5 августа 1827 г. была учреждена новая Таможенная пограничная стража с военной организацией по типу регулярной армии и со своей символикой . Непосредственно на местах она подчинялась таможенным округам, а в центре - Департаменту внешней торговли Минфина, т.е. возглавлялась гражданскими чиновниками. В 1827 г. в страже состояло 37 кадровых, 275 запасных офицеров и 3282 рядовых. Воинские начальники таможен ной стражи подчинялись начальникам пограничных таможенных округов, которых в это время насчитывалось 130.Ряд нормативных документов и служебных инструкций, вышедших в этот период, способствовал расширению прав пограничных командиров, более действенной борьбе с нарушениями таможенных правил. 23 августа 1827 г. зеленый цвет окончательно утвердился в качестве отличительного признака обмундирования таможенных чиновников и служащих.
В начале 30-х гг. XIX в. на границах с Пруссией и Польшей усилилась контрабанда.
Через границу прорывались большие группы (до ста и более) вооруженных контрабандистов. Они нападали на чинов пограничной стражи. В связи с этим в 1831 г. был принят пакет мер по активизации борьбы с контрабандой. Устанавливались шлагбаумы, специальные будки для часовых, пограничные и дорожные столбы. В соответствии с Карантинным уставом 1832 г. Таможенная пограничная стража была переименована и получила название Пограничной стражи. Переименование было подтверждено Высочайшим указом 1835 г., в котором говорилось, что всю стражу, независимо от того, возложена на нее охрана границы в карантинном отношении или нет, следует именовать Пограничной стражей. Главной задачей Пограничной стражи была борьба с 5 контрабандой.
В связи с дальнейшим развитием морской торговли и увеличением товарооборота через Санкт-Петербургский морской порт большое значение приобрела Санкт-Петербургская биржа, которая в 1832 г. издает свой устав. На протяжении более ста лет таможенная служба находилась в ведении Министерства финансов. Это нашло отражение и в характере обмундирования чинов таможенного ведомства, и в ведомственной символике. Впервые вопрос о специальном форменном обмундировании для таможенных служащих был поставлен в 1827 году в связи с принятием "Положения об устройстве таможенной стражи". До этого таможенные чиновники носили мундиры тех губерний, на территории которых располагались таможни. Поскольку таможенное управление не подчинялось губернским властям, Министерство финансов в 1834 году предложило ввести для таможенных чинов цвета мундиров, установленных для Министерства финансов.
При этом для чинов разных классов, начиная с V (начальники таможенных округов) и до IX (экзекуторы, корабельные смотрители, пакгаузные надзиратели) предусматривались отличия в деталях золоченого шитья (или в полном его отсутствии), в использовании разных материалов (бархата или сукна) на обшлагах и воротниках мундиров и т.п. Иные знаки различия не предусматривались.
Принятый в 1819 году по распоряжению царя Александра 1новый Таможенный устав уточнил понятие контрабанды. С этого времени под контрабандой понимали не только сам факт тайного перемещения товаров через границу, но и попытку их сокрытия при декларировании на таможне.
Промышленность не могла удовлетворить требований населения, что приводило к значительному увеличению цен на товары. В результате развилась промыслово-коммерческая контрабанда, которую осуществляли хорошо вооруженные профессионалы - контрабандисты, В 1834 г. был принят особый тариф для торговли с Царством Польским. В 1835 г. состоялось учреждение новых таможенных застав в Ростове, Бердянске, Ахмечетской бухте, было принято Положение о торговых сношениях с Финляндией.
После ухода Е.Ф. Канкрина с поста министра финансов в 1844 г. в таможенной политике начала преобладать тенденция к смягчению протекционизма. Это нашло свое выражение в проекте "О мерах к распространению внешней торговли России", подготовленном коммерции советником В.А.Поповым. В этом документе трудности сбыта русских товаров объяснялись высокими таможенными пошлинами на вывозные товары и запретительным тарифом на привозные. К пересмотру таможенной политики вынуждал начавшийся американский зерновой экспорт, обостривший конкуренцию на мировом рынке сельхоз продуктов. Пример Англии, начавшей на практике осуществлять свободу торговли и отменившей пошлины на ввозимые товары, становился притягательным для других стран, в том числе и для России. Срочно начал готовиться новый тариф. За отмену высоких таможенных пошлин выступали не только российские деятели, но и иностранцы. В 1844 г. английский посол в Санкт-Петербурге высказался за отмену вывозных пошлин и облегчение ввоза английских товаров. Высочайше утвержденным мнением Государственного совета от 14 июня 1846 г. были отменены многие вывозные пошлины и уменьшены пошлины на ввозимое в страну сырье для индустрии. 13 октября 1850 г. состоялось утверждение нового таможенного тарифа для Империи и Царства Польского, который был введен в действие с 1851 г.
Разрешив ввоз 64 из 89 товаров, запрещенных тарифом 1841 г., он пробил первую брешь в запретительной системе внешней торговли, которая господствовала с 1822 г., положил начало умеренно протекционистскому этапу таможенной политики, продолжавшемуся по 1877 г. Была снята условная таможенная линия между Империей и Царством Польским с переводом таможенных переходных пунктов и Пограничной стражи на внешнюю границу Польши. В последующие годы правительство, озабоченное поисками путей увеличения таможенного дохода, продолжало курс на смягчение запретительной системы. К этому его побуждали неутешительные итоги Крымской войны 1853 - 1856 гг., а также начавшиеся буржуазные реформы, приведшие четверть века спустя к коренному обновлению социально-экономической основы российского общества. В августе 1856 г. было принято решение о пересмотре тарифа 1850 г. В 1857г. был утвержден и новый Таможенный устав, согласно которому все таможни в зависимости от объема совершаемых ими операций подразделялись на три класса. К первому классу были отнесены Петербургская, Архангельская, Ревельская, Рижская, Либавская, Московская, Одесская, Феодосийская, Керченская, Таганрогская таможни. Некоторые из них имели передовые филиалы. Так, Петербургская таможня имела своим форпостом Кронштадтскую таможню, через которую привозимые товары переправлялись в столицу для досмотра и оформления. Передовые посты других таможен назывались таможенными заставами. Существовали также переходные таможенные пункты, местоположение которых определялось соответствующими межправительственными соглашениями. Устав 1857 г. предъявлял особые требования к таможенным служащим.
Начальниками таможенных округов, управляющими и членами таможен могли назначаться только те лица, которые уже имели выслугу лет по таможенной части, соответствующий опыт, а также были "в верности испытанны и доверия достойны". Резкоепонижение дохода в 1864 - 1868 гг. (35,82 млн. руб.) было обусловлено значительным падением курса бумажных денег, снижением народного потребления в связи с крестьянской реформой 1861 г. В период с 1857 -1868 гг. проводилась таможенная политика постепенного снижения тарифа (за исключением фискальных надбавок в 5% в 1858 г. и в 1861 г.). Были понижены ввозные пошлины на чугун и железо - сырье для развивающейся русской промышленности, а в 1863 г. освобожден от пошлины хлопок-сырец. Возрос ввоз в Россию хлопка, пряжи, машин, оборудования, кофе. В целях борьбы с контрабандой и увеличения таможенного дохода в 1861 г. был снят запрет 1822 г. на ввоз в страну китайского чая из Европы. Вывозился в основном хлеб. 26 октября 1864 г. высочайше было утверждено мнение Государственного совета - Департамент внешней торговли был преобразован в Департамент таможенных сборов. Его первым директором был назначен тайный советник, статс-секретарь князь Д.А. Оболенский. На этом посту он проработал до 4 1870 г. С октября 1870 г. Департамент возглавил тайный советник Н.А. Качалов, который находился на этой должности до 1882 г. Кроме директора имелись два вице -директора и четыре таможенных ревизора.
Создание структуры таможенного ведомства в составе Министерства финансов диктовалось потребностью дальнейшего совершенствования органов государственного управления российской империи, ростом экономики страны и ее внешнеэкономическими связями. Департаменту таможенных сборов подчинялись Таможенная, Пограничная и Корчемная стражи.
Первый таможенный флаг был утвержден в 1827 году. Его прообразом стал военно-морской (андреевский) флаг. Изменен был только и винтовки со штыком. Из-за необходимости выразить многоступенчатую подчиненность Пограничной стражи на флаге образовалась довольно сложная композиция, включавшая изображение российского коммерческого флага, государственную символику в виде герба и собственно эмблему Пограничной стражи.