Пізнавальна діяльність уявлялась професорам Києво-Могилянської академії складним процесом, здійснюваним на двох рівнях – чуттєвому й раціональному. Проблема пізнання висвітлювалася ними насамперед у курсах логіки та психології або трактатах про душу. Проте для повного її з'ясування необхідно взяти до уваги також їх вчення про загальні засади буття, про метафізичне пізнання, викладене у курсах метафізики. Важливе значення мають також погляди могилянців на метод пізнання, проблему універсалій та розуміння істини, які становлять зміст курсів логіки.
Загалом філософію професори Києво-Могилянської академії розуміли як систему дисциплін чи усіх наук, покликаних віднайти істину, причини речей, даних людині Богом, а також; як дослідницю життя і доброчесності. Істину вони, у свою чергу, ототожнювали з вищим буттям, себто з Богом, якого називали також naturою naturans (творящою природою). Переконані у раціональності світу, могилянці шукали істини на шляху дослідження наслідків Божої діяльності natur-и naturata (створеної природи). Під останньою вони розуміли насамперед сукупність ідеальних сутностей – універсалій, що, на їхню думку, у вигляді індивідуальних форм речей репрезентували у світі вище буття і були закорінені як у речах навколишнього світу, так і в людському розумі. Адже, коли професор Могилянської академії дивився на будь-яку річ крізь призму того чи іншого поняття, він намагався виявити це поняття, приховане, на його думку, під тілесною оболонкою цієї речі. Отже, він був переконаний у тому, що в речах наявні аналоги понять людського розуму. У вирішенні проблеми універсалій професори академії тяжіли до концептуалізму або поміркованого реалізму. Різниця ж між концептуалізмом і реалізмом полягає у тому, що реалізм передбачає самостійне існування цих аналогів окремо від речей у Божому розумі, а з точки зору концептуалізму окремим поняттям людського розуму відповідає лише спільне існування їхніх аналогів у речах. Так, І. Гізель у філософському курсі, прочитаному ним 1646–1647 pp., заперечував наявність у природі платонівських ідей – універсальних природ, що відокремлені від одиничних речей і надають цим речам своєї сутності. Він стверджував, що «сутність неможливо відокремити від речі, сутністю якої вона є» 76. Такий же погляд на цю проблему демонструють Й. Кроковський, С. Яворський, С. Калиновський, Ф. Прокопович. Усі вони, переконані в існуванні одвічного зв'язку між «формою» речі, що виявляється з допомогою понять, і буттям цієї форми, прагнули, як свого часу й західні філософи, зафіксувати цей зв'язок у рамках концептуальних побудов, поєднавши у такий спосіб в одній конструкції есенціальні та екзистенціальні моменти. Водночас у їх лекційних курсах наявна неоплатонівська ідея про походження світу шляхом божественної еманації, а це передбачало існування універсалій окремо від речей принаймні до створення Богом світу. Так, І. Гізель говорив про ідеальне буття, про наявну у Божому розумі єдину загальну природу, що в процесі творення світу поступово, з допомогою відповідних форм переходить до стану множинності. Ф. Прокопович стверджував, що до створення світу Бог існував «яко всесовершеннейший разум» і до того, як «во времени из ничего единого стало произведение всех вещей… онние твари в его уме, яко в архетипе, т.е. первообразном, непрестанно обретались» п. У «Метафізиці» Г. Кониського висловлювалася думка, що всемогутність Бога спричиняє те, що «сутності речей існують у часі в природі речей, а об'єктивно в думці, очевидно, в божественній як зачаті архетипи виведених у часі речей» 79. Цей неоплатонівський елемент у вченні професорів Києво-Могилянської академії про універсали відіб'ється, як ми побачимо в подальшому, на їх теорії пізнання, а також засвідчить спадкоємний зв'язок у філософських орієнтаціях професорів Києво-Могилянської академії та їхніх попередників в Україні.
Як вже зазначалося, пізнавальна діяльність, метою якої було здобуття істини, мислилася вченими академії як складний процес, здійснюваний у два етапи – чуттєвого й раціонального пізнання. Важливим джерелом пізнання вони, на відміну від своїх вітчизняних попередників, вважали чуттєвий досвід.
Більшість викладачів Києво-Могилянської академії, чиї курси філософії читалися протягом XVII ст., описували процес пізнання відповідно до поширеної у схоластиці теорії образів (species). Так, на думку І. Гізеля, речі зовнішнього світу, діючи на органи чуття людини, посилають їм чуттєві образи. Останні, потрапляючи на якийсь з органів чуття, відтискаються на ньому і стають «закарбованими образами» (species impressae). Закарбовані образи, діючи на відповідний орган чуття, викликають відчуття, внаслідок чого ці закарбовані образи стають вже відображеними (species ехpressae). А ці відображені образи, що містять певну інформацію про якусь річ, стають, у свою чергу, об'єктом діяльності внутрішнього чуття.
У структурі внутрішнього чуття, виходячи з різних функцій, яке воно виконує, І. Гізель виокремлював п'ять підвидів. Він поділяв його на загальне чуття (sensus communis), фантазію, пам'ять, оцінювальну спроможність (aestimativa) і розмірковувальну здатність (cogita-tiva) 80.
Загальне чуття І. Гізель визначав як внутрішнє чуття, з допомогою якого одухотворена істота диференціює відчуття і формує уявлення про об'єкти зовнішніх чуттів. До останніх зараховувалися зір, слух, нюх, смак і дотик. Під фантазією, або здатністю уяви (imagina-tiva), розумілося внутрішнє чуття, завдяки якому жива істота на основі сприйнятих раніше образів створює для себе інші різноманітні образи, оцінювальна здатність уможливлює використання сприйнятих образів з метою осягнення інших речей. Пам'ять відтворює минулі події. Щодо розмірковувальної здатності, то вона властива лише людині й являє собою внутрішнє чуття, що діє разом з інтелектом.
З діяльністю внутрішнього чуття І. Гізель пов'язує наступний етап пізнання зовнішнього світу. Відображені об'єкти зовнішнього чуття, що є формальним відображенням речей, діючи на внутрішнє чуття, утворюють закарбовані образи цього чуття, які називаються також інтенціональними. Останні, завдяки діяльності внутрішнього чуття, насамперед фантазії, утворюють відображені образи, що через складну одночасну взаємодію з активним інтелектом сприяють виверженню цим інтелектом досконаліших і простих, так званих інтелігібельних, себто умоглядних образів (інтелект професори академії згідно з традицією середньовічної філософії поділяли на активний і пасивний). Далі ці інтелігібельні образи, вважає Гізель, сприймаються пасивним інтелектом і слугують пізнанню «сущого, як такого, найзагальнішої основи, що абстрагується від сущого матеріального й духовного, створеного й нествореного, загального й одиничного, природного й надприродного, субстанції й акциденції».
Згодом переважно ті вчені Києво-Могилянської академії, які читали свої філософські курси у XVIII ст., заперечували концепцію образів (species) і відхиляли пояснення механізму відчуттів за допомогою імпресивних та експресивних образів. Так, Г. Кониський вважав, що відчуття виникають в органах внаслідок модифікації анімальних духів, яка настає або в результаті безпосередньої дії об'єктів, як у випадку дотику й смаку, або спричинюється субстанціональними потоками, що спрямовуються від об'єкта до органа, як у випадку нюху, або ж з допомогою модифікованого об'єктом середовища, як у випадку зору – через світло, а слуху – через рухоме повітря. Ця концепція мала на меті усунення зайвих проміжних ланок між об'єктом і суб'єктом сприйняття і насамперед імпресивних образів.
Знову ж таки Г. Щербацький, який читав свій курс філософії 1751 p., спираючись на вчення Декарта, усував традиційне розрізнення розуму і душі, а також відповідний розподіл пізнання на чуттєве й розумове. Чуттєве пізнання він підпорядковував мисленню. Мислення, казав він, позаяк воно мислить без тілесних образів, називається інтелектом, оскільки воно воліє, іменується волею, коли сприймає через образи або уявлення, вважається фантазією, оскільки пригадує в разі душевних рухів або слідів, утворених у мозку, і називається пам'яттю. Подібним чином мислення бачить за допомогою очей, чує вухами, відчуває запах носом, смак – язиком, торкається руками, ногами і т. ін. Якщо ж, отже, воно з допомогою внутрішнього чуття дещо про себе довідується, коли, приміром, розмірковує і певним чином розуміє щодо себе, що воно є, розмірковує, відчуває радість, біль тощо, такий спосіб сприйняття визначається як свідомість 84.
Загалом чуттєвому пізнанню могилянці надавали важливого значення. Воно, на їхню думку, даючи інформацію про зовнішній світ, створювало засади для діяльності мислення. А мислення в процесі обробки даних чуттєвого сприймання як виокремлює індивідуальні форми речей – так звані оцейності (haecceitates), що фіксують унікальність, неповторність тієї чи іншої речі, так і завдяки абстрагуванню того загального, що міститься у чуттєвих образах, створює передумови для вичленовування тих форм, які є вмістом смислової визначеності речей, щойностей (quidditates), різного рівня ідей – універсалій, прообразів речей, які були запрограмовані у Божому розумі. Вирішення проблеми пізнання буття Гізель пов'язував з чуттєвим пізнанням ще й тому, що виверження активним інтелектом умоосяжних інтелігібельних образів узалежнював від накопичування фантазією уявних образів (phantasmata) 85.
Проте, незважаючи на це, він застерігав, що фантазія має дотичність до утворення інтелігібельних образів лише як організуюче начало, а пасивний інтелект, отримавши від активного інтелігібельні образи з допомогою дискурсу, добуває з себе самого свої власні, абстрактніші образи. Ці застереження випливали з концептуалістичного трактування Гізелем проблеми універсалій. Адже будь-який представник концептуалізму був переконаний, що в інтелекті людини зосереджено цілий ряд, як вони І казали, речей, щодо яких людина не може утворити пов'язаних з чуттєвим пізнанням уявних образів, себто які неприступні для чуттєвого пізнання. Під річчю тоді розумілася не тільки матеріальна річ, а й будь-яка ідеальна сутність. До такого типу речей зараховувалися загальні поняття – роди, види, а також сукупності ідеальних сутностей (щойностей), якими є природа, Бог, ангели, одне слово, весь той умоосяжний світ, що уявлявся філософові такого напряму істинним буттям і що, на його думку, міг пізнаватися лише з допомогою чистого мислення.