Из подвала были извлечены тела 29 человек, полиция работала в костюмах противохимической защиты. Некоторые тела лежали в непристойных позах, многим в рот были помещены фаллоиммитаторы и половые члены. Однако тело пропавшего недавно Роберта Писта не было обнаружено. Гейси признался, что он утопил в реке тела ещё 4 человек. Неопознанными остались тела 9 человек, настолько сильно они сгнили. Приблизительный возраст жертв – от 9 до 25 лет. В июне 2007 года одно из этих тел было опознано – это был Тимоти МакКой, первая жертва Гейси.
На предварительном следствии маньяк заявил, что страдает раздвоением личности, и что все преступления совершил не он, а его второе "Я" - Джек Хэнли. Тщательная психиатрическая экспертиза выявила у пациента целый комплекс проблем: алкогольная и наркотическая зависимость, сложный комплекс сексуальных перверсий, иллюзорное представление о действительности, неадекватность оценок и суждений, являющиеся следствием шизоидных трансформаций психики. 13 марта 1980 года присяжные вынесли вердикт: признать Джона Уэйна Гейси виновным в преднамеренном убийстве 33 человек и приговорить к 21 пожизненному заключению и к 12 смертным казням. 10 мая 1994 года приговор был приведен в исполнение посредством внутривенной инъекции.