Скоро в лице великого реформатора русской жизни Петра Великого государство решительно подчиняет себе Церковь.
Коренная реформа русской Церкви, совершенная Петром Великим, находилась в тесной связи с реформой государственной. Петр Великий преобразовал русское государство по образцу западноевропейских. В Европе в его время господствовало понимание государства и его задач, названное впоследствии просвещенным абсолютизмом. Сущность этого понимания государства и государственных задач заключается в том, что неограниченный (абсолютный) государь должен преследовать устроение земного благополучия своих подданных — государство должно заботиться о просвещении подданных, об их хозяйственном благосостоянии, о здоровье и т. д. Всего этого государственная власть считала возможным достигнуть сама, исключительно своими средствами, не призывая граждан к самодеятельности, наоборот, всячески опекая их. Отсюда выходило, что государственная власть обязана издавать предписания по всем сторонам жизни граждан: как и что работать, как одеваться, как воспитывать детей и т. д. Государственные чиновники должны наблюдать, чтобы все делалось согласно распоряжениям власти. Главная добродетель граждан — это послушное исполнение предписаний государственной власти; таким только путем подданные могут достигать своего благополучия.
Если прежде на религию смотрели как на обязательные правила, которыми должна руководиться в своей деятельности и государственная власть, то теперь взглянули на дело иначе, Способствует ли она земному благополучию граждан? Полезна ли она для государства? И разрешили этот вопрос так. Религиозный человек не крадет, не обманывает, не мошенничает, не ослушается начальства — не только потому, что это запрещено законом, но и потому, что это грешно. Значит, религия способствует благополучию подданных государства и, следовательно, полезна для государства. Но она может быт и вредна для него: если религиозные руководители населения — духовные лица, убедят его, например, что в чем-нибудь грешно повиноваться государственной власти, то религиозных людей, убежденных в этом, трудно будет заставить повиноваться даже строгими наказаниями. Таким образом, чтобы религия была полезной для государства силой необходимо, чтобы служители религии, духовенство, было подчинено государственной власти, чтобы оно действовало согласно с ней и в ее целях и видах. Так именно и поступил Петр Великий. Он совершенно подчинил Церковь государству и превратил ее в одно из государственных учреждений — духовное ведомство. Властное отношение Петра Великого к церковной власти особенно ярко выразилось в гневном ответе последнему патриарху Адриану, по старинному праву святителей обратившемуся к царю с ходатайством за казнимых стрельцов. Когда патриарх с иконой Божией Матери явился к царю с ходатайством за стрельцов, царь велел ему уйти прочь и поставить образ на место. «Я не меньше тебя, — сказал он, — чту Бога и Его Пречистую Матерь, но мой долг казнить злодеев, умышлявших против общего блага». Свое нерасположение к современному ему духовенству Петр выразил раз так: «Многому злу корень старцы и попы; отец мой имел дело с одним бородачом, а я с тысячами».
Подчинить патриарха власти царя в церковных делах было нельзя. По церковным правилам патриарх, подчиненный царю в церковных делах, не был бы настоящим патриархом. Поэтому Петр решился отменить патриаршество. После смерти патриарха Адриана (1720 г.) двадцать лет не назначался преемник ему. Но это еще не было юридической отменой патриаршества. Юридически (законом) оно было упразднено лишь в 1721 г., когда была учреждена духовная коллегия, переименованная затем в Святейший Синод. По мысли Петра Синод должен быть равным Сенату и подчинен лишь государю. В отсутствие государя совместные решения Сената и Синода получали силу решений верховной власти. Впоследствии, при преемниках Петра, Синод потерял это значение, а Сенат вообще не признавал Синод равным себе. По своему, устройству Синод представлял коллегию, т.е. состоял из нескольких членов во главе с председателем (президентом). Назначались члены волей государя; волей же государя они могли быть и уволены. Хотя в Духовном Регламенте, в котором изложен устав Синода, власть .Синода и приравнивается к патриаршей, она, конечно, не могла быть равна ей уже до одному тому, что Синод был подчинен государю. Эта подчиненность особенно ясно выражена в присяге, которую должны были приносить члены Синода при вступлении в должность. По присяге, член Синода должен быт «верным, добрым и послушным рабом и подданным» государю; наследнику и государыне и признавать государя «крайним судьей» Синода, т.е. высшей властью над Синодом. Так как Синоду были подчинены все духовные установления и лица, то вся церковь была таким образом подчинена власти государственной, стала лишь частью государственного строя, ведомством православного исповедания; Чтобы осуществлять свою власть над Синодом, государю нужно было знать, как действует Синод в делах ему порученных, поэтому для наблюдения за ходом дел в Синоде была учреждена должность обер-прокурора Св. Синода, который должен быть в Синоде «оком государственным».
Отношение государства к Церкви, установленное Петром Великим, в существенном не изменилось и до наших дней. За этот почти двухвековой период высшая государственная власть в лице императоров и императриц неоднократно выступала в качестве высшей власти в делах чисто церковных. Анна Ивановна называла Святейший Синод «наш Синод». Петр III за очень недолгое свое царствование успел, однако, издать указ Синоду, где предписывалось «уреченные посты вовсе прекратить и чтоб почитать не в закон, а в произвольность», «о грехе прелюбодейном не иметь никому осуждения ибо ж Христос не осуждал» и т. п. Императрица Екатерина II обращалась к Синоду с такими словами; «Если спрошу вас, кто вы и какое ваше звание, то вы верно дадите ответ, что вы — государственные особы, состоящие под властью монарха и законов евангельских». Так твердо уже установилась мысль о власти государей в Церкви и так отчетливо выражалась идея о вчленении Церкви в организм государственный. При составлении акта о наследии престола (1797 г.) император Павел I уже называет русского императора «главою Церкви». Выражение это ранее никогда не употреблялось по отношению к государям русским.
Новое положение православной Церкви в государстве, данное ей Петром Великим, сопровождалось также изменением ее имущественного положения. В Московском государстве церковь располагала громадными имуществами, главную часть которых составляли земли. Это имущество накоплялось веками и составилось из богатых пожертвований (вкладов) и отказов на помин души. Оно было материальной основой могущества Церкви и ее общественного влияния. Московские государи еще в XVI в., когда потребовалось много земель, которые обыкновенно давались тогда вместо денежного жалованья служилым людям, обратили внимание на массу церковных земель с мыслью воспользоваться ими для нужд государства. Но эта мысль встретила тогда сильных противников среди духовенства. Государственной власти пришлось ограничиться лишь мерами, направленными против дальнейшего увеличения земельных имуществ Церкви: воспрещалось, хотя не без исключений, монастырям приобретать вновь недвижимые имущества в виде вкладов и отказов. Да и эта мера не имела сколько-нибудь значительных последствий. Более решительные меры были предприняты в самом конце московского периода, в царствование отца Петра Великого. В Уложении Алексея Михайловича было безусловно воспрещено всякое новое увеличение церковных вотчин. Некоторая часть церковных имуществ была даже отписана в казну, взята бесплатно за государя. Тогда же был учрежден монастырский приказ для распоряжений относительно сбора доходов с церковных вотчин, а также относительно составления описей церковного имущества.
Уложение и учреждение монастырского приказа послужили, между прочим, доводами к ссоре царя с патриархом Никоном; да не один Никон был недоволен этими мерами, недовольно было почти все высшее духовенство. Хотя в столкновении царя с патриархом победа осталась за царем, монастырский приказ под влиянием протеста духовной, иерархии был упразднен.
С изменением отношения государственной власти к Церкви при Петре Великом решить вопрос о церковных имуществах было легче и в то же время решить его было необходимо. Петр Великий главное внимание в своих реформах обратил на то, чтобы увеличить материальные силы России: он создал большое постоянное войско, флот, основывал фабрики и заводы, строил крепости и города, заводил новые пути сообщения. Для всего этого требовались громадные средства, которых не могли дать обыкновенные подати и налоги, сколько бы их ни увеличивать. Естественно, мысль Петра Великого обратилась к громадным церковным землям, главным образом, к тем, которые были в собственности монастырей. Он восстановил упраздненный монастырский приказ. Монастыри и архиереи были устранены как от самостоятельного управления, так и от пользования доходами со своих вотчин. Всем этим распоряжался монастырский приказ. Он выдавал по особым расписаниям (штатам) жалованье, очень незначительное, без чего пробыть (т.е. прожить) невозможно, а весь остаток должен был идти на государственные нужды. Такое положение прямо вытекало из взгляда на Церковь, как на установление государственное: если одно государственное установление имеет избыток в средствах, а другие в них нуждаются, то высшая государственная власть покрывает недостаток одних избытком других. Но и при Петре Великом, хотя государственная власть управляла церковными имуществами и распоряжалась относительно употребления доходов с них, самые имущества считались, однако, в собственности церковных учреждений.