Середній рівень управління. Органом середнього рівня управління є регіональні митниці - Центральна, Західна, Південна, Східна. Регіональна митниця є митним органом, який на території закріпленого за ним регіону в межах своєї компетенції здійснює митну справу та забезпечує комплексний контроль за дотриманням законодавства України з питань митної справи і координацію діяльності (надання методичної допомоги, проведення заходів навчання, підготовки та перепідготовки кадрів, впровадження передових форм та методів митного контролю і оформлення, проведення лабораторних досліджень та надання висновків) митниць регіону.
Місцевий рівень управління:
- Митниці територіально-адміністративних одиниць України - Автономної Республіки Крим, обласні (за виключенням областей, в яких створені регіональні митниці), міст прямого підпорядкування.
- Спеціалізовані митниці.
- Митниці в окремо визначених пунктах пропуску.
Митниця є митним органом, який на закріпленій за ним території в межах своєї компетенції здійснює митну справу та забезпечує комплексний контроль за дотриманням законодавства України з питань митної справи, керівництво і координацію діяльності підпорядкованих йому структурних підрозділів - митних постів, пунктів пропуску (за виключенням пунктів пропуску зі статусом митниць).
Митниця окремо визначеного пункту пропуску є митним органом, який в межах своєї компетенції здійснює митну справу та забезпечує комплексний контроль за дотриманням законодавства України з питань митної справи тільки у даному пункті (пунктах) пропуску. Регіональні митниці та митниці мають пряме підпорядкування центральному апарату Держмитслужби.
Інфраструктура митних органів буде розвиватись за наступними напрямами: створення належних умов для роботи особового складу митних органів, прискорення та вдосконалення процесу митного контролю і митного оформлення, що вимагає вдосконалення митної інфраструктури шляхом створення центрів митного контролю і митного оформлення, попереднього електронного декларування товарів, розвитку об'єктів навколомитної інфраструктури [20, с. 82].
Створення митних портів, митних терміналів, митних ліцензійних складів, брокерських організацій, які належать митним органам.
- Митні порти створюються при митницях в окремо визначених пунктах пропуску для здійснення остаточного митного оформлення і випуску товарів у вільне використання при їх ввезенні та (або) при експорті товарів в момент їх вивезення.
- Митні термінали створюються в митницях територіально-адміністративних одиниць України та (або) в митних постах.
Створення в митних органах системи власних та орендованих складських приміщень, призначених для зберігання товарів, які знаходяться під митним контролем.
Організація пересувних експертних митних лабораторій та створення на митному кордоні експертних постів.
Оптимальне розташування митних об'єктів шляхом розміщення структурних підрозділів митниць в максимальній близькості до суб'єктів зовнішньоекономічної діяльності (в першу чергу до експортерів) в умовах обмеженої загальної штатної чисельності митної служби та інших наявних ресурсів.
Розбудова та матеріально-технічне оснащення пунктів пропуску і митниць у відповідності до європейських стандартів через залучення іноземних інвестицій (ефективне використання міжнародної допомоги від TASIS) та інших наявних фінансових ресурсів.
Впровадження в дію нового Митного кодексу (№ 92-15), прийняття закону України "Про митну справу в Україні", впорядкування нормативно-правових актів і приведення їх до світових стандартів дасть можливість:
1. Організації чіткої системи належного і ефективного застосування правових норм, діючих в сфері митної справи, проведення моніторингу необхідності таких норм для всіх взаємопов'язаних учасників процесу правового поля митного контролю і митного оформлення (митні органи, організації навколо митної інфраструктури, учасники ЗЕД);
2. Використання всіх резервів при реалізації міжнародних договорів України у митній сфері;
3. Своєчасної підготовки і видання нормативних актів ДМСУ, які роз'яснюють вимоги законів і міжнародних договорів України та порядок їх застосування при переміщенні товарів через митний кордон.
Розвиток систем обробки даних (ОД) і систем інформаційної техніки (ІТ) - інформаційних технологій і автоматизованих систем управління - відкриває можливості використання комп'ютерів не тільки по цілому ряду окремих призначень для сприяння у виконанні спеціальних завдань, а в якості сучасного інструменту інформаційної техніки на всій митній території і у всіх структурах митної служби. Концепція комп'ютеризації управління митною справою забезпечить:
1. Створення децентралізованої базисної системи ІТ з технологією client/server у всіх підрозділах митних органів (ця система, з допомогою електронної мережі митних органів, в майбутньому буде забезпечувати зв'язок зі всіма структурними підрозділами);
2. Поступова інтеграція спеціалізованих систем ІТ в стандартну базисну систему, і в наступному, поряд із стандартним програмним забезпеченням, будуть, по мірі необхідності надаватись користувачам.
1. Бюджетний кодекс України; Митний кодекс України: із змінами та доповненнями станом на 1 березня 2007 р. — К.: Видавничий Дім "Ін Юре", 2007. — 352c.
2. Андрійчук В.М. Коментар до Митного кодексу України. — К.: Юстініан, 2004. — 723с.
3. Андрійчук В.М., Аргунов В.А. Основи митної справи в Україні. — К.: Знання, 2004. — 732с.
4. Бойко В.М. Митна справа України.— К.: Видавець Вадим Карпенко, 2006. — 156с.
5. Войцещук А.Д., Іващук І.О., Стопенчук С.М., Бережнюк І.Г., Галушко В.С. Митна справа. — К.: Мануфактура, 2006. — 412с.
6. Деркач Л. Українська митниця: вчора, сьогодні, завтра. — 2.вид., доп. — К., 2000. — 542 с.
7. Дубініна А.А., Сорокіна С.В. Основи митної справи в Україні. — К.: Видавничий дім "Професіонал", 2004. — 359с.
8. Дьомін Ю. Прокурорський нагляд за діяльністю митних органів // Вісник прокуратури (укр.).- 2003.- № 5.- C.52-56
9. Експорт. Імпорт. Транзит: Митне оформлення товарів: Станом на 1 лютого 2001р. - 2. вид., доп. і оновлене — К.: Істина, 2001. — 397 с.
10. Єгоров О.Б. Митна економіка. — О.: ПЛАСКЕ ЗАТ, 2005. — 224 с.
11. Єдиний митний тариф України: Зб. нормативно-правових актів: У 2 кн.: Тексти актів відповідають офіційним за станом на 1 липня 2001 року. — К.: Український інформаційно-правовий центр, 2001. — 596 с.
12. Жорін Ф.Л., Звягіна І.Н. Правові засади митної справи України. — К.: Магістр - ХХІ сторіччя, 2005. — 384с.
13. Зельніченко О.І., Михайлов В.І., Тихонова Н.П. Митна справа. - К., 2000. — 190 с.
14. Каленський М.М., Войцещук А.Д., Бережнюк І.Г., Огонь Ц.Г., Олійник Д. С. Митна справа. — К.: Мануфактура, 2006. — 440с.
15. Кормич Б.А. Державно-правовий механізм митної політики України. — О.: Астропринт, 2000. — 180 с.
16. Коцан Н. Н. Територіальна організація митної діяльності України. — Луцьк: РВВ "Вежа" Волинського держ. ун-ту ім. Лесі Українки, 2005. — 384 с.
17. Митна справа в Україні. — К.: КНТ, 2004. — 412с.
18. Настюк В. Роль правової культури у формуванні професіоналізму працівника митних органів // Право України (укр.).- 2005.- № 5.- C.101-105.
19. Науменко В.П., Пашко П.В., Руссков В.А. Митне регулювання зовнішньоекономічної діяльності в Україні. — К.: Знання, 2006. — 394 с.
20. Пашко П.В., Пісной П.Я. Митна політика та митна безпека України // Фінанси України (укр.).- 2006.- № 1.- C.74-86.
21. Пісьмаченко Л. Формування митної політики держави в умовах глобалізації: проблеми, напрями вирішення // Вісник Національної академії державного управління при Президентові України (укр.).- 2006.- № 2.- C.235-242.
22. Приймаченко Д. Інституціональний механізм формування та реалізації митної політики // Підприємництво, господарство і право (укр.).- 2005.- № 11.- C.17-21.
23. Рисіч Й.Л., Новосад Б.М., Морозов О.В. Історія митної справи та митної політики в Україні. - Д., 2000. — 68 с.
24. Стопенчук С. М., Балан І. В., Галушко В. С., Нагорічна О.С., Константа І. С. Митна справа. — К.: Мануфактура, 2006. — 464с.
25. Терещенко С. Ризики митного контролю та митного оформлення // Збірник систематизованого законодавства.- 2005.- № 12.- C.150-153.