Далее необходимо ввести, при построении модели явления, самые необходимые свойства определяемых объектов (“кирпичей” теории) и правила их взаимодействия и преобразования. Список введенных свойств и правил должен быть полным, т. е. таким, оперируя с которым можно осуществить любое действие по решению поставленных в исследовании задач и доведения решения логического и однозначного результата. Указанный список должен быть логически непротиворечивым, иначе создаваемая теория приведет к ошибочным заключениям. Вводимые правила должны быть выполнимы, а результаты их использования однозначными и определенными.
Выделенное множество объектов-терминов теории и правил их преобразования должно допускать проверку практикой или иными надежными методами. При этом выбранная модель должна обеспечивать необходимую точность результатов.
Метод моделирования в биологии является средством, позволяющим устанавливать все более глубокие и сложные взаимосвязи между биологической теорией и опытом.
В последнее столетие экспериментальный метод в биологии начал наталкиваться на определенные границы, и выяснилось, что целый ряд исследований невозможен без моделирования. Если остановиться на некоторых примерах ограничений области применения эксперимента в биологии, то они будут в основном следующими:
а) эксперименты могут проводиться лишь на ныне существующих объектах (невозможность распространения эксперимента в область прошлого);
б) вмешательство в биологические системы иногда имеет такой характер, что невозможно установить причины появившихся изменений (вследствие вмешательства или по другим причинам);
в) некоторые теоретически возможные эксперименты неосуществимы вследствие низкого уровня развития экспериментальной техники;
г) большую группу экспериментов, связанных с экспериментированием на человеке, следует отклонить по морально-этическим соображениям.
Но моделирование находит широкое применение в области биологии не только из-за того, что может заменить эксперимент. Оно имеет большое самостоятельное значение, которое выражается, по мнению ряда авторов, в целом ряде преимуществ:
с помощью метода моделирования на одном комплексе данных можно разработать целый ряд различных моделей, по-разному интерпретировать исследуемое явление, и выбрать наиболее плодотворную из них для теоретического истолкования.
в процессе построения модели можно сделать различные дополнения к исследуемой гипотезе и получить ее упрощение.
в случае сложных математических моделей можно применять ЭВМ.
открывается возможность проведения модельных экспериментов (синтез аминокислот по Миллеру, модельные эксперименты на подопытных животных).
Все это ясно показывает, что моделирование выполняет в биологии самостоятельные функции и становится все более необходимой ступенью в процессе создания теории. Однако моделирование сохраняет свое эвристическое значение только тогда, когда учитываются границы применения всякой модели. Особенно выразительно это показано Р.С. Карпинской на модели минимальной клетки. Эта модель возникла как результат познания биохимической универсальности жизни и имеет методологическое значение для моделирования основных ее закономерностей. Минимальная клетка представляет собой модель основной единицы жизни и охватывает лишь мембранную, репродукционную системы и систему снабжения энергией. Таким образом, задача состоит в том, чтобы с ее помощью воспроизвести наиболее общие жизненные структуры.
И хотя при этом остается неучтенным аспект развития, модель минимальной клетки имеет огромное значение для доказательства единства органического мира. Однако эта модель не выходит за границы биохимического подхода к жизни, который преимущественно "направлен на доказательство ее стабильных, универсальных и неизменных характеристик". С другой стороны, модель минимальной клетки может быть использована и для разграничения определенных качественных ступеней процесса развития. Она, - как и любая другая модель, имеет свою область применимости и позволяет распознавать и реконструировать определенные закономерности. Тем самым эта модель выполняет существенные функции в процессе разработки теории.
Для более глубокого понимания значения и сущности моделирования в биологии следует остановиться на проблемах моделирования в истории биологической науки.
Моделирование как научный метод в биологии было впервые описано и сознательно использовано Отто Бючии и Стефаном Ледуком в 1892 году. С точки зрения истории науки интересно, что методы моделирования в биологии стали применяться сознательно лишь тогда, когда благодаря появлению эволюционной теории Дарвина и созданию генетики в развитии биологической теории был сделан крупный скачок, и биология преступила к исследованию все более сложных биотических связей.
Так, например, возникновение популяционной генетики тесно связано с моделью Харди и Вейнберга. Глубокое проникновение в объективные связи на макро- и микроуровнях живого, а также переход к изучению надорганизменных систем вынудили исследователей обратиться к методу моделирования. Все изменения, происходящие в естественных популяциях, имеют очень сложную природу из-за взаимодействия многих факторов эволюции, так что только исследование более простых моделей может дать представление о значении отдельных эволюционных факторов.
Существенную роль моделирование играло и играет в развитии молекулярной биологии. Одним из известных примеров применения методов моделирования является разработка структурной модели ДНК, которую создали на основе ренгеноструктурного анализа и химических исследований, и интерпретировали Уотсон и Крик (1953г.). Эта модель особенно выразительно показывает взаимосвязь между экспериментальными методами и методами моделирования при дальнейшем развитии биологической теории. Вопросы, связанные с дальнейшим применением моделирования в молекулярной биологии широко рассматриваются в работе немецкого исследователя Э. Томаса.
В общенаучном плане очевидно, что прогресс в технологии эксперимента увеличивает возможности более полного учета взаимодействия, более системного отражения в модели свойств оригинала. Однако реализация этих возможностей предполагает подключение методологического подхода, привносящего в отношение к объекту четко сформулированные вопросы о том, что же понимается под объектом в мире модельных представлений биологии, каковы пути создания этих представлений и их апробации в общебиологическом контексте?
При использовании таких моделей, как синтетические биополимеры и рекомбинантные молекулы, создаваемые генной инженерией, возникают определенные сложности. Их заведомо искусственный характер четко обозначает функцию моделей, которые используются не только для накопления структурно-функционального знания молекулярного уровня живого, но и для определения конкретных путей изменения наследственности. На постановку исследовательских задач воздействуют и возникающие в генной инженерии социально-этические проблемы, что ведет к объединению методологических и мировоззренческих аспектов научной деятельности. Проблемы экстраполяции знания, столь важные в любом моделировании, оказываются составной частью более широкого круга вопросов, включая вопрос о социальной роли биологии.
Своя специфика процедур моделирования, создания идеального объекта присуща и таким областям молекулярной биологии, которые имеют депо с традиционными объектами - дрозофилой, вирусами, фагами, бактериями. Будучи наиболее фундаментальными объектами молекулярной биологии и молекулярной генетики, вирусы и бактерии представляют собой "природные" модели, сочетающие в себе физико-химическую индивидуальность и биологическую специфичность. Относительная простота их организации позволяет испытывать на них весь тот комплекс методов и подходов, взаимодействие которых лежит в основе достигнутых успехов современной биологии.
Вместе с тем отношение к объекту эксперимента как к модели, т.е. фактическое восприятие его как "предмета" деятельности сосуществует с иным отношением к объектам вышестоящих уровней биологического познания. В отношении любого биологического объекта, как известно, тоже можно говорить о многоуровневости его теоретического воспроизведения. Поэтому взаимосвязь между уровнями теоретического знания осуществляется в пространстве неоднородных объектов. Один из них принадлежит данному уровню, а другие заимствованы либо "снизу", либо "сверху", в зависимости от редукционисткой либо общебиологической ориентации исследователя.
Для дальнейшего обоснования этих утверждений необходимо перейти от отдельных примеров к той составной части научно-исследовательской деятельности, в которой достаточно очевидно "переходное" между философией и биологией отношение к объекту, т.е. включающее в себя элементы и того и другого подходов. Выбор объекта совершается в контексте представлений о реальности. Мир объектов, с которым имеет депо биолог, всегда обобщен в его сознании в некую цельность, которая нетождественна цельности другого исследователя, имеющего иные исследовательские задачи.
Но что такое "реальность" в биологии, есть ли отличия в понимании этого понятия в ней и в других науках? Как соотносится "реальность" с предметом биологии, со воем содержанием совокупного биологического знания? Как то или иное понимание "реальности" воздействует на выбор объекта исследования, на определение характера, места, роли теоретического и экспериментального знания? В обсуждении этих вопросов прежде всего важно показать, что понятие "реальность" несет на себе существенную мировоззренческую нагрузку, отражая те глобальные отношения исследователя с освоенным им фрагментом действительности, которые создают его мироощущение как естествоиспытателя, как ученого.