При Екатерине II произошла важная перемена и в этом отношении: церковные вотчины были отобраны в казну (1784 г.), перечислены в собственность казны — (секуляризация церковных имуществ). На содержание архиереев и монастырей назначено было по особым расписаниям (штатам) жалованье, а вдобавок к нему небольшое количество земли и угодий. На все церковные учреждения было назначено расходовать в год 403.000 руб., тогда как с крестьян отобранных вотчин (всего 910.000 душ) одного оброка получалось более 3.300.000 рублей, не считая доходов с разных хозяйственных статей в вотчинах.
Этим завершилось полное подчинение Церкви государственной власти: Церковь стала зависеть от государственной власти и в своих материальных средствах.
Высшее духовенство было в большинстве недовольно мерами, направленными к полному подчинению Церкви государственной власти, но помимо, что предотвратить их оно не в силах. Лишь отдельные лица из церковной иерархии выражали свое недовольство более или менее открыто. При Петре эти недовольные действовали заодно с теми, кто вообще был недоволен петровскими преобразованиями. Государственная власть смотрела на таких недовольных духовных лиц, не исключая и архиереев, как на политических преступников, и сурово их карала: лишала епархий, должностей, сана, заточала в монастырские тюрьмы; был случай и смертной казни над архиереем. В последний раз с открытым протестом против мер правительства, относящимся к Церкви, выступил митрополит ростовский Арсений Мацеевич при Екатерине II. Когда была созвана комиссия для решения вопроса об отобрании церковных вотчин в казну, он в двух письмах в Синод резко отозвался об этой мере, но был предан суду и как оскорбивший государыню должен был бы подвергнуться смертной казни; государыня оказала ему милость: он был лишен сана, монашеского чина, и послан в Ревельскую крепость в самое строгое заключение. Императрица, однако, напомнила, что таким архиереям прежде головы ссекали.
В XIX веке не изменилось правовое положение православной Церкви в государстве. Она так же, как и в XVIII веке, рассматривалась, как часть государственного строя. Особенно это ясно сказалось в учреждении Министерства Народного Просвещения и духовных дел при Александре I (в 1817 г.). К ведению этого министерства отнесены были не только дела православного вероисповедания, но и других христианских вероисповеданий, и даже не христианских (еврейского, могометанского и других). По отношению к делам православной Церкви министр имел такую же власть, как и всякий другой министр к делам, подведомственным его министерству. Он докладывал государю о делах, производившихся в Синоде, чрез него объявлялась Синоду воля государя. Это министерство просуществовало всего 7 лет, но имело важное значение для Церкви в последующее время. Обер-прокурор Святейшего Синода во время существования министерства духовных дел был подчинен министру; с упразднением министерства он постепенно стал приближаться по своей власти и значению к министру. Он перестал быть лишь наблюдателем, «оком государя» в Синоде; от него стали исходить и распоряжения по духовному ведомству. В законе нигде не говорится, что обер-прокурор имеет министерскую власть, но в действительности он стал в положение министра духовных дел православного вероисповедания. Вот как характеризует один епископ значение обер-прокурора Св. Синода: «Обер-прокурор, олицетворяющий собою светскую власть в Синоде, с одной стороны, есть ничто в Синоде, потому что не имеет голоса в нем; но, с другой стороны, он же есть все в Синоде, потому что в его полном распоряжении состоят: письменное производство дел Синода, сношение Синода со всеми государственными властями, со всеми архиереями, со всем духовенством; представление синодальных дел Государю и принятие повелений Государя Синоду. Одно это есть все. Посему члены Синода суть как птицы без крыльев, как машина, движущаяся сторонней пружиной; образ и вид власти без самой власти, призрак ее, а не жизнь». В 1905 г. был издан закон, по которому обер-прокурор Св. Синода присутствует в Государственном Совете, Совете Министров и Комитете Министров на равных с министрами основаниях. И в настоящее время обер-прокурор Св. Синода входит в состав Совета Министров.
При императоре Николае I, когда граф Сперанский составлял Свод Законов, т.е. сокращенное изложение действовавших тогда законов, постановления о положении православной Церкви в государстве и об отношении к ней высшей государственной власти отнесены были к заколам основным. Здесь определялось, что православная вера есть первенствующая и господствующая. С понятиями о первенстве и господстве православной Церкви соединялось: 1) право пропаганды — только одна православная Церковь должна иметь право убеждать последователей иных христианских вероисповеданий, 2) воспрещение перехода православного в неправославную веру (отступления от православия); такой переход рассматривался как преступление; лицо, которое переменило православную веру на иную, числилось все же православным, 3) требование, чтобы дети от смешанных браков, т.е. таких, где муж или жена принадлежат к неправославной вере, должны креститься в православную веру, 4) счисление дней месяцев, определение праздников по календарю, принятому православной Церковью.
Русский император, по основным законам, не может исповедывать никакой иной веры, кроме православной. Основные законы называют императора главою Церкви в том смысле, что он, как христианский государь, есть верховный защитник и хранитель догматов господствующей веры, и блюститель правоверия и всякого в церкви святой благочестия. В управлении церковном самодержавная власть (т.е. государь) действует посредством Св. Правительствующего Синода, ею учрежденного.
Хотя основные законы и предоставляли подданным Российского государства свободное отправление веры и богослужения, но лишь в тесных границах, поскольку эта свобода могла быть примирена с господством православной веры.
В самое последнее время были изданы законы, расширившие пределы религиозной свободы в России. Так, допущен переход из православия в иную неправославную веру. Совращение православного в веру неправославную признано наказуемым лишь тогда, когда оно совершено посредством злоупотребления властью, принуждения, обольщения обещаньем выгод или обманов. Но все эти изменения, как и другие менее важные, не изменили прежнего положения православной Церкви. При издании новых основных законов (23 апреля 1906 года) постановления старых были перенесены в новые без всяких изменений. А изменения, притом существенные, были необходимы. Новые основные законы ввели в России представительный строй (конституцию). В конституционных государствах обеспечивается законом религиозная свобода в возможно широких пределах, притом не только для отдельного гражданина, но и для целых религиозных обществ. Никакая Церковь в конституционном государстве не должна быть управляема государственной властью, а тем более составлять част государственного строя, быть ведомством на ряду с другими ведомствами государственного управления. В интересах одного вероисповедания не должны быть стесняемы права других исповеданий! Поэтому с укреплением в России конституционного строя, с проникновением в законодательство начала религиозной: свободы должно явится необходимым и преобразование отношений между государством и православной Церковью. Как с преобразованием России при Петре Великом необходимо было преобразовать и государственно-церковные отношения, так же необходима коренная реформа в этой области и с преобразованием государственного строя в наше время. Основным началом этой реформы должно быть признание самостоятельности Церкви в своих внутренних делах (автономия) и, следовательно, устранение подчинения церкви власти государственной. Такой самостоятельности Церкви не будет противоречить установление особого наблюдения со стороны государства (государственного надзора) за тем, чтобы церковная власть в своей деятельности преследовала лишь церковные цели и не вмешивалась в посторонние и чуждые ей дела.