В результате ранней христианизации исторические средневековые источники не успели запечатлеть имена древневепсских верховных богов, как это было у других финно-угорских народов (финнов, карел, эстонцев, коми, удмуртов, мордвы, марийцев, хантов и манси). Высшая мифология всегда оказывалась наименее устойчивой частью, так как на отказ от нее в первую очередь были направлены основные усилия миссионеров новой религии. Видимо, так некоторые персонажи высшего уровня у вепсов были заменены христианскими святыми, другие - приобрели отрицательные характеристики.
У всех финно-угорских народов в древности существовал главный небесный бог. Его имя исследователи связывают с названием неба, воздуха. В скандинавских и русских преданиях сообщается, что у заволочской чуди, которая скорее всего принимала участие в этногенезе вепсского народа, существовал верховный бог Юмалла. Изображение Юмаллы находилось в еловой роще: "Весь он был слит из серебра, прикреплен к самому большому дереву рощи и держал в руках большую золотую чашу"; в нее чудь опускала жертвоприношения в виде серебра и золота своему богу.
Гораздо более устойчивым в вепсской мифологии оказался ее так называемый "низший слой". К нему относились различные духи, связанные со всем мифологизированным пространством от дома до леса и причисленные к разряду нечисти. Им посвящались различные обряды жертвенного характера.
Среди персонажей "низшей" мифологии выделялась группа духов- "хозяев" различных природных объектов (лес, земля, поле, вода и т.д.). Самым популярным природным духом у вепсов был и остается "хозяин" леса. Он известен под множеством названий, по которым можно наметить некоторые стадии развития народного мировоззрения. Первоначально - это mec ("лес") - объект обожествления, далее идет выделение духа лесной стихии "лесовой", затем наделение его антропоморфными чертами – "лесной человек".
В сложении образа лесного духа-"хозяина" отразилось двойственное отношение вепсов к лесу: с одной стороны, он являлся кормильцем крестьянина, с другой - был наполнен всевозможными опасностями. Хозяин леса мог не только послать охотнику много дичи, собирателю - много грибов и ягод, а пастуху - безопасность скота, но и сбить путника или домашних животных с дороги, напустить на них диких зверей. Чтобы не прогневить лесного духа каждый вепсский крестьянин в прошлом знал различные религиозно-магические обряды на случай встречи с ним в лесу, потери дороги, ночевки под деревьями, а также жертвенные обряды в начале и конце лесной промысловой деятельности. Так, закончив сбор "даров леса", собиратели обязаны были принести жертву лесному хозяину - в виде ягод и грибов, которые они оставляли на пне, у придорожного креста или на перекрестке дорог. Этим формам поведения многие сельские жители следуют до сих пор при посещении леса.
У вепсов как земледельческого народа получили развитие мифологические представления о духах, населяющих поле. Правда эти представления были намного слабее, чем поверья о духе-хозяине леса и сохранились они, главным образом, у южных вепсов. Считалось, что каждое поле имеет своих духов - хозяина поля и хозяйку поля. В народных представлениях вепсов, как и многих других народов, жатва часто представлялась как мученические роды хозяйки поля, во время которых происходило рождение зерна ("духа хлеба"), заключенного в снопы. В период уборки урожая крестьяне закапывали для хозяина и хозяйки на полосе хлеб и яйцо, чтобы те дали им хороший урожай. По народным поверьям, в период жатвы на поле часто можно было слышать стоны, означающие, что хозяйка поля рожает. Услышавший стоны обязательно дарил "роженице" "пеленку": cнимал с себя портянку, платок или передник и оставлял на полосе.
Не менее почитаемым, чем леший, образом вепсской низшей мифологии был водяной дух. Но в отличие от духа леса, вера в него мало сохранилась среди вепсов до сегодняшнего времени. В традиционном мировоззрении вепсов отразились различные стадии олицетворения водных объектов. Так, у южных вепсов было обнаружено предание, в котором реальные реки конкретной местности персонифицированы. О реках говорится как о существах женского пола, содержится объяснение их физических особенностей. С развитием анимистических верований олицетворения, придаваемые различным водным объектам, постепенно отделялись от своих стихийных основ и становились их хозяевами. У вепсов появились дух-"хозяин" озера - "хозяин ручья" и "хозяйка ручья".
Стихией, противоположной воде, был огонь. Культ огня занимал важное место в древних мировосприятии и религии вепсов. Он выражен прежде всего в различных табу, запрещающих как-либо осквернять эту чистую стихию: нельзя было плевать в огонь, топтать его ногами и т.д. В случае нарушения запретов огонь мог отомстить пожаром или болезнями, например, появлением вокруг губ сыпи под названием "летучий огонь".
Различные виды огня (костры, горящая лучина или свеча, дым и т.п.), которым приписывались очистительные, целительные, обережные или продуцирующие свойства, широко использовались в вепсских ритуалах. С ритуальными огнями производились всевозможные магические действия: обегание, прыжки, обходы, окуривание и т.п. Окуривание, считавшееся в народе важнейшим обезвреживающим средством, как правило, предваряло начало какого-нибудь нового периода в жизни и деятельности человека. Так, успеху рыболовного или охотничьего сезона способствовало окуривание орудий труда - сети, ружья. Употребление молока нового удоя в пищу начиналось с омовения коровы и окуривания ее дымом, что также имело и утилитарный смысл.
В представлениях народа отразились различные проявления этой природной стихии: огонь - источник света и тепла; огонь - земной и небесный, падающий на землю в виде молнии; огонь костра и домашнего очага; огонь - разрушитель и т.д. Дальнейшее развитие представлений о многоликости огня у вепсов привело к персонификации некоторых форм его проявления и появлению особых "огненных" мифологических персонажей. Так, среди северных вепсов собраны единичные сведения об олицетворении огня в образе духов "хозяина огня" и "хозяйки огня". Для прекращения пожара духам бросали в огонь в качестве жертвы яйцо и обращались с просьбой остановить разбушевавшуюся стихию. По другим сведениям из этой же группы, пожар персонифицировался в самостоятельные антропоморфные образы в виде худых и маленького роста "хозяина" пожара и его жену - "хозяйку" пожара.
В культе огня у вепсов особенно ярко выделялось почитание огня домашнего очага. Во время южновепсской свадьбы специально ему жертвовали горшок с кашей, который ставили на шесток печи. Среди черт, характеризующих внешний облик духа, известна только одна - вымазанность сажей, которая вполне увязывается с его местопребыванием в печи.
У вепсов бытовали представления и о других мифологических образах, населяющих дом и хозяйственные постройки. Среди них, прежде всего, "хозяин" избы, проживающий c женой и детьми. Он был покровителем семьи, всегда появлялся перед домочадцами (во сне или наваливаясь на спящего) неожиданно, что служило предупреждением беды. Домовой и его жена, как правило, представлялись антропоморфно - в виде старика и старушки ростом с нормального человека или очень маленькими. Взгляды народа на местонахождение домового в избе отличались вариативностью. Указывались пространство у печи, за печью, на печи, подполье, красный угол.
Анализ обрядности новоселья позволяет выявить особенности образа вепсского домового. У вепсов обнаружено два типа ритуалов перехода в новый дом. Первый тип, по-видимому, появился в вепсской среде от русских. В прошлом он был широко распространен среди восточнославянских народов. Ритуал включал приглашение домового из старого дома в новый и перенесение его в горшке с горящими углями или в лапте. Второй - бытовал среди подавляющей части вепсского этноса: при переселении в новый дом жильцы просили его "хозяина" пустить их на новое местожительство с помощью специального заклинания, например: "Хозяин, хозяйка, девочки, мальчики! Пустите меня в этот дом ночевать, помогите мне хорошо жить, легче жить, дайте много счастья, здоровья и всего хорошего". В основе отличия восточнославянской и вепсской обрядности при переходе в новый дом лежали разные взгляды народов на происхождение домового. Считается, что у восточных славян домовой - это предок данной семьи. У вепсов домовой и его жена - это бывшие духи-"хозяева" земли, на которой построили новый дом.
Большое значение животноводства в жизни вепсов оказало влияние на развитие мифоритуального комплекса, связанного с духами хлева. Он не только отделился от верований и обрядов, относящихся к домовому, но и в некоторых случаях перекрывал их. Даже при переходе в новый дом, совершая необходимые умилостивительные обряды по отношению к домашним духам, большее значение придавалось жертвоприношениям хлевнику, а не домовому. Встречаются антропоморфные и зооморфные описания хозяев хлева. Среди зооморфных описаний хлевника можно назвать крысу, лягушку, змею, у северных и шимозерских вепсов - ласку, которая из-за нелюбви к лошади поедает у нее шерсть на шее, любимой же лошади заплетает гриву в косы.
В целом, домашние духи были более благожелательными к людям, чем природные. По мере удаления от центра человеческого жилья вредоносность домашних духов повышалась.
По представлениям вепсов, посредниками между духами и людьми являлись колдуны, носившие название нойды. Колдуны были рядовыми общинниками, которым народ приписывал сверхъестественные способности (как вредоносные, так и позитивные) в управлении силами природы и людьми. Наряду с нойдами, еще в XY-XYI вв. среди вепсского крестьянского населения выделялся слой жрецов - арбуев, занимавшихся профессионально культовой деятельностью. Арбуи делали предсказания, давали имена новорожденным, освящали браки, руководили похоронами.