При виникненні суперечностей відносно визначення митної вартості необхідно провести вартісну оцінку товару у відділі тарифів та вартості, які функціонують при кожній митниці. При цьому необхідно надати такі документи: копію вантажної митної декларації; пакет усіх необхідних документів, які надавалися до митного оформлення; технічна документація, сертифікати якості, відповідності та інші документи, які надають найбільш повну інформацію щодо назви та якості товару; за наявності — висновок товарної експертизи організації, яка уповноважена Держмитслужбою України здійснювати цінову експертизу товару; прайс-листи виробника та продавця товару; інша додаткова цінова інформація.
Інформація, надана декларантом і визнана такою, що становить комерційну таємницю чи є конфіденційною, може використовуватися митним органом виключно для митних цілей і не може розголошуватися, передаватися третім особам, включаючи інші органи державної влади, без спеціального дозволу декларанта, за винятком випадків, передбачених законами України. За розголошення інформації, що становить комерційну таємницю або є конфіденційною, посадові особи митних органів несуть відповідальність згідно з законодавством.
Для проведення контролю й остаточного підтвердження заявлених митному органові даних у ряді випадків виникає необхідність другого етапу — зовнішня перевірка експортно-імпортних операцій безпосередньо на підприємстві — учасникові зовнішньоекономічної діяльності за даними його бухгалтерського обліку і комерційної документації. Саме цей етап митного контролю дає змогу виявити необхідні деталі зовнішньоторговельних операцій, інформацію про які неможливо одержати або перевірити на етапі митного оформлення, а урахування їх дає можливість правильно визначити митну вартість.
Найчастіше порушення, пов'язані з визначенням чи заявою митної вартості, підпадають під статті Митного кодексу України: ст. 340 «Недекларування товарів, транспортних засобів», ст. 354 «Використання предметів, щодо яких надано пільги щодо сплати податків та зборів, у інших цілях»; ст. 355 «Дії, спрямовані на неправомірне звільнення від сплати податків і зборів або зменшення їх розміру».
Якщо внаслідок митного контролю виявлені помилки у визначенні чи заяві митним органам даних з митної вартості товарів, то, відповідно до Митного кодексу України, це класифікується як порушення митних правил і тягне за собою застосування відповідних штрафних санкцій із стягненням у законодавчому порядку несплачених митних платежів, а також накладення штрафу, розмір якого буде визначатися відповідно до статті Митного кодексу України.
Для того щоб передати товар у користування декларантові під забезпечення сплати митних платежів до встановлення остаточного розміру митної вартості, розроблена процедура тимчасової митної оцінки, введено форму коригування митної вартості.
Спеціальними нормативними актами Державної митної служби України регламентовано особливості визначення, заяви і контролю митної вартості відносно:
а) окремих видів, груп товарів;
б) окремих митних режимів;
в) організації робіт щодо контролю митної вартості митними органами, регламентації функції контролю митної вартості, виконуваних митними органами різноманітних рівнів, порядку ведення баз даних і подання звітності, правил використання цінової інформації для цілей митного контролю і проведення митної оцінки та ін.