На рубеже XV-XVI в. "дворцовые" дьяки отделились от "великокняжеских"и образовали дворцовое управление, переводившееся в состав казны. В него входили центральные финансовые подразделения. По дворцовому управлению (самостоятельное ведомство) проходил сбор оброчных денег, закупка у русских и иностранных товаров и т.д.. Казна контролировала многочисленные источники бюджетных поступлении: от эксплуатации частно владельческих и черных земель, казенных промышленностей и торговли, чеканки монет, таможенной деятельности (сбор торговых и проездных пошлин), здачи на откуп пятенной и амбарной пошлины и т.д. Здесь щадили сборщиков дани, откупщиков тамги, гостей, купцов гостиной и суконной сотен, торговых людей, сюда поступали судебные пошлины и штрафные деньги. Государевы вотчинники, городовые приказчики, дальщики, пошленники, таможенники, сдавали в казну собранные деньги, требуя взамен расписки с указанием вида, и размера вносимых платежей. Особенно казначеем и дьякам великого князя обязаны были в первую очередь являть свои привозные товары иностранные купцы.
В первой половине XVI в. возник Приказ Большого дворца (упоминается 1547 г.), ведавший всеми дворцовыми имениями и монастырскими землями, а также ему были подчинены 36 городов с их уездами и множеством волостей и сел разных городов. В управление дворцов включался и сбор от сдачи отдельным лицам в оброк великокняжеских кабаков, таможен, мельниц, рыбных промыслов.
1554-1555 г.г. из состава казны выделился Приказ Большого прихода (упоминается 1573г.). Ставший вскоре главным финансовым органом государства он осуществляет управление таможенным делом, ведал Московскую Большую таможню, наблюдал за правильностью мер и весов на всей территории Русского государства, отвечал за поступлением таможенных пошлин, мытов, переводов, мостовщин, денег ямских пищальных и приметных доходов, с гостиных дворов, лавок, погребов, ведал городовое, засечное и ямчужное дело, выступал в роли судебной инстанции при столкновениях таможенников и откупщиков с населением и т.д. Этот приказ отвечал не только за косвенные налоги.
От Большого Прихода отделились Новая четверть, Большая таможня, Померная изба, Мытная изба и др., составив особые ведомства. В 1665 г. из под опеки вышли таможни южных городов, которые стали подчинятся Разрядному приказу (разряду) – системе государственных учреждении и ведомств всех категорий службы и вооруженных сил. В начале XVII в. Большой приход сохранял свое значение центрального финансового учреждения.
Управление и взимание налогов и отдельных исторических областях которые вошли в состав единого Русского государства, осуществляли территориальные или центрально-областные органы управления с территории местным кругом деятельности. Принадлежали Московские приказы: Казанского дворца, Новгородской, Устюжской, Галичкой, Костромской, Владимерской чертветей, или четей, выделившиеся из Приказа Большого прихода в последующей четверти XVI в. Новгородская четверть (с 1670 г.- Новгородский приказ) "четвертных приказов" не имели строгого очерчения территорий, ведомства ведали городами с пригородами и уездами: Арзамас, Архангельск, Вологда, Вятка, Кайгород, Кеврола и МезеньКола, Кунгур, Новгород, Нижний Новгород, Олонец, Псков, Пустозерск, Солекамск, Старая Русса, Чердынь, Яренск.
Устюжская четверть ведала Беженском, Великими Луками, Великим Устюгом, Вязьмой, Дмитровом, Епефанью, Звенигородом, Клином, Можайском, Пошенхоньем Ржевом, Рузой, Солью Вычегодской, Старицей, Тотьмой, Устюжиной Железопольской, Чарондой.
Галицкая четверть (с 1690 г.- Галицкий приказ)- Белевом, Белоозером, Галичем, Карачеевом, Кошином, Каширой, Коломной, Мещевском, Новосилем, Парфеньевом, Солью Галицкой, Суздалем, Унжей, Чернью, Чухломой, Шцей, Юрьевом-Томским.
Костромская четверть- Ростовом, Ярославлем и Костромой. Владимерская четверть (с 1686 г.- Владимирский приказ)- Волховом, Боровском, Верей, Владимером, Волокамском, Воротынском, Данковым, Заволочьем, Зарайском, Калугой, Карачевом, Крапивной, Лухом, Михайловом, Орлом, Переяславлем- Рязанским, Путивлем, Ржевой Пустой, Ростиславлем, Сапожком,Тарусой Тверью, Торжком, Тулой. По свидетельству Григория Котошихина, в компетенций четей находились и таможенные доходы [38]. Выделялся преимущественно финансовый характер ведомства четвертей. Все это произошло в царствование Ивана IV.
Приказ Большой казны отвечал за поступление в государеву казну прямых налогов с тех городов, сел, деревень которые не подчинялись четвертям. Дальше следовало управление горным делом и казенной промышленностью (Тульский оружейный завод).
В 1613 г. в Москве- образовалось особое ведомство- Денежный двор, который в 1625-1626 г. был подчинен Приказу Большой казны. В 1637 г. –был учрежден Сибирский приказ (с 1599 г. Сибирского управления Казанский дворец). В его праве было назначение и смена административной власти, также ведал обороной, финансами, фискальными таможенными вопросами, управлением всеми категориями населения; постановление ко двору меха, шелка и т.д.
Соболиная казна- ведала приемом казенных товаров (пушнина, мамонтовая и моржовая кость, китайские товары) и продажей их за рубеж.
В конце XVI – начале XVII в. управление питейными сборами (доходы от кружечных дворов) и суд по делам о тайной продажи вина и табака были изъяты из ведомства Большого прихода и переданы специальному приказу новой четверти, которая осуществлялась с 1597 г. а также к ней поступали таможенные сборы.
С конца 60 х г.г XVII в. функционировал Приказ городовой (Приказ купецких дел) в 1678 г. подчиненных к Сибирскому приказу, он помогал купцам.
В XVI-XVII в.в. в России не существовало единого финансового учреждения с общегосударственной компетенцией. Было 40 приказов, тут же разбирались и финансовые вопросы. В Москве были: Большая таможня, Посольская новая таможня(занималась оформлением иностранных товаров) мытная изба(сюда предъявлялись подлежащие пошлинному обложению скот, сено и другие "лесные товары", кроме хлеба), Померная изба(здесь собирали померную пошлину с привозного хлеба, огородных, культурных, грибов и ягод, Конюшенный приказ и т.д. С октября 1676 по май 1677 г. боярин И.М.Милославский и его ближайшие сподвижники возглавлявшие важнейшее финансовые приказы: Большой казны, Большого прихода, Новгородской, Владимирской, Новой и Галицкой четвертей.
22 мая 1680 г. вышел царский указ о переходе Большой таможни, Померной и мытной избы, городовых таможен и всяких денежных доходов, которые были ведомы Приказу Большого прихода в ведомство Приказа Большой казны. А так же были поручены таможни, кабаки, кружечные дворы и денежные доходы Новгородского приказа, Владимирской, Новой и Галицкой четей, кроме судных пошлин.
По указу от 11 ноября 1680 г. к Приказу Большой казны перешла фискальная и таможенная компетенция Приказа Большого дворца. В сентябре 1683 г. вышел царский указ о передаче конских площадок, которые не подчинялись конюшному приказу в ведомство Приказа Большой казны под управлением местных таможенных голов. В сибирский приказ в 1698 г. поступило 40209 р. таможенных сборов, а в 1699 г. 56539 р.
Большая таможня и Померная изба в Москве выступала в качество промежуточного звена, своего рода "главнов" таможенно-фискальной системы.
До середины XVI в. местное управление и суд осуществлялся через систему кормления, т.е. через наместников и волостей с их штатом тиунов, доводчиков и праведников, власть которых ограничивалась и регламентировалась Судебником 1497 г. уставными грамотами, выдаваемыми местному населению и доходными списками, которые получали кормленщики. Назначение их нее зависело от воли (царя) государя. В состав корма входило таможенные пошлины с иногородних купцов, можно утверждать, что именно наместникам и волостелям в то время продолжало главенство в таможенном управлении на местах.
В начале XVI в. задача усложнилась. С этого времени они должны были всячески помогать великокняжеским таможенникам, собиравшим пошлины в казну, "и во всем их от сторон остерегать равно как и смотреть за точными исполнением обязанностей" [38] со стороны голов и целовальников с тем, чтобы они "таможенные пошлины собирали <…> неоплошно, с великим раденьем, и самообличием не корыстовались и никому по дружбе и по сусолам не равен" [38]. Если же право на получение таможенных денег принадлежало какому-либо монастырю, то сборщики пошлин назначались монастырским владыкой и подчинялись ему.
С 30-х г.г. XVI в. в стране параллельно развивалось губное управление (губных старост). В последствии- губные учреждения (губные избы) заменяли собою все областное управление. При отмене наместничьего управления в уездах вовсе не стало органов правительства, которое, не имея на кого возложить приказные дела (финансовые и административные) нередко обращалось к губным старостам. В некоторых городах до введения воеводского управления губные старосты правили на правах воевод.
До отмены кормления (в середине XVI в.) лишь в редких случаях сбор таможенных пошлин полностью или частично взимались из ведения наместников. Выборная власть сосредотачивалось в земской избе. Местное таможенное управление обычно соединялось с управлением питейных сборов, а должность таможенного головы соединялось с должностью головы кабацкой. Характерный документ: "Земский староста сзывает посадских людей в земскую избу: пришел царский указ, велено выбрать голову и целовальников к таможенному сбору; но кого выбрать? Надобно выбрать людей с состоянием, которые могли бы отвечать за недобор но таких нет, кто был побогаче, те выбраны на кружечный двор. Мир- решил слать челобитную к царю что выбирать некого, велел бы великий государь прислать голову из Москвы. Но из Москвы прислать некого здесь свои службы, и в город шлется другой указ : выбрать к таможенному сбору того же голову и целовальников которые выбраны к Кабацкому сбору" [38], таким образом, одни и те же посадские люди должны были нести две тяжелые службы.