Высшим руководящим органом ЮНКТАД является Конференция, состоящая из государств-членов. Сессии Конференции обычно проводятся один раз в четыре года' на уровне министров с целью определения главных направлений политики и решения вопросов, связанных с программой работы.
Исполнительный орган ЮНКТАД — Совет по торговле и развитию — обеспечивает непрерывность работы организации в период между сессиями Конференции. Помимо осуществления контроля за всей сферой деятельности ЮНКТАД он рассматривает международные последствия макроэкономической политики, вопросы, касающиеся взаимозависимости экономик стран мира, а также проблемы торговли и валютно-финансовых отношений, торговой политики, структурной перестройки и экономических реформ. Совет проводит две сессии ежегодно (весной и осенью). Он представляет доклады Генеральной Ассамблее через Экономический и Социальный Совет (ЭКОСОС).
Секретариат ЮНКТАД, возглавляемый генеральным секретарем, составляет часть Секретариата ООН. В его состав входят Службы координации политики и внешних сношений, девять отделов (сырьевые товары, экономическое сотрудничество между развивающимися странами и специальные программы, взаимозависимость, транснациональные корпорации и инвестиции, наука и техника, наименее развитые страны, услуги в области управления и оперативно-функционального обеспечения программ). Секретариат также обслуживает два вспомогательных органа ЭКОСОС - Комиссию по международным инвестициям и транснациональным корпорациям и Комиссию по науке и технике в целях развития.