Митниця відповідно до покладених на неї завдань виконує такі функції: контролює дотримання суб'єктами зовнішньоекономічної діяльності та громадянами встановленого порядку переміщення товарів та інших предметів через митний кордон України; виконує рішення та доручення Державної митної служби та регіональної митниці. Видає у межах своєї компетенції накази; здійснює в зоні своєї діяльності митний контроль та оформлення товарів та інших предметів; здійснює перевірку відомостей, заявлених у вантажній митній декларації при митному оформленні товарів та інших предметів, відповідно до наявного вантажу та документів, необхідних для здійснення митного контролю; нараховує та справляє у зоні своєї діяльності митні платежі та збори, стягнення яких відповідно до законодавства покладено на митні органи. Своєчасно перераховує отримані кошти на рахунки Державної митної служби України; використовує в порядку, передбаченому чинними нормативними документами, митне забезпечення, системи та форми захисту результатів митного оформлення; забезпечує контроль за доставленням митних вантажів в інші митні органи, а в разі їх недоставлення проводить розшук; забезпечує функції валютного контролю та контролю за термінами повернення в Україну імпортної частини бартерних угод (бартерний контроль); вживає спільно з іншими правоохоронними органами заходів, спрямованих на відвернення незаконного вивезення за кордон предметів, що становлять національне, історичне та культурне надбання держави; взаємодіє з іншими правоохоронними та контрольними службами в зоні своєї діяльності; забезпечує зберігання і використання вогнепальної зброї, боєприпасів, спеціальних засобів посадовими особами митниці; проводить розслідування у разі їх втрати або протиправного застосування; інформує суб'єктів зовнішньоекономічної діяльності та громадян про порядок митного оформлення; у разі відмови в митному оформленні товарів та інших предметів надає вичерпну інформацію щодо причин відмови та вимог чинного митного законодавства; у межах повноважень, наданих регіональною митницею та Державною митною службою України, взаємодіє з іншими митними органами України та митними службами суміжних держав; розпоряджається товарами та іншими предметами, що перебувають під митним контролем і за якими не звернувся власник до закінчення передбачених термінів зберігання, а також такими, що конфісковані судовими органами; забезпечує їх своєчасну реалізацію; контролює діяльність митних брокерів, митних ліцензійних складів та магазинів безмитної торгівлі в зоні своєї діяльності.
Порушує клопотання перед регіональною митницею про скасування Держмитслужбою відповідних ліцензій у разі виявлення правопорушень з боку вищезгаданих суб'єктів; використовує в зоні своєї діяльності митні забезпечення для оформлення результатів митного контролю: накладає пломби, проставляє печатки, штампи, інші визначені в установленому порядку митні забезпечення на транспортні засоби, приміщення, контейнери та інші місця, які вміщують товари і предмети, що переміщуються або перебувають під митним контролем. Використовує в установленому порядку засоби захисту результатів митного оформлення; здійснює збирання та оброблення даних митної статистики, спеціальної митної статистики, зовнішньоторговельних операцій, готує на їх підставі аналітичні матеріали; здійснює впровадження та експлуатацію автоматизованих програм бухгалтерського обліку; супроводження програмного забезпечення; вживає заходів до використання програмно-апаратних засобів захисту інформації, митного контролю та зв'язку, ведення спеціальної митної статистики; забезпечує цілодобову експлуатацію системи електронної пошти та транспортної мережі супутникового зв'язку; здійснює роботу зі збирання, аналізу та перевірки даних, які необхідні для перевірки сертифікатів про походження товарів з України; здійснює функції контролю відповідності представлених документів якості імпортованих товарів їх фактичним характеристикам; здійснює облік фінансово-господарської діяльності та забезпечує подання бухгалтерської звітності у терміни, встановлені Державною митною службою України; забезпечує правильне застосування ставок ввізного та вивізного мита та пільгових режимів ввезення товарів на митну територію України; класифікації та кодування товарів у митних цілях відповідно до Товарної номенклатури зовнішньоекономічної діяльності; здійснює роботу зі збирання, аналізу, систематизації даних цінової інформації та з формування бази даних про ціни на товари для використання її при визначенні митної вартості та митній оцінці ідентичних та аналогічних товарів, що переміщуються через митний кордон України; впроваджує заходи ефективного використання механізму визначення митної вартості товарів, що переміщуються через митний кордон, з метою забезпечення справляння мита, податків та зборів у повному обсязі; бере участь у ревізіях та проводить перевірки окремих аспектів фінансово-господарської діяльності, вживає заходів за результатами ревізій та перевірок; забезпечує ритмічну та безперебійну роботу пунктів пропуску через державний кордон України; подає щоденну оперативну інформацію до регіональної митниці та Державної митної служби. У межах своєї компетенції вживає заходів для нормалізації оперативної обстановки в разі її ускладнення; забезпечує розвиток митної інфраструктури [14, c. 45].
Організовує виконання вимог законодавства України щодо збереження природних ресурсів та охорони довкілля на територіях митниць та підпорядкованих митних постів; здійснює капітальне будівництво та капітальний ремонт. Веде складське господарство відповідно до умов і порядку зберігання матеріальних цінностей; впроваджує в практичну роботу оперативних підрозділів митниці новітні технічні засоби митного контролю. Забезпечує експлуатацію технічних засобів відповідно до вимог технічної документації та контролює зберігання, обслуговування та ремонт техніки; проводить роботу з підтримання належного професійного рівня особового складу, забезпечує своєчасне направлення співробітників до навчальних закладів на підвищення кваліфікації, перепідготовку та підготовку, здійснює навчання працівників без відриву від служби, вирішує питання працевлаштування випускників вузів та проходження студентами виробничої практики на робочих місцях; здійснює заходи соціального та культурно-побутового розвитку.
Організовує постачання особового складу речовим та іншим забезпеченням, контролює дотримання правил носіння форменого одягу; розглядає скарги, заяви та звернення юридичних осіб і громадян відповідно до своєї компетенції; проводить виховну, профілактично-попереджувальну роботу серед особового складу митниці; здійснює в разі виробничої необхідності оперативний перерозподіл штатної чисельності підрозділів без змін фондів заробітної плати і категорії посад з обґрунтуванням цих переміщень і повідомленням вищих митних органів; вирішує питання заохочення, притягнення до відповідальності посадових осіб митниці. Здійснює профілактику правопорушень серед особового складу, проводить службові розслідування; пропагує та роз'яснює норми чинного митного законодавства, консультує громадян та суб'єктів зовнішньоекономічної діяльності; взаємодіє з місцевими органами державної влади й управління в межах повноважень, наданих регіональною митницею та Держмитслужбою; забезпечує захист державної таємниці під час проведення всіх видів таємних робіт, користування документами та виробами, що містять державну таємницю. Контролює виконання співробітниками Закону України «Про державну таємницю» та інших нормативних актів з питань охорони державної таємниці; веде військовий облік та бронювання військовозобов'язаних співробітників митниці на період мобілізації та воєнного часу. 25 березня 1997 р. Наказом Державної митної служби в систему митної служби України входить також Центральна спеціалізована митниця України, яка підпорядковується безпосередньо Державній митній службі України [23, с. 10].
Митниця здійснює контроль та митне оформлення за імпортом, експортом, транзитом енергоносіїв — електроенергії, сирої нафти, сирих нафтопродуктів, нафтопродуктів, природного газу, продуктів їх переробки, які перетинають митний кордон України залізничним, автомобільним та трубопровідним транспортом, електромережами та іншими засобами транспортування.
Як визначено у новому МК України, спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади у галузі митної справи охоплює: завдання, функції, повноваження, що передбачені безпосередньо нормативними актами. Ними визначена і структура цих органів [1].
Положенням про Державну митну службу України визначаються її основні завдання, функції та права. До основних її завдань належать: захист економічних інтересів України, сприяння розвитку зовнішньоекономічних зв'язків; забезпечення реалізації державної політики у сфері митної справи; контроль за додержанням законодавства України про митну справу; використання засобів митного регулювання торгово-економічних відносин з урахуванням пріоритетів розвитку економіки, створення сприятливих умов для участі України у міжнародному співробітництві; здійснення митного контролю, митного оформлення та оподаткування товарів та інших предметів, що переміщуються через митний кордон України боротьба з контрабандою та порушеннями митних правил; здійснення разом з Національним банком України комплексного контролю за валютними операціями; здійснення разом з іншими уповноваженими центральними органами виконавчої влади заходів щодо захисту інтересів споживачів товарів і додержання учасниками зовнішньоекономічних зв'язків державних інтересів на зовнішньому ринку; розвиток міжнародного співробітництва у сфері митної справи та інші завдання [5, с. 86].