Предметы преподавания в академии были обычные, т. е. языки, грамматика, риторика, поэзия, философия, богословие, церковное и гражданское право и некоторые другие, например, арифметика, география, история. Классов, как и в Киевской академии, в Московской было восемь, с теми же наименованиями. К академии присоединялась еще славяно-российская школа, составлявшая нечто вроде приготовительного класса. В нем учили азбуке, Часослову, Псалтири и письму. Существенным элементом преподавания были диспуты, заменявшие в старших классах экзамены. Большие диспуты происходили два раза в год: перед Рождеством Христовым и перед летними каникулами. Последние диспуты были торжественные и продолжались три дня в собрании многочисленных посетителей. Первый день назначался для богословского диспута, второй — для философского и третий — для других классов.
Преподавание в академии происходило в таком порядке: богословие преподавал ректор, философию, т. е. логику, физику, математику и политику, — префект. В обоих классах, богословском и философском, происходили частные и публичные диспуты. Богословы сочиняли проповеди и произносили их на память по субботам в своем классе в присутствии еще философов и риторов, а философы в своем классе произносили составленные ими латинские и русские речи в присутствии богословов и риторов. Учитель риторики объяснял всю риторику, задавал упражнения и учил сочинять большие речи и проповеди. Он же читал с учениками речи Цицерона, изъяснял римские древности и по субботам после полудня преподавал всеобщую историю на латинском языке по греческой хронологии. Учитель поэтики преподавал риторику и науку о составлении стихов латинских и русских, читал с учениками Овидия и Виргилия, показывал качество периодов, тропов и фигур. Два раза в неделю в определенные часы учитель пиитики читал сочинение Цицерона о природе богов, а по субботам утром преподавал географию с помощью карт и глобуса. Учитель синтаксимы изъяснял латинский синтаксис, переводил с учениками Корнелия Непота или краткие послания Цицерона, а по субботам преподавал начала арифметики. Учителя грамматики, инфимы и аналогии занимались обучением грамматике с разнообразными упражнениями, а не знающих по-латыни учили читать и писать. Сверх того ученики учили катехизис, славянскую грамматику, греческий и еврейский языки, французский и немецкий, и медицину. Курс был довольно широк, но с сильным преобладанием языков и философско-богословских предметов. Математика была поставлена слабо, естествоведения совсем не было. Вообще универсальный, энциклопедический характер обучения в академии никогда не был осуществлен на деле, и "все свободные науки" остались на бумаге, красивой фразой, а в действительную жизнь и деятельность не перешли. Правда, государство хотело использовать академию во всех видах и смыслах: в беседе с патриархом Адрианом Петр высказался об академии как о такой царской школе, из которой должны выходить люди "во всякия потребы — в церковную службу и в гражданскую, воинствовати, знати строение и докторское врачевское искусство" 6. Указом Петра 1725 года повелено было учить в академии "геометрии и тригонометрии, всякого звания людей, кто пожелает" 7. Но все такие заявления остались лишь благими пожеланиями не только из-за трудности устроить такую школу, но и из-за характера мировоззрения и общего состояния образования того времени.
Московская академия организовалась по типу киевской, а киевская — по типу иезуитских коллегий и вообще западных школ. Последние же в основе учебного курса имели семь свободных искусств, причем светские науки были подчинены богословию и находились к нему в служебном отношении. И на Западе в то время понятие общего образования еще далеко не оформилось и не определилось, собственно, его еще не было, а совершалось изучение различных наук и языков в видах их непосредственной пользы — толкового усвоения слова Божия и древней классической литературы. А эти два последних предмета признавались необходимыми для каждого просвещенного христианина. Наука сама по себе, и особенно светская, ценилась еще недостаточно, она не освободилась еще от уз схоластики. Киевская и Московская академии, организованные по типу иезуитских коллегий, не могли включать в свои учебные курсы обширные циклы наук ради их самих. Слыханное ли дело, чтобы иезуиты насаждали науку ради науки? А откуда же было взять такую идею нашим предкам? Поэтому сущность учебного курса наших академий сводилась к известному западному курсу семи свободных искусств и богословия. Если было в этих курсах еще кое-что сверх семи свободных искусств, то и в западных школах курс не ограничивался лишь семью предметами. А для русских школ того времени и курс семи свободных искусств был высок.
В учредительной грамоте академии прописано, что в круг обучения в ней включаются "все свободныя науки"; но также сказано, что в академии "всякия от церкви благословесныя, благочестивыя науки да будут". "Свободная" наука и наука "благочестивая, благословенная от церкви" одно ли и то же? Могут ли совместиться свободные науки и благословенные церковные, благочестивые? Мог ли правоверующий русский того времени допустить в академию науку свободную, но не благочестивую? Очевидно, не мог. В учредительной грамоте прямо сказано, что, если кто начнет "всякия от церкви возбраняемые богохульныя и богоненавистныя книги и писания у себя коим нибуди образом держати и иных тому учити... и таковый человек... без всякаго милосердия да сожжется". С одной стороны, в одном параграфе — все свободные науки, а с другой, в другом параграфе — в случае свободы да сожжется. Приходится все свободные науки и энциклопедизм академического образования принимать с большими ограничениями и осторожностью, на самом деле в академии не было ни одного свободного, ни энциклопедического преподавания, а было схоластическое изучение семи свободных искусств в религиозно-церковных целях. Словом, Московская академия не внесла нового педагогического начала в русское педагогическое самосознание, а лишь развила и облекла в научную по тому времени форму уже давным-давно действовавшее начало — первостепенной важности для всей судьбы и отдельного человека и целого государства религиозно-церковного воспитания — правой, т. е. православной, веры. Это начало, его жизненность и необходимость учредительная грамота и оберегала самыми суровыми карательными мерами. Предположение же Петра о превращении Московской академии в московский политехникум так и осталось простым предположением; о преподавании в академии "всех свободных наук" и особенно об их свободном преподавании, что логически связано одно с другим, Петр никогда не помышлял. А с течением времени Московская академия превратилась не в политехникум, а в специальную духовную школу.
Московская академия послужила рассадником образования и знаний в другом отношении.
Долгое время она была в московско-петербургской России единственным, более или менее правильно организованным учебным заведением среднеобразовательного характера и даже высшего; вновь учреждаемые средние школы долго не налаживались, а потому, где была нужда в сколько-нибудь образованных людях и подготовленных школьниках, там сейчас же вспоминали о Московской академии и ее воспитанников требовали всюду. Поучившись в фаре, инфиме, грамматике, синтаксисе, ученик академии, хотя бы и не дотянул до богословия и даже до философии, все же представлял некоторую образовательную величину, а потому на него был большой спрос везде. Богословские классы академии пустовали, в них было три студента, и ректора жаловались Синоду, что непрестанных требований учеников академии в разные места "в академии зело мало учеников имеется". В высокой степени характерную картину положения академии в этом отношении дал ректор Стефан в своем докладе Св. синоду по случаю требования учеников в Академию наук в 1735 году: "Не многие доходят до Богословия; ибо инии посылаемы бывают в Санкт-Петербург для обучения ориентальных диалектов и для камчадальской экспедиции, инии в Астрахань для наставления калмыков и их языка сознания, инии в сибирскую губернию с действительным статским советником Василием Татищевым, инии в оренбургскую экспедицию со статским же советником Иваном Кирилловым, инии же берутся и в московскую типографию и в монетную контору, мнозии же и бегают, которых и сыскать невозможно; искомии укрываются, и от других вопрошены, для чего бегают, говорят, искать де хлеба и места за времени, понеже де мало видим тых, котории по совершении течения наук своих угодное пристанище получают; а что паче всего есть, кто котории ученики по многотрудных в фаре, инфиме, грамматике, синтаксиме, через два, три и четыре лета около их тщаниях и прилежностях, в пиитику уже, риторику и философию поступят, а остроумнейшии и надежнейшии покажутся, тотчас московския гошпитали учениками, яко твоими друзьями, понеже из московских же латинских школ труды переведенными для дальнейшего, честнейшаго в гошпитали, нежели в Академии, ученическаго состояния и содержания, удобно наговорены, совсягодно в московскую гошпиталь определяются и отсылаются, а в московской славяно-греко-латинской Академии почти самое остается дрождие" 8.