Корень этого последнего различия можно обнаружить уже в классическом эпистемологическом холизме Дюгема. Узкая (махистская) позитивистская концепция эмпирического значения — каждый допустимый научный термин должна иметь свое собственное, индивидуальное эмпирическое содержание, поскольку оно строится из элементов ощущения — была отброшена Дюгемом как неправомерное ограничение введения теоретических терминов, которые не обязательно являются индивидуально основанными на опыте, а как правило, вовсе не являются таковыми. Если же как обладающие эмпирическим содержанием рассматриваются только теории в целом, то теоретические понятия, которые индивидуально не основаны на опыте, совершенно приемлемы постольку, поскольку на нем основаны целые теории, которым принадлежат эти термины.
Согласно холистическим взглядам, надо будет признать, что факты опыта, в том числе субъективного, действительно составляют основание каждой науки, но они не составляют ее содержание. Скорее они представляют данные — "данное", к которому обращается наука. Простое подтверждение эмпирических отношений между экспериментальными фактами не может быть представлено как единственная цель науки. Такие общие отношения — в том виде, в котором они выражены в законах природы, сформулированных в нашей позитивной науке — нисколько не представляют собой простое подтверждение; они могут быть сформулированы и получены только на основе концептуального строительства, которое не может быть извлечено для нас из опыта как такового. Кроме того, наука ни в коем случае не удовлетворяется формулировкой законов опыта — напротив, она стремится создать логическую систему, основанную на минимальном из возможных числе предпосылок, которая содержала бы все законы природы как логические следствия. Эта система скоординирована с предметами опыта; разум стремится построить эту систему — которая, как предполагается, соответствует миру реальных вещей донаучного Weltanschauung — таким способом, чтобы она соответствовала всем имеющимся в наличии фактам опыта. Такая точка зрения отличается от критического идеализма в смысле Канта: здесь не обнаруживается никакого признака искомой системы, о котором мы могли бы знать априорно, что он обязательно должен принадлежать этой системе в силу того, что такова природа нашего мышления. Это также справедливо для форм логики и причинной связи. Мы можем задаваться вопросом лишь о том, как представлена система науки в ее состоянии развития к настоящему времени, но не о том, как она должна быть представлена. Логические основания системы, при подобном подходе, конвенциональны тривиально, с чисто логической точки зрения.
Холизм возвращается, таким образом, к возможному различию между конвенциональными координативными определениями и эмпирическими пропозициями, но в нем оно получает радикальное переосмысление. Первичные понятия, непосредственно и интуитивно связанные с опытом, оказываются отделенными от всех других понятий, обладающих эмпирическим значением постольку, поскольку они связаны с первичными понятиями через утверждения. Частично эти утверждения являются определениями понятий и логически выводимых из них утверждений, а частично утверждениями, которые не выводимы из определений, и выражают по крайней мере косвенные отношения между первичными понятиями и таким образом между элементами опыта. Утверждения последнего рода суть утверждения относительно действительности, или законы природы, т.е. утверждения, которые должны быть валидны для элементов опыта (устойчивы к проверке на элементах опыта), охватываемых первичными понятиями. То, какие из утверждений должны быть расценены как определения, а какие — как законы природы, в значительной степени зависит от выбранного представления. Вообще такое различие необходимо проводить только тогда, когда надо исследовать, до какой степени та или иная рассматриваемая в целом концептуальная система действительно обладает эмпирическим содержанием.
Отличие холистического эмпиризма от эмпиризма Шлика и Рейхенбаха состоит, далее, во взглядах на характер связи между первичными понятиями и элементами опыта: если для логических эмпиристов эта связь логически определима, то для холистов такой однозначной выводимости нет.
Ни способ, которым мы должны строить и соединять понятия, ни способ, которым мы должны координировать их с элементами опыта, не являются, с холистической точки зрения, априорными: решающим критерием здесь является только успех в отношении установления порядка среди элементов опыта. Правила комбинации понятий должны быть предусмотрены только в общем смысле, потому что иначе научное знание было бы невозможно. Эти правила можно сравнить с правилами игры — скажем, следуя Витгенштейну, шахматной: сами по себе они произвольны, но их изначальная детерминированность делает возможной игру как таковую. Однако конвенция по их поводу подлежит постоянному пересмотру и в любом случае не является тотальной: она валидна для предназначенной области применения, т.е., с такой точки зрения, никакие окончательные категории в смысле Канта — во всяком случае, в смысле неокантианцев, так как, следует оговориться, существует очень много трактовок кантовских категорий — не являются актуальными для данной концепции. Более того, связь элементарных понятий повседневной мысли с комплексами элементов опыта признается понятной лишь интуитивно и недоступной научной, логической фиксации. Научное построение отличается от пустой концептуальной схемы определенной исчерпывающей совокупностью этих связей, заданных на той или иной предметной области, а не какой-либо одной или несколькими из них, какими бы содержательными сами по себе они ни были. В этом смысле даже наиболее простые понятия, ближе всего отстоящие от опыта, коррелируют с абстрактными научными понятиями.
Последнее соображение, как представляется, открывает дорогу для возможного молекуляристского эмпиризма. Рассуждение здесь может выглядеть так.
При построении понятия о предмете некоторые повторяющиеся комплексы элементов опыта (допустим, чувственных данных) отделяются от всей совокупности наличного опыта (допустим, произвольным образом) и координируются с понятием о предмете. С логической точки зрения, это понятие не идентично с ассоциируемыми элементами опыта — уже хотя бы в силу того, что полностью принадлежит сфере сознания. С другой стороны, это понятие имеет свое значение и обоснование исключительно во всей совокупности тех элементов опыта, с которыми оно скоординировано. Сама связь понятий и пропозиций с элементами опыта, с такой точки зрения, имеет не логическую, а конвенциональную или интуитивную природу. Однако в концептуальную систему входят, помимо понятий, синтаксические правила, которые составляют ее структуру. Хотя концептуальные системы логически полностью произвольны, они детерминированы целью предоставить оптимальную — наиболее полную или наиболее строгую, или, возможно, в каких-то случаях оптимальную в каком-то еще смысле — координацию со всем имеющимся количеством элементов опыта. Именно такую детерминированность отражают синтаксические инференциальные правила, обслуживающие некоторый — эмпирически обозримый — участок теории и гарантирующие согласуемость выстроенного таким образом участка теории с теорией в целом и, соответственно, согласуемость релевантной для данного фрагмента теории области опыта со всей совокупностью наличного опыта.
Пропозиция в логической системе истинна, если она выведена согласно принятым логическим правилам. Если мы признаем, что истинностное содержание системы зависит от определенности и полноты ее координации со всем наличным опытом, то должны будем тем самым признать, что истинная пропозиция получает свою истинность от истинностного содержания системы, которой она принадлежит. Однако если мы связываем истинность пропозиции также с правилами вывода, валидными для теории в целом или, во всяком случае, для ее эмпирически релевантного фрагмента, то в качестве истинностного оператора выступает именно последний. При этом такой фрагмент может экстенсионально совпадать с теорией в целом, но принципы его вычленения будут иными. Само правило не редуцируется при этом к совокупности эмпирического знания, поскольку ставит определимость эмпирического значения — условий истинности эмпирического предложения — в зависимость, в том числе, от определенной группы правил, а не от условий установления определенной конвенции.
Подобный молекуляристский подход возвращает нас к позиции Шлика и Рейхенбаха. Логический эмпиризм также противопоставлял себя конвенционализму, согласно которому геометрия — вопрос конвенции, и утверждениям о геометрии физического пространства не может быть назначено никакое эмпирическое значение. Хотя, с точки зрения логических эмпиристов, физическое пространство может быть описано и в евклидовой, и в неевклидовой геометрии, этого недостаточно для того, чтобы назвать утверждения о геометрической структуре физического пространства бессмысленными. Согласно Рейхенбаху, выбор геометрии произволен до тех пор, пока не дано определение конгруэнтности: как только это сделано, вопрос выбора геометрии для физического пространства становится эмпирическим. Сочетание утверждений геометрии с утверждением используемого координативного определения конгруэнтности под лежит эмпирической проверке и таким образом выражает свойство физического мира, тогда как при конвенционалистском подходе игнорируется тот факт, что произвольными являются только утверждения неполной геометрии, в которой отсутствует определение конгруэнтности. Если такое утверждение дополнено определение м конгруэнтности, то оно становится подлежащим проверке опытным путем и таким образом имеет физическое содержание. С холистической точки зрения, само понятие расстояния должно было бы определяться относительно полной геометрии (или полной теории относительности), а с точки зрения холистического эмпиризма, оно еще обязано бы было быть эмпирически проверяемым, но не индивидуально, а в составе теории. Но с молекуляристской точки зрения, эмпирической проверке подвергается не теория в целом — как, разумеется, и не изолированное понятие, — а скорее релевантный фрагмент теории, т.е. конечные сочетания утверждений, определенные конкретными целями исследования — что экстенсионально может совпадать, например, с определенным множеством утверждений геометрии и координативных определений, задаваемых на определенной предметной области.