новых понятий путем истолкования фактов и явлений природы. Только с помощью такого метода, по мнению Бэкона, можно открывать новые истины, а не топтаться на месте. Не отвергая дедукцию, Бэкон так определял различие и особенности этих двух методов познания: "Два пути существуют и могут существовать для отыскания и открытия истины. Один воспаряет от ощущений и частностей к наиболее общим аксиомам и, идя от этих оснований и их непоколебимой истинности, обсуждает и открывает средние аксиомы. Этим путем и пользуются ныне. Другой же путь выводит аксиомы из ощущений и частностей, поднимаясь непрерывно и постепенно, пока наконец не приходит к наиболее общим аксиомам. Это путь истинный, но не испытанный".
Хотя проблема индукции ставилась и предшествовавшими ему философами, только у Бэкона она приобретает главенствующее значение и выступает первостепенным средством познания природы. В противовес индукции через простое перечисление, распространенное в то время, он выдвигает на передний план истинную, по его словам, индукцию, дающую новые выводы, получаемые не только на основании наблюдения подтверждающих фактов, сколько в результате изучения явлений, противоречащих доказываемому положению. Один-единственный случай способен опровергнуть необдуманное обобщение.
В индуктивный метод Бэкона в качестве необходимых этапов входят сбор фактов и их систематизация. Бэкон выдвинул идею составления трех таблиц исследования: таблиц присутствия, отсутствия и промежуточных ступеней. Если — возьмем любимый Бэконом пример — кто-то хочет найти формулу тепла, то он собирает в первой таблице различные случаи тепла, стремясь отсеять все то, что с теплом не связано. Во второй таблице он собирает вместе случаи, которые подобны случаям в первой, но не обладают теплом. Например, в первую таблицу могут быть включены лучи солнца, которые создают тепло, во вторую — лучи, исходящие от луны или звезд, которые не создают тепла. На этом основании можно выделить все те вещи, которые наличествуют, когда тепло присутствует; наконец, в третьей таблице собирают случаи, в которых тепло присутствует в различной степени. Используя эти три таблицы вместе, мы можем, согласно Бэкону, выяснить причину, которая лежит в основе тепла, а именно — по мысли Бэкона — движение. В этом проявляется принцип исследования общих свойств явлений, их анализ.
К индуктивному методу Бэкон относит и проведение экспериментов. При этом, с его точки зрения, важно варьировать эксперимент, повторять его, перемещать из одной области в другую, менять обстоятельства на обратные и связывать с другими. После этого можно перейти к решающему эксперименту.
Бэкон выдвинул опытное обобщение фактов в качестве стержня своего метода, однако он не был защитником одностороннего его понимания. Эмпирический метод Бэкона отличает то, что он в максимальной степени опирается на разум при анализе фактов. Бэкон сравнивал свой метод с искусством пчелы, которая, добывая нектар из цветов, перерабатывает его в мед собственным умением. Он осуждал грубых эмпириков, которые, подобно муравью, собирают все, что попадается на пути (имея в виду алхимиков), а также тех умозрительных догматиков, которые, подобно пауку, ткут паутину знания "из себя" (имея в виду схоластов).
Методология Бэкона в значительной степени превосходила разработку индуктивных методов исследования в последующие века, вплоть до XIX в. Однако Бэкон в своих исследованиях недостаточно подчеркивал роль гипотезы в развитии знания, хотя в его время уже зарождался гипотетико-дедуктивный метод осмысления опыта, когда выдвигается то или иное предположение и из него выводятся различные следствия. При этом дедуктивно осуществляемые выводы постоянно соотносятся с опытом. В этом отношении большая роль принадлежит математике, которой Бэкон не владел в достаточной степени, да и математическое естествознание в то время только формировалось.
В конце своей жизни Бэкон написал книгу об утопическом государстве "Новая Атлантида" (опубликована посмертно в 1627 г.), В этом произведении он изобразил будущее государство, в котором все производительные силы общества преобразованы при помощи науки и техники. В нем Бэкон описывает различные удивительные научно-технические достижения, преображающие жизнь человека: здесь и комнаты чудесного исцеления болезней и поддержания здоровья, и лодки для плавания под водой, и различные зрительные приспособления, и передача звуков на расстояния, и способы улучшения породы животных, и многое другое. Некоторые из описываемых технических новшеств осуществились на практике, другие остались в области фантазии, но все они свидетельствуют о неукротимой вере Бэкона в силу человеческого разума. Несмотря на то, что он придавал большое значение науке и технике в жизни человека, Бэкон считал, что их успехи касаются лишь "вторичных причин", за которыми стоит всемогущий и непознаваемый Бог. При этом Бэкон все время подчеркивал, что процесс естествознания хотя и губит суеверия, но укрепляет веру. Он утверждал, что "легкие" глотки философии толкают порой к атеизму, более же глубокие возвращают к религии.