В начале XVII в. Тибетский Буддизм из Монголии проник на север к бурятскому населению Забайкалья. Вторая линия пришла непосредственно из Тибета. С целью ослабления позиции Богдо-гегенов и влияния монголов и маньчжуров в этой части России, царь дал настоятелям Гусиноозерского дацана, как главам бурятского буддизма, титул Бандидо Хамбо-Лама. Таким образом бурятская традиция стала официально независимой от монгольской церкви, В 1741 году императрица Елизавета Петровна издала указ, согласно которому в Бурятии признавалось существование ламаистской веры и утверждалось 11 дацанов и 150 штатных лам. Эта дата считается датой официального признания буддизма в России, При дацанах открылись школы, печатались книги. В XVIII в. тибетский буддизм из Монголии попал также к тюркскому населению Тувы, хотя, первая волна буддизма пришла в Туву в IX в. от уйгуров. Как и в Забайкалье, это была главным образом традиция Гелуг, традиция Ньингма также получила значительное распространение. Настоятели Чаданского хурэ, как главы тувинского буддизма получили титул Хамбу-лама. Поскольку Тува, подобно Монголии, до 1912 г. находилась под маньчжурским правлением, тувинские Хамбу-ламы подчинялись непосредственно Богдо-гегенам в Урге: тувинский буддизм имел значительно более тесные связи с Монголией, чем бурятский. В Туве буддизм мирно сосуществовал с местной традицией шаманизма: в одних случаях люди обращались к шаманам, а в других — к буддийским священникам.
Когда предки калмыков отделились от ойратов Джунгарии в начале XVII в. переместились в район между Волгой и Доном к северу от Каспийского моря, они принесли с собой собственную традицию тибетского буддизма. Большую помощь им оказал ойрат Зая Пандита, Намкхаи Гиятсо, который на основе монгольской письменности разработал калмыцко-ойратскую письменность. Глава калмыцкого буддизма назначался царем и именовался Лама калмыцкого народа. Его резиденция располагалась в Астрахани, и, подобно бурятскому Бандидо Хамбо-ламе, он был совершенно независим от монголов. Духовное руководство калмыки получили непосредственно из Тибета. Несмотря на то, что наибольшее распространение у калмыков получила традиция Гелуг, вследствие присущего им синкретизма они приняли также некоторые обряды традиций Сакья и Кагью.
К 1846 г. в Бурятии было выстроено уже 34 дацана. Затрачивая массу усилий и материальных средств, буряты сумели импортировать из Тибета, Китая, Монголии громадное количество сокровенной литературы и перенять многие живые традиции как господствующей школы Гелуг, так и других направлений буддизма, В 1869 г. в Цугольском дацане под руководством монгольского ламы Чой-манрамбы началось изучение индо-тибетской медицины, которое затем распространилось и в других местах, В 1878 г. в Агинском дацане была основана школа Дуйнхор – Калачакры, чем и завершилось построение основных направлений высшего духовного образования по тибетскому образцу, Быстро развивалось книгопечатание. В 1887 г. действовало уже 29 типографий, которые до их разрушений в 1930-х гг. успели издать около 2000 названий книг на тибетском и монгольском языках, Калмыцкий буддизм этого периода имел свою историю. После ликвидации в конце XVIII века Калмыцкого ханства «калмыцкая степь» превратилась в один из административно-территориальных районов царской России, подчиненный астраханскому военному губернатору. Согласно Высочайше утвержденному Положению об управлении калмыцким народом, принятому в 1834 г., буддийская церковь была полностью подчинена царской администрации, Незадолго до революции 1917 года к семье российских буддистов присоединились и буддисты Южной Сибири – тувинцы – единственный тюркский народ, исповедующий буддизм, При многих хурэ имелись школы, где мальчики получали начальное религиозное образование. Высшее богословское образование тувинцы обычно получали в Монголии, В связи с развитием международных связей России на востоке, и в частности для установления прямых связей царского правительства с теократическими правительствами Монголии и Тибета, в Петербурге, столице Российской империи, строится буддийский храм на средства главы тибетских буддистов Далай-ламы и на пожертвования, собранные в Бурятии и Калмыкии. Значительную сумму на строительство пожертвовал также и Богдо-геген, глава буддистов Монголии. Строительством и деятельностью храма руководит представитель Тибета, выдающийся бурятский лама Агван Доржиев, К 1935 году примерно треть дацанов пустовала из-за отсутствия духовенства – бежавшего или репрессированного. В 1936 г. под предлогом, что 22 из 29 действующих дацанов находились в пограничной зоне, все они были закрыты, а ламы выселены как «враги народа» и «японские шпионы». Аналогичные процессы шли в Калмыкии и формально независимой Тыве, В Калмыкии за период 1917–1937 гг. было ликвидировано 79 хурулов. Вскоре после революции закрыли одну из двух духовных академий, Чоре, вторая просуществовала до 1933 г. В результате «последовательной борьбы за молодое поколение» в 1937 г. в хурулах не осталось ни одного послушника-манджи. Упразднение в 1943 г. калмыцкой автономии и выселение калмыцкого народа в Сибирь сняло сам вопрос о существовании храмов и буддизма в Калмыкии, В «независимой» с 1921 г. Танну-Туве вначале церковь оставалась неприкосновенной, и в 1928 г. Малый хурал даже принял закон, объявивший буддизм государственной религией. Это, вероятно, и спровоцировало начало разгрома, который начался в 1929 году, а в 1930 был подкреплен особой Резолюцией II Пленума ЦК и ЦКК АРП «по ламскому вопросу». По рассказам очевидцев, за ламами приезжали в несколько приемов: сначала брали верхушку духовенства, затем следующий слой – и так до конца, В Тыве, как и в Калмыкии, все храмы были сожжены дотла. И если у калмыков все же сохранилось одно здание – каменный Хошеутовский хурул князей Тюменей, – в Туве остались лишь остатки метровой толщины стен Чаданского хуре, В 1948 г. в Иволге около Улан-Удэ был построен новый монастырь, а также вновь было открыто одно из зданий Агинского дацана под Читой, С началом перестройки в Советском Союзе под эгидой Центрального духовного управления буддистов СССР официально регистрируются множество буддийских групп. Началось восстановление разрушенных монастырей в Забайкалье, Калмыкии и Туве и строительства новых храмов. Санкт-Петербургский монастырь возвращен буддийской общине и отремонтирован. В Иволгинском дацане открыт буддийский институт.