Механізм дії митного тарифу мав певні особливості, а саме:, прийнятий митний тариф 1891 р. вважався мінімальним. Як доповнення до нього, шляхом додатків створювався максимальний тариф. В 1893 р. даний механізм був зафіксований в Законі "Про подвійний митний тариф". Відповідно до даного законодавчого акту, товари із країн, які відмовили Росії в наданні пільгових умов для ввезення чи транзиту товарів, оподатковувались митом, яке на 15-20% перевищувало звичайні ставки.
Все це призвело до того, що наприкінці XIX століття митні платежі займали друге місце в непрямих прибутках держави. Якщо прямі податки в 1897 році становили 101,4 млн. руб., то непрямі - 596,4 млн. руб. При цьому надходження мали наступну структуру. Найбільшою статтею доходної частини державного бюджету був акциз на алкоголь 280,1 млн. руб., який був на 50% більше, ніж прямі податки, іншими складовими акцизного збору були: цукровий - 55,5 млн. руб., нафтовий - 22,8: тютюновий - 35,3; сірниковий - 7,1 млн. руб. Друге місце займали митні податки - 195,6 млн. руб.
Головними предметами митного оподаткування були: чай - 28,1 млн. руб.; бавовна - 24,1 млн. руб.; машини - 91 млн. руб.; вина - 4 млн. руб.; вовна - 3,2 млн. руб.; фрукти - 3,1 млн. руб.; риба - 2 млн. руб.
Серед непрямих податків митний податок займав перше місце після акцизу на алкоголь, у той час як останній указ з 34,5% у 1884 року до 25,7% у 1894 році. Державні прибутки в Російській імперії збільшилися за 11 років із 706 266 до 1 155 786 тисяч руб., тобто на 63,3%, непрямі податки - на 205 090 тисяч руб. (54,5%), митний прибуток - 84 148 тисяч руб. (84,4%).
У першому десятилітті XX століття намітилася депресія в промисловому виробництві, але з 1909 року Російська імперія вступила в смугу промислового підйому. Це позначилося на організації митної справи, головним завданням якої як і раніше залишалася реалізація фіскальної функції.
Митний тариф 1903 року, який почав діяти в 1906 році, був ще більш протекціоністським, але в перші ж роки його існування багато статей цього тарифу були скасовані або замінені.
Збільшення експорту в період 1900-1913 років на 212% позначилося і на рості митних прибутків. Якщо в 1893-1897 роках загальна сума прибутків складала щорічно 174 мільйона руб., у 1898-1902 роках-218 мільйонів, у 1903-1907 роках - 239 мільйонів, у 1908-1912 роках - 306 мільйонів, то в 1913 році - 370 мільйонів руб.