Негативное отношение к сексуальности нашло свое отражение также во врачебно-естественно-научной сфере. В представлении врачей сексуальные расстройства составляли комплекс, обусловленный широко распространенной эмоциональной установкой на то, что любая сексуальная функция и форма поведения, не санкционированные этикой, влекут за собой (по воле Бога) тяжелые психические и телесные болезни. Предполагалось, что сексуальные расстройства и, прежде всего сексуальные девиации возникают в результате действия «нечистых сил» через связи человека с дьяволом. Лечение этих расстройств сводилось к применению экзорцизма, т. е. «изгнания дьявола», и различных истязаний. При этом исходили из того, что если человек связался с дьяволом и нечистой силой, то он в этом виноват и поэтому должен быть привлечен к ответственности. Таким образом, как подавление механизма появляющихся сексуальных расстройств, так и характер их проявлений и лечения были обусловлены представлениями самих больных и их целителей. Поэтому проблемами лечения и его последствий занимались не только врачи, но и философы и лица духовного звания. Альберт Великий (XIII век), благодаря которому философская доктрина церкви была дополнена аристотелизмом, утверждал, что чувственная холодность сдерживает рефлексы, а это делает невозможным заключение супружеского союза по вине женщины. Его современник папа Иннокентий III издал указ о том, что если «замок стыда» не открывается, то жена должна уйти в монастырь.
Несмотря на неблагоприятные факторы для развития сексуальной сферы и для исследования ее с научных позиций уже в средние века предпринимались попытки рационального изучения сексуальных проблем, которые можно считать первыми ласточками в развитии сексологии. Анри де Мондевиль в начале XIV века опубликовал работу по гигиене половых органов, в которой подробно описал уход за ними у девиц и девушек, лишившихся девственности, у замужних женщин и проституток. Фернель (XVI век) пытался изучать физиологию сексуальности путем исследования «телесных функций». Универсальный гений Леонардо да Винчи также занимался проблемами сексуальности и анатомии половых органов. В первой половине XVI века А. Везалий, профессор анатомии в Падуе, тайно вскрыл труп убитой беременной женщины. Он, таким образом, первым препарировал матку и яичники у беременной. До этого анатомы вскрывали только животных, а результаты применяли на людях, что явилось причиной появления ошибочных взглядов.
Придворный хирург французского короля Карла IX и предшественник современной хирургии Амбруаз Паре (XVI век) издал учебник акушерства, в котором описал, в частности, различные способы, с помощью которых женщина могла получить сексуальное удовлетворение. Однако это руководство было признано аморальным и публично сожжено. А. Паре удалось спасти свою жизнь лишь благодаря тому, что его покровительницей была сама королева Екатерина Медичи.
В 1675 г. профессор анатомии и хирургии Никола Венет издал под псевдонимом «венецианец Салочини» иллюстрированный труд, в котором достаточно точно описал мужские и женские гениталии; кроме того, он затронул и вопросы сексуального воспитания. Несмотря на то, что он предпринял некоторые меры предосторожности, например, пользовался лишь понятием «любовь», а не «наслаждение», не упоминал о мастурбации и ни о каких сексуальных девиациях, все же разразился скандал, и книга была конфискована. Дрезденский врач Мартин Шуриг в 1720 г. издал фундаментальный труд, содержавший 800 страниц, в котором рассматривались роль половых органов, а также физическое и моральное значение полового акта. Автор советовал совершать половое сношение не только для умножения потомства, но и /с гигиенической и моральной точек зрения. В последующих своих трудах Шуриг подробно описал морфологию половых органов, в том числе клитора у женщины, вопросы девственности, созревания и мастурбации, а также половой акт. Следует подчеркнуть, что он, вопреки духу эпохи, ставил на один уровень влечение мужчины и влечение женщины. Учитывая количество изданных трудов по вопросам сексуальности, а также их прогрессивный характер, можно считать Шурига одним из пионеров сексологии.
В XVII веке были сделаны два важных открытия. Голландский анатом и физиолог Ренье де Грааф установил, что у человека яйцеклетки образуются в яичниках (в граафовых пузырьках). Антон Левенгук описал человеческие сперматозоиды, обнаруженные им в сперме. Вскоре специалисты, занимавшиеся вопросами оплодотворения, разделились на два лагеря. Сторонники одного из них («овисты») считали, что плод развивается из яйца, сторонники другого («анималькулисты»; в то время сперматозоиды называли зверюшками — анималькула) утверждали, что — из сперматозоида. И те, и другие были сторонниками преформации, т. е. считали, что человек с самого начала существует в окончательной форме, находясь в яйцеклетке или сперматозоиде, а затем просто вырастает, как цветок из бутона.
Вскоре разгорелась новая дискуссия между представителями преформации (развития преформированных частей) и эпигенеза (возникновение плода из различных частей яйцеклетки и сперматозоида). В XVIII веке профессор анатомии и физиологии в Петербурге Каспер Вольф опроверг теорию преформации.
В XVIII веке вопросами сексуальности занимались также биологи. Одним из них был Жорж Бюффон, который часть своих трудов посвятил биологическому процессу оплодотворения, описав его с необычайной точностью, если учитывать средства, которыми он в то время располагал. Благодаря развитию биологии и появлению трудов многих ученых, в том числе Ламарка (XVIII— XIX век) — создателя теории эволюции организмов, проблемы сексуальности постепенно получали освещения в связи с познанием процессов оплодотворения, эмбриогенеза и эволюции человека. Философы также проявляли большой интерес к развитию естественных наук и к исследованию сексуальности. Фридрих Форберг (XVIII—XIX века), профессор философии в Йене, издал антологию «приапических произведений».
Этот период охватывает XIX век, в котором сексология зародилась, но еще не выделилась в самостоятельную дисциплину. Однако современная сексология в значительной мере основывается на достижениях, относящихся к этому времени.
В XIX веке, знаменующемся быстрым развитием науки и техники, расцветом искусства, а также популяризацией культуры, создались благоприятные условия для развития сексологии, хотя по-прежнему сохранялось официальное негативное отношение к сексуальной сфере человеческой жизни. В этот период доминирующим классом стала буржуазия, установившая свой стиль жизни. Процветал романтизм, характеризовавшийся стремлением к всестороннему развитию личности, культом природы, чувств, в частности, прославлением романтической, сентиментальной любви с ее отречением, резиньяцией и страданием. Она связывалась с существовавшим по-прежнему культом девственности.
В XIX веке различные отрасли науки стали изучать проявления сексуальности, относившиеся к сфере их компетенции. И хотя методология этих исследований была еще скудной, выявилось много фактов, послуживших основой развития современной сексологии.
Из биологических дисциплин развилась эмбриология. С помощью микроскопии были установлены неизвестные до этого аспекты развития плода. Ч. Дарвин, создатель первой современной теории эволюции, выдвинул концепции изменчивости видов, естественного полового отбора и борьбы за существование.
В области медицины гинекологи и патологи (Лоусон, Глевеке, Кальман) пытались определить основные закономерности полового влечения. Неврологи и психиатры (Крафт-Эбинг, Некке, Шарко, Маньян) описали самые разнообразные случаи патологической сексуальности. Хотя в XIX веке все более рационально подходила к изучению сексуальных расстройств, однако ограничивались лишь описанием их проявлений и происхождения, не занимаясь активно вопросами лечения. Это отчасти было обусловлено взглядами, согласно которым такие расстройства, особенно извращения, являются признаками вырождения человека, поэтому возможности лечения весьма ничтожны либо вообще отсутствуют. Вместе с тем, такой терапевтический нигилизм был результатом относительно низкого уровня развития психиатрии и отсутствия эффективных методов психиатрического лечения.
В области социологии и этнографии многие авторы (Лонг, Эйре, Боас, Хэддон, Пиле) описали различные сексуальные ритуалы и обычаи у примитивных народов. Они занимались также изучением происхождения супружества и других форм совместной сексуальной жизни. Эти работы внесли большой вклад в современные знания о богатстве и разнообразии сексуальных обычаев у разных народов, а также способствовали осознанию относительности культурных норм применительно к сексуальности человека. Из этнографических описаний несомненно следовало, что поведение, осуждаемое и оцениваемое как «ненормальное» в рамках одной культуры, оказывалось предпочтительным и оптимальным в рамках другой.
Ценный вклад в изучение сексуальности человека внесла художественная и мемуарно-автобиографическая литература. Из множества авторов можно для примера назвать маркиза де Сад и Леопольда Захер-Мазоха, фамилии которых были использованы для обозначения двух сексуальных девиаций — садизма и мазохизма.
Маркиз де Сад систематизировал все известные к тому времени сообщения об использовании механических средств при половом акте, в частности блоков, лебедок и подъемников, применяемых для создания различных позиций во время полового акта и используемых для истязаний. Он был автором психологических рассказов на тему сексуальных отклонений (например, «Жюстина и Жюльета»), в которых проповедовал право человека на наслаждение без всяких ограничений и раскаяний, а также восхвалял ничем не ограниченное сексуальное поведение, которое даже в преступлении находит сексуальную стимуляцию.