Військовий суд регіону, Військово-Морських Сил обирається у складі голови, заступника (заступників) голови і суддів. Повноваження цього суду передбачені статтею 387 Закону України "Про судоустрій”: у межах своїх повноважень суд розглядає справи як суд першої інстанції, у касаційному порядку, порядку нагляду і у зв'язку з нововиявленими обставинами; здійснює нагляд за судовою діяльністю військових судів гарнізонів, вивчає і узагальнює судову практику, аналізує судову статистику; здійснює інші повноваження, надані йому законодавством.
Повноваження військової колегії Верховного Суду України регламентовані статтею 49 Закону, згідно з якою судові колегії Верховного Суду розглядають у межах своїх повноважень справи як суд першої інстанції, у касаційному порядку, порядку нагляду і в зв'язку з нововиявленими обставинами. Військова колегія вивчає і узагальнює судову практику військових судів, аналізує судову статистику і здійснює інші повноваження, надані їй законодавством.
Підсудність кримінальних справ військовим судам є спеціальною підсудністю. Існує й персональна підсудність залежно від посади та звання військовослужбовців. Так, стаття 36 КПК України передбачає, що військовим судам гарнізонів як судам першої інстанції підсудні справи про злочини осіб, що мають звання до підполковника, капітана 2-го рангу включно, крім справ, підсудних військовим судам вищого рівня. Військовим судам регіонів, Військово-Морських Сил як суду першої інстанції підсудні:
1) справи про злочини осіб, які мають військове звання полковника, капітана 1-го рангу і вище;
2) справи про злочини осіб, які займають посаду від командира полку, командира корабля 1-го рангу і вище, а також осіб, рівних їм за військовим становищем;
3) справи про всі злочини, за які в умовах мирного часу може бути призначено покарання у вигляді смертної кари.
Військовій колегії Верховного Суду України підсудні справи виняткової важливості, а також справи про злочини військовослужбовців, які мають військове звання генерала (адмірала), або займають посаду від командира з’єднання і вище та їм рівних. Військовий суд регіону, Військово-Морських Сил, військова колегія Верховного Суду України вправі прийняти до свого провадження як суду першої інстанції будь-яку справу, підсудну військовому суду гарнізону.
Президія Верховного Суду України (стаття 50 Закону), яка утворюється в складі Голови, заступників Голови і членів Верховного Суду, розглядає питання організації роботи військової колегії, подає допомогу нижчим судам у правильному застосуванні законодавства, координуючи цю діяльність з Міністерством юстиції України.
Органи дізнання в системі органів досудового слідства , що діють у ЗСУ та ін. військових формуваннях України
Відповідно до ст.101 Кримінально-процесуального кодексу України ( 1002-05 ) органами дізнання в Збройних Силах України є командири військових частин, з'єднань і начальники військових установ. Надання командиру військової частини прав органу дізнання єодним із засобів зміцнення військової дисципліни, виховання військовослужбовців у дусі точного виконання законів, військової присяги, військових статутів, наказів командирів і начальників.
Дізнанням є оперативно-розшукові заходи з метою виявлення ознак злочину і осіб, що його вчинили, яке проводиться органом дізнання після порушення кримінальної справи з дотриманням чинного кримінально-процесуального законодавства. У необхідних випадках, коли має місце проступок (не злочин), командир військової частини призначає адміністративне розслідування, яке проводиться усно чи письмово у вільній формі. Якщо в ході розслідування будуть встановлені ознаки злочину, командир військової частини порушує кримінальну справу. Для провадження дізнання наказом командира військової частини призначаються дізнавачі строком на два роки з числа найбільш підготовлених для цього офіцерів. Один з них, який має досвід і навики у провадженні дізнання, призначається старшим дізнавачем. Старшим дізнавачам доручається розслідування найбільш складних злочинів. Копія наказу про призначення дізнавачів направляється військовому прокурору.
Дізнавачі призначаються із розрахунку: на полк (корабель 1 рангу) - 5-6 дізнавачів; на окремий батальйон (корабель 2 рангу) - 3-4 дізнавачі; на окрему роту (корабель 3 рангу, дивізіон кораблів 4 рангу) - 1-2 дізнавачі; на управління та штаби (вище полку) і установу (військово-навчальний заклад) - 2-3 дізнавачі.
Командир військової частини, як орган дізнання, порушує кримінальну справу про всі злочини, скоєні підлеглими йому військовослужбовцями, а також військовозобов'язаними під час проходження учбових зборів; про злочини, скоєні працівниками (невійськовослужбовцями) Збройних Сил України у зв'язку з виконанням службових обов'язків або в розташуванні військової частини, установи, військово-навчального закладу, підприємства, організації та інших (ст.104 Кримінально-процесуального кодексу України ( 100205).
Отримавши повідомлення про скоєний злочин, командир військової частини повинен у той же день порушити кримінальну справу, про що виноситься постанова. У постанові мають бути вказані час, місце, ким вона складена, привід і підстави порушення справи, стаття кримінального кодексу, за ознаками якої вона порушується і кому доручено проведення розслідування в даній кримінальній справі. Про виявлений злочин і початок дізнання командир частини негайно повідомляє військового прокурора, який здійснює нагляд за додержанням і правильним застосуванням законів у цій військовій частині (ст.100 КПК України ( 1002-05 ) і ст.44 Тимчасового статуту внутрішньої служби Збройних Сил України ( 431/93 ). Дізнавач перед початком розслідування виносить постанову про прийняття справи до свого провадження (додатки NN 2, 12). Копії цих постанов командир військової частини не пізніше двадцяти чотирьох годин направляє військовому прокурору.
Дізнавач не може брати участі у розслідуванні злочину і його кандидатура підлягає відхиленню, якщо він проходить службу в тому ж підрозділі і за своїм службовим станом є прямим начальником або підлеглим особи, щодо якої порушено кримінальну справу, а також за наявності інших підстав, вказаних у ст.60 КПК України ( 1001-05 ), а саме:
- коли він є потерпілим, свідком, цивільним позивачем, цивільним відповідачем або родичем кого-небудь з них, а також родичем обвинуваченого;