В общем, к середине 2004 года система ГПТ Петрозаводска приобрела более-менее устоявшийся вид, с клубком проблем из недофинансирования, устаревшей конфигурацией автобусных и троллейбусных маршрутов, большим количеством «льготников», плохой урегулированностью графиков движения всех перевозчиков и многого другого.
В других населенных пунктах Карелии, охваченных городским пассажирским транспортом, ситуация складывалась немного по-другому. В части городов муниципальный транспорт исчез как таковой (например, Медвежьегорск), в других городах частные предприятия работают по договорам о предоставлении возможности социальных поездок льготным категориям пассажиров (Сортавала, Беломорск, Питкяранта), а где-то сохранилась прежняя система ГПТ, но в очень усеченном виде. В целом во всех городах снизилась интенсивность движения автобусов на городских маршрутах, резко сократилось и число маршрутов (Сегежа: 2 вместо 5, Сортавала: 3 вместо 5 и т.д.). Хорошо заметна тенденция развития частного маршрутного городского транспорта с привлечением автобусов особо малой вместимости (микроавтобусов), однако, по сравнению с Петрозаводском, процесс «маршрутизации» немного «запаздывает».
В пригородном сообщении, как и во всей системе транспорта, в период с 1991 по 2002 год наблюдается сильнейший кризис. Объем перевозок резко упал (прил. графики №2,3) и к 2001 году в Петрозаводском узле достиг уровня 1961 года по количеству рейсов в неделю. Все десять лет пригородный транспорт испытывал подъемы и падения из-за неурегулированности отношений администраций автопредприятий с администраций местного самоуправления, финансовыми органами, а также другими структурами. Свой вклад внесло и критическое состояние подвижного состава предприятий, не обновляемого десятками лет. Однако не смотря на тяжелое положение продолжилось развитие маршрутной сети: появляются маршруты Петрозаводск – Педасельга – 41-й км. и Петрозаводск – Новое Лососинное, усилилось сообщение на «дачных» маршрутах в Лучевое-1, 2, Косалму, Пиньгубу, Машезеро, Шапшезеро, Лососинное, Деревянку и др. Временно отменяются часть укороченных маршрутов (Ялгуба, Чална, Новая Вилга). Ввиду отсутствия необходимого количества автобусов у основного прежде перевозчика в пригороде Петрозаводска – а/к 1126, ГУП РК Карелавтотранс (автовокзал) привлекает к перевозкам транспорт других компаний, в количестве около 50 единиц различной вместимости. 2003, а особенно 2004 год характерен тем, что в пригородном сообщении наблюдается «бум» развития коммерческих (бездотационных) перевозок в основном за счет микроавтобусов. Все же такая ситуация складывается лишь в некоторых частях республики. В части районов частный транспорт не занял весомое положение на рынке перевозок, поскольку этого транспорта попросту нет или предприятия находятся в зачаточном состоянии и не способны обеспечить надежное сообщение.
Перевозки в дальнем пригороде сократились на много сильнее – отменены ряд маршрутов и уменьшено количество рейсов на оставшихся. Это произошло ввиду убыточности данного вида перевозок и отсутствия возможности у администраций Пряжинского района и Вепсской волости возмещать убытки по перевозке льготников поскольку именно в эти районы РК производится данный вид перевозок. Как результат – отмена маршрутов в Рыбреку, Другую Реку, Кварцитный и введение одного маршрута Петрозаводск – Кварцитный – Каскесручей, совершавшего всего один рейс в день. Только в 2001 – 2002 году были введены дополнительные рейсы в Каскесручей и Шелтозеро. На маршрутах, идущих в населенные пункты Пряжинского района количество рейсов было доведено до минимума, а маршруты в Савиново, Сяргилахту, Эссойлу, Соддер, Малую Суну и Крошнозеро были отменены, причем, если Савиново, Эссойла и Крошнозеро сохраняли связь с Петрозаводском и другими поселениями за счет проходящих автобусов, то остальные деревни не имеют другой регулярной транспортной связи. По тем же причинам отменены рейсы в Кондопожский, Суоярвский и Олонецкий районы, где связь с Петрозаводском осуществляется только за счет проходящих собственно междугородных автобусов. Так отменены рейсы в Коткозеро, Интерпоселок, Верхний Олонец, Вешкелицу, Поросозеро, Нелгомозеро, Эльмус, Гирвас, Райгубу и Гомсельгу. Однако в Кондопожский район продолжают осуществляться перевозки на коммерческой основе (Спасская Губа, Марциальные Воды), в 2002 году введены рейсы до Юркострова и Поросозера. В этом же году в Пряжинском районе открыт маршрут на Соддер, прошедший из Петрозаводска через Пряжу, Крошнозеро, Эссойлу и Чалну (графики 1, 2, 4).
Об изменениях произошедших в междугородном сообщении можно сказать как об остальных перевозках – то увеличение, то уменьшение показателей перевозок и, следовательно, изменение количества маршрутов и рейсов: отменяется автобус в Беломорск, Волхов, Санкт – Петербург и Питкяранту. Однако увеличивается количество рейсов в Сегежу и Пудож, поскольку с сокращением перевозок водным и воздушным транспортом основная нагрузка легла на автобусное сообщение. В 2000 – 2004 гг. были возобновлены перевозки в Санкт-Петербург, Питкяранту, усилены маршруты на Пудож, Сегежу, Суоярви, Вознесенье и др. Увеличение рейсов в 2000 – 04 гг., хорошо видно на графиках 2, 4, а динамика изменения количества маршрутов прослеживается по графику 1. В 2003 – 04 гг. как в пригородном, а ранее и в городском сообщении наблюдается «всплеск» - резко увеличивается интенсивность движения на некоторых маршрутах (наиболее выгодные между крупными городами – Петрозаводск – Кондопога – Медвежьегорск – Сегежа и т.д.), возобновляются ранее закрытые маршруты (Беломорск – Костомукша, Петрозаводск – Беломорск, Петрозаводск – Кемь, Костомукша – Калевала и др.) и открываются новые маршруты (Петрозаводск – Калевала, Петрозаводск – Лахденпохья). Точно так же, как и в городском, как и в пригородном сообщении, рост обеспечивается за счет работы частных транспортных компаний, имеющих в основном автобусы малого и особо малого класса.
Железнодорожное сообщение менее всего пострадало в кризисные 90-е годы, однако и здесь произошли сокращения, выразившиеся в уменьшении количества вагонов в составе пригородных поездов и сокращении части рейсов, но в целом, положение осталось примерно на том же уровне и сохранены все маршруты. Причины сокращений те же, что и в автобусных перевозках, однако железнодорожные перевозки спасло то, что сохранилось единое предприятие в масштабах всей страны (чего не скажешь о других видах транспорта).
Авиационное сообщение во всей Республике менее чем за десять лет было практически полностью прервано. Сохранились лишь три местные линии: в Калевалу, Сортавала и Пудож через Кижи. Не стоит перечислять те же самые причины такого упадка, но здесь появляется еще одна причина, свойственная авиационным и водным перевозкам, - недоступность этих видов транспорта основной части населения из-за их высокой себестоимости. На 2002 год сохранилось лишь 6 водных линий, отправляющихся из Петрозаводска, вместо 20 ранее существовавших. Стоит сказать, что в планах единственного водного перевозчика АО БОП - вообще отказаться от пассажирских перевозок, как крайне убыточных и не являющихся основной работой этого предприятия.
В течение последнего десятилетия XX века единая система дальних авиационных перевозок через аэропорт «Бесовец» рухнула и в течение нескольких лет здесь периодически проходили одна – две воздушные линии. В начале 90-х финская компания «Finnair” организует ежедневные рейсы по маршруту Петрозаводск – Йоэнсуу – Хельсинки, однако через год, не смотря на достаточный пассажиропоток, международные рейсы прекращаются – Аэропорт, Министество Обороны и финны не смогли договориться. В 2001 году вводятся рейсы Москва – Петрозаводск – Кировск, которые вскоре тоже прекратились из-за малой рентабельности. В том же году открывается маршрут Череповец – Петрозаводск – Хельсинки, работающий до сих пор. В 2002 году возобновляются полеты в Архангельск, Москву, Анапу, Сочи, в планах авиакомпаний рейсы на Самару, Санкт-Петрбург и другие города России.