В окремих випадках певні державні території можуть бути виключені з митної території, наприклад, при функціонуванні вільних економічних зон, чи навпаки, включені до меж митної території (при створенні митних союзів).
Митний кордон у межах міжнародних інтеграційних економічних об'єднань у системі держав визначається самими державами, ґрунтуючись на національному праві та міжнародних договорах і угодах. У межах територіальної дії митних служб окремих правових систем, наприклад, у зоні ЄС, має місце розмежування даної зони на митні райони, в яких здійснюються загальні і специфічні повноваження митних служб.
Час функціонування митної системи України можна розділити на два періоди. Перший визначається терміном з 1991 до 1996 року, другий з 1997 до теперішнього часу.
На першому етапі головним завданням стало формування митної системи України загалом. При цьому становлення митної системи було пов'язане з конкретними політичними, економічними, соціальними явищами та передумовами функціонування, зумовленими процесом створення української державності, трансформуванням економічної системи, характером здійснення зовнішньоекономічної діяльності.
Даний етап характеризується концептуальним обґрунтуванням ролі митної системи в зовнішньоекономічній політиці України, законодавчим відпрацюванням питань митної політики ^конкретною реалізацією цих правових норм на практиці, з урахуванням специфіки організації митної системи і функціонування її в умовах зміни економічної парадигми.
До 1992 р. митно-тарифна система нараховувала 26 митниць (на яких працювало близько 2,5 тис. осіб), які безпосередньо підпорядковувались союзним органам. У 1992 р. у структурі митної системи вже функціонувало 65 митниць, які підпорядковувались Митному комітету України. До 1995 р. було сформовано правову базу регулювання митно-тарифних відносин й практично вироблено організаційну структуру митної системи, до якої входили 8 територіальних управлінь, 79 митниць, 243 митних пости (близько 20 тис. осіб).
Основними завданнями другого етапу стали: уніфікація національного митного законодавства з міжнародними правовими нормами; відпрацювання механізму митного оподаткування, митного контролю і митного оформлення; реформування організаційної структури митної системи.
Збільшення кількості суб'єктів зовнішньоекономічної діяльності, підвищення їхньої активності на зовнішньому ринку призвело до необхідності вдосконалення структури митної системи. З 1996 р. було принципово змінено схему управління митними органами, ліквідовано територіальні митні управління, зменшено кількість митниць. Регіональні митниці поєднували функції оперативних і координуючих органів у регіоні. На початок 2000 р. структура митної системи України складалась з центрального апарату, 10 регіональних митниць, 46 митниць, 187 митних постів, 12 спеціалізованих митних установ та організацій. Близько 19 тисяч митників забезпечують митний контроль на 74 автомобільних, 36 авіаційних, 40 морських та річкових, 4 паромних пропускних пунктах, через які щоденно перетинають митний кордон 160-180 тис. громадян та близько 40 тис. одиниць різних видів транспорту.
Система митних органів України не залишається сталою, а перебуває в постійній динаміці, оскільки за результатами своєї діяльності постійно реформується відповідно до сучасної промислової та транспортної інфраструктури України, актуальних товарних та транспортних товаропотоків.
Отже, митна система України - це єдина загальна система, яка складається з митних органів та спеціалізованих митних установ і організацій. У свою чергу, основу митних органів становить: Центральний апарат Державної митної служби України; регіональні митниці; митниці; митні пости.
З точки зору масштабів територіальної діяльності, система митних органів поділяється на два рівні:
до першої належить Державна митна служба України, яка здійснює свою діяльність на всій території України;
до другої - всі інші митні органи, які здійснюють свою діяльність на території підвідомчого регіону.
Центральний апарат здійснює загальне керівництво митною системою України відповідно до законодавства. Він спрямовує, координує та контролює діяльність митних органів, спеціалізованих митних установ та організацій щодо законодавства України з питань митної справи, (див. Сх.1.4 3)
Регіональні митниці виконують роль регіональних митних органів, здійснюючи комплексний контроль за дотриманням законодавства з митної справи в межах своєї компетенції на території закріпленого за нею регіону, при цьому забезпечуючи керівництво і координацію митницею. Хоча регіональна митниця і є складовою єдиної системи Державної митної служби України, але вона є самостійною юридичною особою.
Митниця - це державний орган, який здійснює захист економічних інтересів України, забезпечує виконання законодавства з митних питань, а також справляння мита, митних зборів та інших митних платежів і є самостійною юридичною особою, яка здійснює свою діяльність в межах регіону (території), що визначається регіональною митницею за погодженням з Державною митною службою України.
Створення, реорганізація та ліквідація митниць здійснюється ДМСУ. Структуру, граничну чисельність і фонд оплати праці працівників митниці затверджує голова Державної митної служби України за поданням регіональної митниці. Митниця підпорядковується регіональній митниці, але в окремих випадках і безпосередньо ДМСУ (див. Сх.1.4 4).
Для забезпечення виконання регіональними митницями та митницями певних функціональних завдань у складі митниці в пунктах пропуску через митний кордон України та інших об'єктах із значним обсягом зовнішньоекономічних операцій, як правило, створюються митні пости на правах структурного підрозділу митниці. При цьому митний пост є митним підрозділом, який безпосередньо здійснює митний контроль та оформлення транспортних засобів і товарів, які переміщуються через митний кордон.
Митні пости створюються у міру необхідності з урахуванням адміністративно-територіального поділу, географічного положення району, а також на залізничних станціях, автомагістралях, в аеропортах, морських і річкових портах. Створення, реорганізація та ліквідація митних постів здійснюється Державною митною службою України за поданням регіональної митниці.
Особливу роль у системі митного регулювання повинні виконувати митні лабораторії. З огляду на те, що збільшується кількість суб'єктів зовнішньоекономічної діяльності, а відповідно й обсяги зовнішньоторговельних операцій, виникають суперечливі ситуації між митними органами та суб'єктами господарювання:, особливо щодо митного оподаткування. Розв'язання даних проблем, серед яких особливе місце посідають питання визначення митної вартості чи класифікації товарів відповідно до товарної номенклатури зовнішньоекономічної діяльності, можливе тільки за кваліфікованої експертизи переміщуваних товарів, яка матиме місце тільки при створенні розгалуженої системи митних лабораторій.
Залежно від територіального розміщення митниці і митні пости поділяються на прикордонні (зовнішні) й внутрішні. Це пов'язано як з маршрутами переміщення товарів, рухом пасажиропотоків, так і з місцями концентрації суб'єктів зовнішньоекономічної діяльності. До прикордонних належать митниці або їх підрозділи, які розміщені:
а) на митному кордоні, що збігається з державним кордоном, у пунктах пропуску на державному кордоні, через які здійснюється залізничне, автомобільне, морське, річкове, повітряне та інше сполучення, а також в інших районах митної території України;
б) у пунктах, розміщених на митному кордоні там, де він збігається з межами спеціальних митних зон, а також на території спеціальних митних зон.
Вони переважно фіксують проходження товарів через кордон та інформують про це внутрішню митницю, а також здійснюють митний контроль пасажиропотоку.
До внутрішніх належать митниці й їхні підрозділи, які розміщені в місцях концентрації суб'єктів зовнішньоекономічної діяльності на митній території країни. Вони здійснюють митне оформлення товарів і контроль за їх доставкою, збори митних платежів та інші митні процедури безпосередньо на місцях.
Зазначена диференціація в організації і функціонуванні митниць та їхніх підрозділів має свої переваги, але разом з тим існує ціла низка проблем організаційного й управлінського характеру. Функціонування системи зовнішніх і внутрішніх митниць дало змогу зняти напругу з митних постів, які знаходяться на кордоні, і значно прискорити процес переміщення через митний кордон, але виникли проблеми доставки товарів на внутрішні митниці, застосування митного режиму "транзит".
У комплексі напрямів і засобів розв'язання цих проблем головним є вдосконалення організаційних і управлінських механізмів взаємодії митних органів на всьому маршруті руху товарів. На першому етапі формування митної системи в Україні основними органами в ній були зовнішні митниці, на другому - підвищується значення внутрішніх митниць. На нашу думку, нинішній етап розвитку митної системи України потребує створення ще однієї ланки в цьому ланцюгу - мобільних митних груп. Основна мета їх створення - це митний контроль на етапі проходження вантажу між зовнішньою та внутрішньою митницею. Це надасть можливість не тільки розв'язувати проблеми порушення митних правил, а й забезпечити ефективну роботу митних органів у боротьбі з контрабандою.
З метою забезпечення ефективної діяльності митних органів при Державній митній службі України можуть створюватися спеціалізовані управління та організації для декларування, зберігання та реалізації митних вантажів, забезпечення технічними засобами контролю, а також будівельні та господарські служби, інформаційно-аналітичні центри, кінологічні служби, заклади освіти з підготовки та перепідготовки кадрів, консультаційно-інформаційні пункти.