Резко сократили возможности использования морского транспорта в международной торговле изменения в геополитическом положении России, так как большая часть крупных и хорошо оснащенных морских портов Черноморского и Балтийского бассейнов отошла к другим государствам.
Сейчас в России расположены 216 перегрузочных комплексов сухогрузов и 26 - наливных судов, но после распада СССР страна осталась без комплексов по перевалке калийных солей, нефтяных грузов и сжиженного газа, без железнодорожных переправ в Германию и Болгарию.
Остался только один припортовый элеватор по приемке импортного зерна и один специализированный комплекс по приемке импортного сахара-сырца.
Вся морская акватория России поделена на 5 морских бассейнов, в которых осуществляется работа по перевозке грузов и пассажиров. К каждому из них тяготеют конкретные экономические районы.
Исторический фактор обусловил концентрацию основной работы морского транспорта бывшего СССР в крупных портах Черноморско-Азовского и Балтийского бассейнов: на их долю приходилось 2/3 всего грузооборота морского транспорта СССР. Переход под юрисдикцию других государств крупнейших портов - Одесского, Ильичевского, Рижского, Новоталлинского, Клайпедского, Вентспилсского и других - привел к тому, что мощность морских портов России только на 1/2 удовлетворяет собственные потребности.
Первое место в грузообороте перешло к Дальневосточному бассейну (46, 5% всех отправленных грузов в 1994 г. морским транспортом России), охватывающему значительную территорию Дальневосточного экономического района. В этом регионе морской транспорт для всего побережья от Берингового пролива до Владивостока является основным видом транспорта и выполняет малый и большой каботаж, а также международные перевозки.
Через порты Дальневосточного бассейна (Александровск-Сахалинский, Владивосток, Магадан, Находка, Охотск, Петропавловск-Камчатский, Провидения, Советская Гавань, Усть-Камчатск, Холмск, Южно-Сахалинск) осуществляются внешнеторговые связи со странами Тихоокеанского региона, а также обеспечиваются транспортно-экономические связи с прибрежными регионами Дальнего Востока. К наиболее крупным здесь относятся морские порты на берегу Японского моря: Владивосток, Находка, расположенный около нее новый порт Восточный с крупными угольным и лесным терминалами, а также порт Ванино на линии железнодорожной морской паромной переправы Ванино-Холмск (о. Сахалин).
На втором месте - Черноморско-Азовский бассейн (23, 7% отправленных грузов), занимающий выгодное географическое положение и имеющий выход в страны Европы и Ближнего Востока. К нему тяготеют часть территории Северо-Кавказского экономического района, ряд областей Центрального, Уральского и Поволжского экономических районов.
Через оставшиеся у России порты Черноморского бассейна (Азов, Ейск, Новороссийск, Таганрог, Сочи, Туапсе и др.) ведется в основном экспорт нефти. Здесь находится самый крупный по грузообороту в России нефтяной порт Новороссийск с глубоководным нефтепирсом «Шесха-рис», позволяющим обслуживать суда грузоподъемностью до 250 тыс. т. Меньшее значение имеет также нефтяной порт Туапсе. Реализация крупных нефтедобывающих проектов в Казахстане и Азербайджане, а также потребности России в экспорте сжиженного газа создали предпосылки для строительства на Черноморском побережье России ряда новых нефтяных и газовых портов и причалов. Предполагаются также развитие Таганрогского порта и строительство на Азовском побережье нового крупного морского порта.
Третье место занимает Северный бассейн (или бассейн Северного Ледовитого океана - 15, 0% отправленных грузов), перевозящий грузы четырёх прилегающих к нему экономических районов: Северного, Уральского, Западно-Сибирского и частично Восточно-Сибирского. Суда этого бассейна выполняют перевозки грузов для населения и предприятий всего побережья Крайнего Севера, т. е. осуществляют большой каботаж между такими арктическими портами, как Тикси, устьями рек Хатанги, Яны, Индигирки, Колымы и портом Певек.
В бассейне Северного Ледовитого океана выделяются два порта - Мурманск на побережье Баренцева моря и Архангельск в Белом море. На их долю приходится более половины грузооборота всего бассейна. Архангельск - специализированный лесоэкспортный порт России. Мурманск - единственный незамерзающий порт России на севере.
Важное значение для обеспечения районов Крайнего Севера России имеют порты Диксон, Дудинка, Игарка, Тикси, Певек, расположенные на трассе Северного морского пути. В наиболее грузонапряженном западном секторе Севморпути (Мурманск-Дудинка) с помощью атомных ледоколов налажена круглогодичная навигация. На восточном участке (от Диксона до бухты Провидения) навигация ведется эпизодически.
Балтийский бассейн занимает примерно такое же место по отправлению грузов, как и бассейн Северного Ледовитого океана (14, 5%). К нему тяготеют Северо-Западный экономический район, а также ряд областей Волго-Вятского и Уральского экономических районов. Выход в этот бассейн областей Волго-Вятского и Уральского экономических районов обусловлен высокой развитостью промышленности и внешними связями ряда отраслей.
Основными морскими портами здесь являются: Балтийск, Выборг, Калининград и самый крупный и универсальный российский порт на Балтике - Санкт-Петербург. Меньший грузооборот имеет Калининградский порт. Однако его значение для обеспечения транспортных связей анклавной Калининградской области с основной территорией России трудно переоценить. Для обеспечения внешнеторговых транспортных связей России через Балтийское море около Санкт-Петербурга в Лужской губе запроектировано строительство нового крупного морского порта.
К Каспийскому бассейну (всего 0, 4% отправленных грузов) примыкают Северо-Кавказский и Поволжский экономические районы. Посредством судоходных рек и каналов он связан практически со всеми морскими бассейнами Европейской части России. Здесь действуют два относительно крупных порта: Махачкалинский и совмещенный морской и речной Астраханский. Возведена первая очередь глубоководного порта Оля. В связи с повышением уровня Каспийского моря в работе каспийских портов, особенно Махачкалинского, наблюдаются значительные трудности.
Очень нерациональна структура транспортного флота. Проблемы морского транспорта России требуют незамедлительного решения, так как оказывают большое влияние на экономическое положение в стране.
Россия обладает большой и разветвленной сетью речных путей и озер. Однако существенную роль он играет либо в тех регионах, где направления основных транспортно-экономических связей и речных путей совпадают (Волжско-Камский речной бассейн в европейской части России), либо в слабоосвоенных регионах с практически полным отсутствием альтернативных видов транспорта (Север и Северо-Восток страны).
В России насчитывается более 100 тыс. рек, имеющих общую протяжённость около 2, 5 млн. км, из них свыше 500 тыс. км пригодны для судоходства.
Различаются магистральные речные пути, обслуживающие международные связи, межрайонные, обеспечивающие перевозки грузов и людей между крупными районами внутри страны, и местные, обеспечивающие внутрирайонные связи.
Протяженность эксплуатируемых внутренних водных путей в России в последние десятилетия сокращается и в настоящее время составляет 89 тыс. км, также на речном транспорте постоянно сокращается средняя дальность перевозки 1 т груза и в настоящее время с учетом всех видов речных сообщений она составляет менее 200 км.
Внутренние судоходные водные пути относятся к разным речным бассейнам. Преобладающую часть грузовых перевозок и грузооборота выполняют пароходства трех воднотранспортных бассейнов: Волжско-Камского, Западно-Сибирского и Северо-Западного.
Большая часть оборота речного транспорта приходится на европейскую часть страны. Важнейшей транспортной речной магистралью здесь является Волги со своим притоком Камой. На севере европейской части России заметную роль играют Северная Двина, Онежское и Ладожское озера, реки Свирь и Нева. Большое значение для развития речного транспорта в стране имело создание единой глубоководной системы и строительство Беломоро-Балтийского, Волго-Балтийского, Московско-Волжского и Волго-Донского каналов. В связи с освоением природных ресурсов на востоке страны возрастает транспортное значение Оби, Иртыша, Енисея, Лены, Амура. Особенно заметна их роль в обеспечении районов пионерного освоения, где практически отсутствуют сухопутные транспортные магистрали. В настоящее время в связи с экономическим кризисом идет сокращение объемов перевозок грузов и пассажиров речным транспортом, протяженности внутренних водных судоходных путей, уменьшается количество причалов.
Волжско-Камский бассейн, обслуживающий экономически наиболее развитые и плотно заселенные районы европейской части России, - главный. На него приходится свыше 1/2 грузооборота всего речного транспорта страны. Подавляющая часть перевозок в этом бассейне осуществляется по Волге, Каме и каналу имени Москвы. Наиболее крупными портами бассейна являются: три московских (Южный, Западный и Северный), Нижегородский, Казанский, Самарский, Волгоградский и Астраханский.
На втором месте по объему выполняемой работы стоит Западно-Сибирский бассейн, включающий Обь с притоками. Здесь крупными портами выступают Новосибирск, Омск, Томск, Тобольск, Тюмень, Сургут, Уренгой, Лабытнанги.
Третьим по важности является воднотранспортный бассейн европейского Севера. Главной магистралью бассейна является Северная Двина с притоками Сухоной и Вычегдой. Ведущим портом бассейна выступает Архангельск.