Согласно приказа №5 от 13.01.1993 года Усть-Каменогорская таможня преобразована в Восточную региональную таможню Главного Таможенного управления Министерства финансов Республики Казахстан с подчинением Семипалатинской таможни с зоной деятельности по территории Семипалатинской области. Начиная с января 1994 года таможня получила статус Таможенного управления по Семипалатинской области.
С образованием Восточно-Казахстанской области и согласно приказа Государственного Таможенного комитета Республики Казахстан за №123-П от 12.05.1997 года "О ликвидации таможенного управления по Семипалатинской области" Таможенное управление по Семипалатинской области упразднено, на базе которого создана таможня "Семей" со штатной численностью 160 единиц - самостоятельное структурное подразделение Государственного таможенного комитета [30].
Согласно приказа Таможенного комитета РК за №171-П от 09.09.1998 года таможня "Семей" входит в оперативное подчинение Таможенному управлению по Восточно-Казахстанской области. Приказом Таможенного комитета Министерства государственных доходов Республики Казахстан (ТК МГД РК) от 07.05.1999 года №133-П таможня "Семей" ликвидирована. На базе ликвидированной таможни "Семей" создан таможенный пост "Семей".
Постановлением Правительства Республики Казахстан №688 от 24 июня 2002 года и приказа ТК МГД РК №42 от 10.07.2002 года сегодня вновь создана таможня "Семей" с оперативным подчинением ТУ по ВКО, которому она подчинена и подконтрольна. На сегодняшний день штатная численность таможни "Семей" составляет 188 человек. В данное время в состав таможни "Семей" входят: 5 приграничных с Российской Федерацией таможенных постов. Это таможенные посты "Ауыл", "Байтанат", "Коянбай" (в бывшем "Бозтал"), "Железнодорожный", "Жезкент", из них 4 автоперехода и один железнодорожный переход [25, с.15].
Зоной деятельности таможни "Семей" является территория общей площадью 44,3 тыс. м2, с населением более 368,2 тыс. человек. Протяженность таможенной границы с Российской Федерацией составляет 407 км.
Город Семипалатинск находится на пересечении железнодорожных, автомобильных магистралей, связывающих Китай, Среднеазиатские республики, юг Казахстан с регионами Западной Сибири Российской Федерации, по которым активно осуществляется внешнеэкономическая деятельность города.
Немаловажную роль играет тот фактор, что через г. Семипалатинск пролегают важнейшие международные железнодорожные и автомобильные магистрали.
Таможенный пост "Железнодорожный" начал свою работу с 15 января 1999 года. Первоначально таможенный пост дислоцировался на станции Шемонаиха Алматинской железной дороги в 18 км от границы с Российской Федерацией и в 120 км от Главного таможенного управления по ВКО. С августа 1999 года таможенный пост дислоцировался в г. Семипалатинск, с апреля 2002 года - на станцию Ауыл. На таможенном посту "Железнодорожный" имеется один железнодорожный переход - станция Локоть. На таможенном посту "Железнодорожный" производится таможенное оформление: товаров, перемещаемых физическими лицами в пассажирских составах - на станции Ауыл, грузовых составов по процедуре ВТТ - на станции Локоть [29].
Таможенный пост "Железнодорожный" расположен непосредственно возле железнодорожной магистрали, по которой происходит перемещение большого числа объема грузового и пассажирского потока. Основной массой перемещаемого в РФ товара являются товары народного потребления производства КНР, импорт в РК составляют в основном продукты питания. Так как железная дорога проходящая через таможенный пост "Железнодорожный" связывает страны Средней Азии и Российскую Федерацию, криминогенная обстановка на данном участке остается сложной, о чем говорит количество выявленных фактов контрабанды всего 3 за 2007 год, что составляет 30% от общего количества.
После объявления Казахстаном независимости были приняты радикальные меры по либерализации внешнеэкономических связей: все производители независимо от формы собственности получили право самостоятельного выхода на внешний рынок. Возникла объективная необходимость в создании нового механизма таможенного контроля и расширения сети таможенных учреждений. Рост числа участников внешнеторгового оборота создал такие перегрузки в работе приграничных таможен, что они оказались просто не в состоянии справляться с возложенными на них функциями. Для нормализации ситуации необходимо было срочно разгрузить приграничные таможенные пункты и перенести зоны таможенного контроля вглубь страны.
Создание внутренних таможенных органов имело целью не только разгрузить приграничные пункты. Приближение учреждений таможенного контроля непосредственно к товаропроизводителям, к объектам промышленной инфраструктуры позволяет значительно повысить эффективность их деятельности. Формирование внутренних таможенных органов способствует решению многих важных задач. Во-первых, заблаговременное выполнение основных таможенных формальностей в пределах внутренних зон контроля значительно сокращает время прохождения досмотра на границе. Во-вторых, именно внутренние таможни и таможенные посты в наибольшей степени содействуют развитию внешнеэкономических связей региона.
Расположение таможен и таможенных постов определяется в первую очередь потребностями внешнеэкономического оборота. Зоны их деятельности могут не совпадать с границами административно-территориальных формирований. Максимально допустимой по размеру зоной деятельности таможни является одно административно-территориальное образование (район, область и т.д.). Таможни также должны располагаться на всех крупных транспортных объектах: железнодорожных узлах, морских портах, аэропортах.
Таможенный пост представляет собой структурный элемент таможни, территориально удаленный от нее в целях более эффективного осуществления функции таможенного контроля. В отличие от таможни таможенный пост не является юридическим лицом. Зоной деятельности поста, попадающего под юрисдикцию той таможни, которой он подчинятся, являются один - два района области, объекты транспортной инфраструктуры (небольшие речные порты, аэропорты, железнодорожные станции). Как правило, таможенные посты создают вдоль государственной границы почти в каждом пункте перехода [29].
За 2006 год таможня "Семей" в доход республиканского бюджета перечислила таможенных платежей и налогов в сумме 2 млрд.106 млн. тенге, а по итогам 2007 года в бюджет РК поступило таможенных платежей и налогов в сумме 2 млрд.334 млн. тенге, по сравнению с показателями 2006 года взыскано на 228 млн. тенге больше, прирост составил 11%. Доля таможенных платежей и налогов в общей сумме налоговых поступлений государственного бюджета по ДТК по ВКО за 2007 год составила 24% [29].
По итогам 2007 года плановое задание по видам таможенных платежей и налогов исполнено (Приложение 1):
по таможенным сборам (102% (647444 тенге), в 2006 году данный показатель составил 65085,5 тенге);
по импортной пошлине (101% (210940,79 тенге), в 2006 году - 105418,2 тенге);
по акцизам (112% (18864,347 тенге), в 2006 году - 2358 тенге)
Сильно возрос процент оформления контроля доставки товаров в 2007 году, но мы также видим несоответствующий, но незначительный процент подтверждения данных документов. На период 2005 и 2006 годов приходится равное количество оформленных и подтвержденных документов. Данная тенденция говорит о том, что на период 2007 года сильно возрос товарооборот страны, которое естественно является плюсом для экономики нашего государства. А также наблюдается оперативность работы отдела контроля доставки товаров [27, с.35].
В 2007 году количество грузов из Республики Казахстана уменьшился на 11113, если в 2006 году данный показатель составлял 42528, то в 2007 - 31415, но возрос приток количества ввезенных товаров на 51550, так если в 2006 году он составлял - 88226, то в 2007 - 139776. Высокий же уровень вывоза товаров из страны приходится на 2005 год (Приложение 2). И в том и другом случае количество ввезенных товаров превышает количества грузов проследовавших через границу РК из Казахстана. И по поводу этого государством проводится политика по ограничению ввоза товаров на определенные виды продукции [19, с.25].
Количество физических лиц пропущенных через таможенную границу РК и из Казахстана в 2007 году возросло по сравнению с 2006 годом на 104 и составило 311657. Также высокое число пропущенных физических лиц в Казахстан приходится на 2007 год и составляет 274355 (Приложение 3). Это говорит о том, что деловая активность физических лиц возросла.
В связи с применением новых методов таможенных служб, такие как пломбирование, установление сроков, перемещения транзитов товаров по личной базе таможенных органов снизилось сопровождения товаров. Это говорит о доверительном характере между участниками ВЭД и таможенными органами. Основной группой товаров, ввозимых на таможенную территорию РК в зоне деятельности таможни "Семей" явились: продукция мукомольно-крупяной промышленности, продукты питания, продукты переработки овощей, плодов, фруктов, химические реагенты и компоненты, используемые в кожевенной, горнодобывающей, легкой промышленности, строительный материал, полимеры, резинотехнические изделия, каучук, древесина, бумажно-тарная продукция, промышленное оборудование. В 2007 году по таможне "Семей" оформлено ГТД - 6328, в 2006 году данный показатель составил 5930, в 2005 году соответственно 7432 [29].