В 1965 году, когда на союзных линиях Аэрофлота были внедрены многоместные газотурбинные самолеты, Петрозаводск получил прямое воздушное сообщение с Москвой и Ленинградом, а через год – с Архангельском. В последующие годы было налажено регулярное авиасообщение с Ригой, Таллинном, Вологдой, Мурманском, Новгородом, Кировском, Никелем, Сыктывкаром, Витебском и другими городами. Здесь стоит упомянуть об одной особенности союзных линий, проходивших через Петрозаводск. Этой особенностью было то, что лишь малая часть рейсов выполнялась самолетами, приписанными к Петрозаводску, остальные рейсы – транзитные московских, ленинградских, новгородских, вологодских, прибалтийских и других предприятий Аэрофлота. Такая ситуация сложилась ввиду очень удобного географического положения аэропорта Бесовец относительно основных воздушных трасс северо-западной части СССР. Основные машины союзных линий ЯК – 40 и Ан - 24 не обладали достаточным запасом топлива, чтобы преодолевать расстояния от Ленинграда, Москвы и Вологды до Мурманска и Архангельска без промежуточных дозаправок. Это отражалось на увеличении времени полета между конечными пунктами, однако такая ситуация более удобна для пассажиров из Петрозаводска, поскольку за счет одного маршрута можно долететь в разные части страны. Еще одной особенностью «Бесовца» было то, что взлетно-посадочная полоса являлась полосой совместного базирования, т.е. с 20:00 до 8:00 все гражданские полеты прекращались, поскольку в это время «бетонка» переходила в распоряжение Министерства Обороны. Бывали случаи, когда в результате планов М.О. по учебно-тренировочным полетам, Петрозаводск «оставался без аэропорта» на 3 – 4 дня.
К началу 90-х взлетно-посадочная полоса главного и крупнейшего из аэропортов Карелии отслужила свой срок и требовался ее ремонт, с одновременной реконструкцией аэровокзального комплекса. Такие работы были запланированы на 1992 – 95 года, однако до сих пор не завершены.
В качестве под-итога можно сказать, что период с 1961 по 1991 год для системы пассажирского транспорта Петрозаводска и Карелии вообще, является периодом максимального развития. Поэтому можно сказать, что наблюдалась максимальная подвижность населения города, пригородов, Республики и страны вообще, что было обусловлено пиком развития экономики страны.
4.4 Период 1991 – 2004 гг
К 1991 году, как уже говорилось, транспортная система Карелии достигла своего наибольшего развития. Однако серьезные проблемы в экономике страны и Республики соответственно, уже давали о себе знать, начиная с 1988 года, что проявлялось в недопоставках запчастей и комплектующих для машин производства стран СЭВ, использующихся в пассажирском транспорте, перебоях с топливом и многом другом. С крахом государственной системы, отлаженных межбюджетных отношений и приватизацией, исчезли крупные предприятия-монополии в сфере пассажирского транспорта (уцелело только МПС).
Сильные изменения произошли в городском транспорте. Главный автоперевозчик в Петрозаводске - Автоколонна №1126 был выведен из единой структуры Карелтранса и переведен в муниципальную собственность. Такая же участь постигла большинство предприятий. Перебой с топливом, запчастями, недофинансирование затрат на многочисленные льготы пассажиров, задержки зарплаты и, как следствие, текучка кадров привели к резкому сокращению перевозок к 1995 году. Маршрутная сеть с 185 км. (1991г.) сокращается до 80 (1995г.). Отменяются некогда популярные маршруты №2, 3, 4, 7, 10, 12, 16а, значительно укорачиваются маршруты №1, 8 и 16. На большинстве маршрутов отменяется часть остановок. Вводятся укороченные маршруты №3а, 4а и 6. В то же время маршрут №5 продлевается до Сулажгоры, а №9 до Древлянки. При таких изменениях в автобусном транспорте города основная часть пассажиропотока легла на троллейбусы. Именно с этого периода троллейбусный транспорт в городе приобретает главнейшую роль и имеет значение, сравнимое со значимостью метрополитена в Москве или Петербурге, поскольку отныне вся транспортная система города стала представлять из себя «каркас» из троллейбусных маршрутов и отходящие от узловых остановок (пл. Гагарина, ул. Мурманская, ДСК и ул. Куйбышева) короткие автобусные линии в Соломенное, Сулажгору, 5-й поселок, на Древлянку, Радиозавод и Ключевую – районы, куда троллейбусные маршруты еще не проведены. Естественно, такие изменения не могли не сказаться на удобстве передвижения по городу – чтобы добраться, например, из Сулажгоры на Кукковку нужно было сделать две пересадки. Поэтому часть горожан предпочла отказаться от услуг транспорта и преодолевали расстояния пешком, тем более, что внутри некоторых районов города нормального пассажирского сообщения не существовало (например Октябрьский проспект). Троллейбусы испытывали невиданные перегрузки и любой срыв в графике движения был подобен катастрофе в масштабах города, поскольку альтернативы не существовало. Таксопарк был приватизирован и вскоре обанкротился, поэтому ни такси, ни маршрутных такси в городе практически не было, следовательно, в случаях забастовок рабочих муниципальных транспортных предприятий (что бывало довольно часто), жизнь в городе практически останавливалась. Не смотря на все проблемы троллейбусный транспорт Петрозаводска продолжал развитие, и в июне 1995 года введен в строй маршрут №6 сообщением ул. Ключевая – пр. Ленина, который сильно облегчил проблему связи одного из крупнейших районов города с центром. Еще через два года старейший и самый длинный маршрут троллейбуса №1 «ст. Товарная – пл. Гагарина .- з-д «Авангард» разделен на два: №1 «пл. Гагарина – пл. Кирова – ул. Кемская» и №7 «пл. Гагарина – пр. Первомайский – ст. Товарная». Таким образом, новый маршрут №1 был продлен до конца микрорайона Ключевая – ул. Кемской и практически решил транспортную проблему Ключевой на тот период. Одновременно был отменен маршрут автобуса №8, ранее связывавший этот район города с центром.
Стоит сказать, что к 1996 году в городе появляются частные перевозчики, имеющие разные марки автобусов и микроавтобусов, которые без всякого расписания или графика работали на самых напряженных автобусных маршрутах №6, 8 и 16. Естественно «частники» не перевозили льготные категории пассажиров, которые оставались ждать муниципального автобуса. Проблема льготников как никогда остро встала в этот период, поскольку возмещения затрат муниципальных предприятий на их перевозку не происходило на протяжении нескольких лет. Были неоднократные попытки введения коммерческих рейсов автобусов Автоколонны, однако все они не увенчались успехом. Тем не менее в 1997 году было решено расширить маршрутную сеть городских автобусов и вскоре, после покупки партии автобусов было возобновлено движение на маршруте №4: Соломенное – Автовокзал, который вновь связал Соломенное, Пески и Октябрьский проспект с основной частью города. В октябре того же года был введен маршрут №1, сообщением Древлянка – Кукковка – Ключевая, напрямую связавший три района. Автобаза «Турист» организует коммерческий маршрут Древлянка – Кукковка – пл. Кирова. Вскоре появляется муниципальный автобусный кольцевой маршрут №2, который прошел с Кукковки по Комсомольскому пр. пл. Гагарина, пр. Ленина, пл. Кирова, ул. Правды обратно на Кукковку; так маршрут работал в утренний час «пик», а вечером – в обратную сторону. Можно сказать, что маршрут хорошо показывал маятниковость пассажиропотока между Кукковкой и центром города. Вскоре был продлен автобус №3 до пл. Гагарина, №6 до пл. Кирова, а маршрут №4 через всю Перевалку до конца ул. Чапаева. В 1998 году, в результате обследования пассажиропотоков на троллейбусных маршрутах выяснились недочеты в их конфигурации и, в августе, после реконструкции конечной станции на ул. Лыжной, изменяется маршрут №5, который теперь шел с ул. Лыжной через пл. Гагарина, пр. Первомайский до Товарной станции и обратно (до этого: Товарная – Первомайский – Московская – Варкауса – Ленина – Гагарина – Ровио) одновременно отменяется маршрут №7, за год существования показавший свою малую эффективность. Таким образом с Кукковкой установлено более прочное транспортное сообщение, однако ухудшилось сообщение с Октябрьским проспектом. Вскоре был отменен автобус №2, а №4 продлен до Древлянки. В итоге к началу 1999 года основа нынешней системы пассажирского транспорта в городе приобретает более-менее постоянный вид.
1998 - 99 гг. характарены тем, что начинается активное развитие коммерческого пассажирского транспорта, причем перевозки уже начинают осуществляться по определенным расписаниям и не только на существующих автобусных и троллейбусных маршрутах – коммерческие автобусы и микроавтобусы идут по ранее закрытым автобусным и собственным, вновь открываемым маршрутам. Так возобновляются маршруты №2, 7, 10, открываются новые: №4а, 5а, 5т, 6а, 6т, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 21, 21а, 25 и 30. Маршруты возникали на самых напряженных и наиболее востребованных участках, отчасти покрывая потребности пассажиропотоков. Возобновляются ранее нарушенные прямые межрайонные связи, образуются новые, большой пассажиропоток, дефицит и плохая работа муниципального транспорта позволяют в течении нескольких лет бурно развиваться коммерческим перевозкам. Появляются крупные компании «Автолайн», «Автопассаж», «Автоник», Ассоциация Пассажирских Перевозок, Лига частного транспорта Карелии, Ч.П. Воронин, Ч.П. Романова, Ч.П. Немыкин, «Транслайн», «Петролайн», «Лерон» «Пассажиравтотранс» и другие, которые, в отличие от фирм середины 90-х, уже настроены на долговременную работу на Петрозаводском рынке транспортных услуг, заинтересованные не только в получении прибыли, но и в улучшении условий жизни в городе. С 1999 года начинает проявляться особенность Петрозаводского коммерческого автотранспорта – преобладание микроавтобусов над автобусами ПАЗ, КавЗ, Скания и др., для которых большая часть городских маршрутов оказалась не столь выгодной, как пригородное сообщение. В 2001 - 2003 году в городе проходит новый «пик» маршруток - появляется еще несколько новых маршрутов: №4б, 8, 24, 25, 26, 31, 3т(33), 36, 40, 41(6а), 44, 45, 46, 48, 55, 61, 71, 72, 74. В 2001 году был отменен автобус №11, поскольку конфигурация этого очень короткого маршрута и его интервал движения уже не отвечали запросам платежеспособных пассажиров, которые предпочитали пользоваться услугами 10-й маршрутки. В том же году был открыт автобус №9а, прошедший с Древлянки до военного городка №2, что на Шуйском шоссе, на время решвший проблему транспорта в этом районе города, охваченном только пригородным транспортом. Из-за слишком большого интервала движения маршрут не выдержал конкуренции и был закрыт в 2003 году. Были попытки возродить его, путем привлечения частного автотранспорта, сокращения интервалов движения и продления в 1,5-тысячный поселок Мелиоративный Прионежского района, однако этому помешал ряд административных барьеров. В сфере организации движения ГПТ в городе в 2002 году было создано муниципальное предприятие «Единая Диспетчерская Станция» на базе городской автоколонны (МУП А/к 1126 плюс), однако просуществовало оно не долго по различным причинам административного и экономического характера.