Деистический характер толкования природы бога Ф. Прокоповичем выявляется легко из факта постоянного отождествления им бога с природой, материей, вселенной, мировым пространством или «совокупным числом вещей и явлений». Так, в лекциях «Натурфилософии или Физика» он писал: «Под природой понимают самого бога». Это определение близко высказываниям Д. Бруно и Г. Галилея, Ф. Бэкона и Б. Спинозы. Лектор стремится доказать, что бог-это нечто сходное с «субстанцией», «общим субстратом» или «первоматерией» - основанием всего сущего. При этом, ссылаясь на авторитет Аристотеля и особенно Дионисия Ареопагита, Прокопович подчеркивал, что сущность божественного может быть выявленной через комплекс «утверждающих» и «возрастающих» понятий («бесконечное могущество» бога невозможно осознать без «ничтожно малого», без его «творений»). Характерна ссылка на сочинения Ареопагита «Про божьи имена» и «Про теологичну мистику». Именно в характере толкования проблемы «бесконечных божественных возможностей» Прокопович усматривал мистицизм прежде всего европейской теологии - т. е. томизма и схоластической ортодоксии. Однако этот же мистицизм усматривался им и у отцов восточно-христианской церкви, например у того же Дионисия. Анализ Прокоповичем взглядов видного представителя зенонистов из поколения представителей «второй схоластики» Арриаги завершался выводом: «Ежели бог не может сотворить чего-то большего, нежели то, что он сотворил раньше, то «исчерпывается всемогущество божье», а ежели может, то то, что творит, не есть бесконечное».
Налицо, конечно, развенчание одного из онтологических доказательств бытия божьего. Однако Прокопович доходил и до непризнания традиционных представлений либо признания их символического характера. Он, например, считал недопустимыми антропоморфистские представления о боге, когда полагают, «будто бог подобен людям, имеет голову, бороду, руки, ноги и т. п.». Можно понять, почему некоторые из современников эти высказывания высокого иерарха православной церкви считали еретическими.
Суждения Ф. Прокоповича о боге дополнялись философскими и естественнонаучными представлениями конца XVII - начала XVIII в. Не случайно, подмечая их связь с философией Б. Спинозы, один из младших членов «Ученой дружины» писал «Лунки Феофана и амстердамского философа ощутимо сближаются». В этой позиции крылись истоки большей веротерпимости новгородского епископа по сравнению с С. Яворским и И. Посошковым, Г. Бужинским и Ф. Лопатинским, Д. Ростовским и А. Волынским - признанными сподвижниками Петра I. Поэтому мало сказать, что в учении Прокоповича о боге заметны были следы влияния российского свободомыслия, связанного с процессами раскола, распространением новгородско-московских ересей, движений стригольников и духоборов. Неортодоксальность взглядов Феофана определялась влиянием ренессансных и антитринитаристских идей, религиозно-реформаторских движений Белоруссии, Литвы, Украины, славянских народов Восточной Европы, протестантских идей сложной эпохи конца XVII - начала XVIII в.
Только глубокий и всесторонний синтез мог сообщить воззрениям Ф. Прокоповича целостность, дополняемую энциклопедичностью и широтой эрудиции, непререкаемым авторитетом ученого и теолога, философа и проповедника. Ему по плечу было решение .многих теоретических и практических проблем, возникавших перед «Ученой дружиной». При этом следует иметь в виду, что долгое время в Святейшем Синоде президентом был не он, а местоблюститель патриаршего престола С. Яворский. Между тем при Петре 1 и после смерти российского императора влияние на события автора «Духовного регламента» оставалось огромным. Это объясняется прежде всего компромиссным характером его идеологических позиций. Так, например, в отношении раскола Прокопович занимал центристскую позицию между государственными и церковными кругами, что позволяло сохранять независимость в суждениях по данному вопросу. То же можно сказать о его мировоззрении, включавшем деистические и дуалистические элементы аристотелизма, идеи рационализма философов нового времени, черты иррационализма Иоанна Дамаскина и Псевдо-Дионисия Ареопагита, принципы натурфилософии и логистики.
Постановка проблемы бога, ее рационалистическое осмысление выводили Ф. Прокоповича в область чрезвычайно важную с точки зрения предмета философии, трактовки таких сверхсложных понятий, как материя, ее формы, субстанция, вещь, тело, покой, пространство, время, причинность, необходимость и т. п. Мыслитель оказывался перед необходимостью решать бэконовскую задачу критического анализа наследия средневековой схоластики в уровнях России и других стран Восточной Европы и Азии, а также учений Кирилла Александрийского, Василия Кесарийского, Григория Богослова (Назианзина), Иоанна Дамаскина, Дионисия Ареопагита и других отцов церкви, представлявших традицию греко-византийской духовной культуры. При освобождении им античной философии и прежде всего философского наследия Аристотеля от наслоений схоластики не мог не пригодиться опыт мыслителей Возрождения. Но главной опорой стали духовные традиции Киево-Могилянской академии и Московской духовной академии, наследие Л. Могилы, И. Гизеля, В. Ясинского, И. Краковского, братьев Лихудоя и др.
Еще в стенах Киева-Могилянской академии, в курсе «Натурфилософия» Прокопович всесторонне раскрывал мировоззренческие горизонты своего времени. По структуре, содержанию и, в известной мере, назначению лекции по натурфилософии и физике, прочитанные им в 1708/09 учебном году, напоминали «Новый Органон» Фрэнсиса Бэкона. В лекциях часто упоминается имя Аристотеля. Нередко оно связывается с основными понятиями натурфилософии, такими, как материя, актуальная и потенциальная ее разновидности, форма и «форма форм», движение и виды движения. Много времени отводилось комментированию понятия «причина», учения о четырех причинах: «материальной», «формальной», «целевой», «действующей» и т. п. Прокопович признает наиболее подходящим аристотелевское определение: «Причина - это то, что порождает собой бытие вещи». Он раскрывает свои представления о причинах разного рода. Оказывается, что «бог есть первая наиглавнейшая причина и ему подчинены все остальные». И это пантеистически емкое определение включает «природную», «материальную», «действующую» и т. п. естественные причины, облачая самую действительность в теистический наряд.
Ссылаясь на Священное писание (Иоан. 1), Ф. Прокопович обосновывал вывод о том, что в природе ничего не может возникать и исчезать без бога. Он также указывал на «свидетельство Августина», якобы подтверждающее «всемогущество бога», который «скрытою силой приводит в движение все свое творение». Однако несколькими строками ниже автор «Метафизики» утверждал, опираясь на авторитет философов, что «первая причина действует с помощью других причин». А это позволяло предполагать, что «естественные», «материальные», «природные» причины могут, находясь вне божества, обеспечивать его существование. Естественное начало в этом учении в традициях пантеизма гарантирует функционирование божественного мироздания (сотворенной природы). Превращение материальных форм из потенциальных в актуальные, полагал Прокопович, обеспечивается, с одной стороны, действием бога как первопричины и «перводвигателя», а с другой - действием универсального движения в природе, имеющего в своем основании собственные «принципы». Наставляя своих слушателей, Прокопович указывал: «Без основательного понимания движения нельзя хорошо понять н всего остального из того, что исследует в природе физик, ибо все перемены, возникновение и гибель, круговорот небес, движение элементов, активность и пассивность, текучесть и изменчивость вещей происходят благодаря движению. Движение как бы представляет собой общую жизнь всего мира» .
Не развивая эту мысль последовательно в учении о природе и социальной жизни в целом, Прокопович все же в общем движении от метафизики к диалектике делал сознательные шаги вперед, опережая свое время и многих своих современников. Предварением геологических исследований М. Ломоносова являлись высказывания Ф. Прокоповича об эволюции поверхности горных склонов. «С течением времени, - писал новгородский епископ, - возникало множество новых гор, многие из них превратились в равнину. Это происходит обычно определенным способом, действием силы вод, которые вымывают внутренние слои земли и подымают горы, а другие сносят, нажимая на них, а также действием силы ветров, движений земли и иных». Поразительно, что даже терминологически, а особенно это крылатое - «слои земные» - все это предвосхищало учение М. Ломоносова об эволюции земной поверхности, некоторые принципы диалектики природы.